BacDive

BacDive
İçerik
AçıklamaBakteriyel ve arkea suşlar hakkında bilgi
Yakalanan veri türlerimetaveri
İletişim
Araştırma merkeziLeibniz Institute DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH
Birincil alıntıPMID 34718743
Yayın tarihi2012
Erişim
İnternet sitesihttp://bacdive.dsmz.de/
Web hizmeti bağlantısıhttps://api.bacdive.dsmz.de/

BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase, Türkçe: Bakteriyel Çeşitlilik Metaveritabanı), bakteriyel ve arkeal biyoçeşitlilik hakkında suş bağlantılı bilgi sağlayan bir bakteriyel metaveritabanıdır.

Giriş

[değiştir | kaynağı değiştir]

BacDive, taksonomi, morfoloji, fizyoloji, çevre ve moleküler biyoloji gibi farklı türde meta veriler için bir kaynaktır.[1][2][3][4][5][6][7][8] Verilerin çoğu manuel olarak açıklanmış ve düzenlenmiştir. Aralık 2022'deki sürümle BacDive, 19.313 tip suş dahil olmak üzere 93.254 suş için bilgi sunmaktadır.

Veritabanı, Leibniz Enstitüsü DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH tarafından barındırılmaktadır ve Alman Biyoinformatik Altyapı Ağı de.NBI'nin yanı sıra Avrupa Biyoinformatik Ağı Elixir'in bir parçasıdır. Aralık 2022'de BacDive, Global Biodata Coalition tarafından Global Core Biodata Resource (GCBR) olarak seçilmiştir. GCBR'ler, yaşam bilimleri ve biyotıp alanındaki küresel araştırma çabaları için kritik veri kaynakları olarak kabul edilmektedir.

İçerik

[değiştir | kaynağı değiştir]

Veritabanı

[değiştir | kaynağı değiştir]

Veri tabanının Aralık sürümü, "İsim ve taksonomik sınıflandırma", "Morfoloji", "Kültür ve büyüme koşulları", "Fizyoloji ve metabolizma", "İzolasyon, örnekleme ve çevresel bilgiler", "Güvenlik bilgileri", "Dizi bilgileri" ve "Suş mevcudiyeti" kategorilerine ayrılmış 1000'den fazla farklı veri alanını kapsıyordu. Veri tabanı, ilgili suş ve referansla bağlantılı 1.922.166 girişten oluşmaktadır.[9] Veriler, kültür koleksiyonlarının dahili açıklamalarından, uzmanlarca derlenen derlemelerden ve tür açıklamaları gibi birincil bilimsel literatürden alınmıştır.

Veri erişimi

[değiştir | kaynağı değiştir]

Verilere bir GUI veya RESTful web hizmeti aracılığıyla erişilebilir. Kullanıcı GUI'yi kullanarak suşları isim, Kültür koleksiyon numarası, NCBI Vergi Kimliği veya INSDC sekans erişim numarasına göre aramak için basit bir arama arasında seçim yapabilir veya kullanıcı 130 veri alanında arama yapılmasını sağlayan ve birkaç alanı birleştirerek karmaşık sorgulara fırsat veren gelişmiş aramayı kullanabilir. Veriler PDF formatında (tek suşlar için) veya daha büyük veri setleri için CSV formatında (çoklu suşlar için) indirilebilir. RESTful web hizmeti portalı aracılığıyla BacDive içeriğine otomatik olarak erişilebilir (ücretsiz kayıt gereklidir).API kullanımını desteklemek için Python ve R dillerinde yazılım istemcileri mevcuttur.

Diğer veritabanları

[değiştir | kaynağı değiştir]

BacDive'ın odağı dışında kalan veriler için, suşla ilişkili verileri sağlayan diğer veritabanlarına bağlantılar verilmiştir:

Kaynakça

[değiştir | kaynağı değiştir]
  1. ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13 Ekim 2013). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue). ss. D592-D599. doi:10.1093/nar/gkt1058. PMC 3965005 $2. PMID 24214959. 
  2. ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (5 Aralık 2013). "The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue). ss. D1-D6. doi:10.1093/nar/gkt1282. PMC 3965027 $2. PMID 24316579. 
  3. ^ Cohan lab (23 Ekim 2015). "DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database". 7 Mayıs 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Mayıs 2016. 
  4. ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. s. 448. ISBN 9781118906552. 
  5. ^ Zhulin, I. B. (1 Ağustos 2015). "Databases for Microbiologists". Journal of Bacteriology. 197 (15). ss. 2458-2467. doi:10.1128/JB.00330-15. PMC 4505447 $2. PMID 26013493. 
  6. ^ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30 Eylül 2015). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016". Nucleic Acids Research. 44 (Database issue). ss. D581-D585. doi:10.1093/nar/gkv983. PMC 4702946 $2. PMID 26424852. 
  7. ^ Reimer, LC; Vetcininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J (17 Eylül 2018). "BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis". Nucleic Acids Research. 47 (Database issue). ss. D631-D636. doi:10.1093/nar/gky879. PMC 6323973 $2. PMID 30256983. 
  8. ^ Reimer, LC; Sardà Carbasse, J; Koblitz, J; Ebeling, C; Podstawka, A; Overmann, J (7 Ocak 2022). "BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data". Nucleic Acids Research. 50 (Database issue). ss. D741-D746. doi:10.1093/nar/gkab961. PMC 8728306 $2. PMID 34718743. 
  9. ^ "DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database". 22 Aralık 2022. 16 Temmuz 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Temmuz 2024. 

Dış bağlantılar

[değiştir | kaynağı değiştir]