Chuo kikuu kilianza kama Shule ya Biashara ya Lagos (LBS), iliyoanzishwa mwaka 1991. Serikali ya shirikisho iliidhinisha chuo kikuu hicho kuwa Chuo Kikuu cha Pan-Afrika mwaka 2002, na LBS ikawa shule yake ya kwanza. Kampasi ya Ajah ilikamilika mwaka 2003 na mwaka 2010 kazi ilianza kwenye kampasi ya Ibeju-Lekki.[1]
Tarehe 17 Novemba 2014, Chuo Kikuu kilizindua programu zake za kwanza za shahada ya kwanza katika kampasi yake mpya iliyopo Ibeju-Lekki.[2]