ข้อพิพาทบอร์เนียวเหนือ หมายถึง ข้อพิพาทดินแดนระหว่างประเทศมาเลเซียกับประเทศฟิลิปปินส์เหนือพื้นที่ส่วนใหญ่ทางตะวันออกของรัฐซาบะฮ์ รัฐซาบะฮ์มีชื่อเรียกว่า "บอร์เนียวเหนือ" ก่อนการสถาปนาสหพันธรัฐมาเลเซีย ประเทศฟิลิปปินส์ยังคงถือ "การอ้างสิทธิ์แฝง" (dormant claim) เหนือรัฐซาบะฮ์ ผ่านมรดกของอดีตรัฐสุลต่านซูลู บนพื้นฐานที่ว่า ดินแดนส่วนนั้นถูกบริษัทบอร์เนียวเหนือของอังกฤษเช่าไปในปี ค.ศ. 1878 โดยที่อำนาจอธิปไตยของรัฐสุลต่านไม่เคยถูกยกเลิก[2] แต่มาเลเซียพิจารณาว่าข้อพิพาทดังกล่าว "มิใช่ประเด็น" เพราะเข้าใจความตกลงเมื่อปี ค.ศ. 1878 ว่าเป็นความตกลงการยอมโอนให้ (cession) และดูเหมือนว่าผู้อยู่อาศัยในรัฐซาบะฮ์จะใช้สิทธิในการกำหนดการปกครองด้วยตนเองของพวกเขาเมื่อออกเสียงเข้าร่วมสหพันธรัฐมาเลเซียในปี ค.ศ. 1963[3][4]