Hifadhi ya Kisiwa cha Mafia ni hifadhi ya asili ya baharini inayolindwa kuzunguka Kisiwa cha Mafia, katika Bahari ya Hindi kusini mashariki mwa Kisiwa cha Zanzibar .kipo katika mamlaka ya Mkoa wa Pwani nchini Tanzania . [1]
Kabla ya kuanzishwa kwa Hifadhi ya Bahari ya Kisiwa cha Mafia, wavuvi wenye uzoefu waliripoti kwa kauli moja kupungua kwa mwelekeo wa samaki. [2] Kulingana na wavuvi hao, kupungua huko kulianza miaka ya 1960 na kulisababishwa na uvuvi wa baruti, uharibifu wa makazi, uvuvi wa kupita kiasi na zana za uharibifu. Juhudi za kukamata kwa kila kitengo zilikuwa za chini zaidi katika miaka ya 1980 na 1990 kabla tu ya kuanzishwa kwa mbuga hiyo mnamo 1995.