ความหลากหลายทางชีวภาพในประเทศอาเซอร์ไบจาน ประกอบด้วยพืชประจำเขตภูมิภาค และสัตว์ประจำเขตภูมิภาค รวมถึงแหล่งที่อยู่ตามธรรมชาติ
สัญลักษณ์ของสัตว์ประจำเขตภูมิภาคในประเทศอาเซอร์ไบจาน คือม้าคาราบัค (อาเซอร์ไบจาน: Qarabağ Atı) ซึ่งเป็นการแข่งความเร็วบนภูเขา-สเตปป์ และการขี่ม้าซึ่งสามารถพบได้ในประเทศอาเซอร์ไบจานเท่านั้น มันเป็นหนึ่งในสายพันธุ์ที่เก่าแก่ที่สุด ด้วยบรรพบุรุษที่สืบมาจากโลกยุคโบราณ แต่เดิมม้าได้รับการพัฒนาในแคว้นคาราบัคในคริสต์ศตวรรษที่ 5 และตั้งชื่อตามสถานที่ดังกล่าว[1]
แหล่งที่อยู่ตามธรรมชาติของสัตว์ประเภทต่าง ๆ นั้นแตกต่างกันมากในประเทศนี้ บางสปีชีส์อาศัยอยู่ในเขตหวงห้ามพิเศษ (ทะเลสาบ, ส่วนต่าง ๆ ของภูเขา) ในขณะที่บางสปีชีส์กระจายอยู่ทั่วประเทศ ตัวอย่างเช่น นกเกาะคอนสามารถพบได้ทุกที่ในดินแดนของประเทศอาเซอร์ไบจาน ส่วนปรสิตโพรโทซัวยังได้รับการขึ้นทะเบียนในทุกพื้นที่ของประเทศ โดยขึ้นอยู่กับแหล่งที่อยู่ตามธรรมชาติของสัตว์พาหะ (โค, สัตว์ปีก, ฯลฯ) ในบรรดาสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม กาเซลล์เจย์แรนอาศัยอยู่พื้นที่ราบ, แพะคอเคเซียนอาศัยอยู่ในพื้นที่คอเคซัสเป็นส่วนใหญ่, สปีชีส์นกส่วนใหญ่สามารถพบได้ในป่า และบางสปีชีส์อยู่ในแอ่งน้ำ แมลงศัตรูพืชยึดครองทุ่งเกษตรต่าง ๆ ในขณะที่ตัวอื่นอาศัยอยู่ในแหล่งเรียนรู้เชิงนิเวศเท่านั้น
มีการสร้างเขตสงวนธรรมชาติเป็นจำนวนมากรวมถึงมีการบังคับใช้กฎการล่าสัตว์ เพื่อปกป้องสัตว์ที่ทำจากขนสัตว์และสัตว์กีบในประเทศอาเซอร์ไบจาน