Harvard, 1636'da Massachusetts Körfezi Kolonisi Büyük ve Genel Mahkemesi'nin oyu ile kuruldu. 1638'de İngiliz Kuzey Amerika'nın bilinen ilk matbaasını satın aldı.[1] 1639'da, Cambridge Üniversitesi'nin bir mezunu olan ve okulu 779 £ ve yaklaşık 400 ciltlik kütüphanesini bırakan din adamı John Harvard'dan sonra Harvard Koleji adını aldı. Harvard Corporation'ı oluşturan tüzük 1650'de verildi. 1643 tarihli bir yayın, okulun amacını "Öğrenmeyi ilerletmek ve gelecek nesillere sürdürmek, şimdiki bakanlarımız toz içinde yatarken kiliselere okuma yazma bilmeyen bir bakanlık bırakmaktan korkmak" olarak verdi.[2] İlk yıllarında birçok Püriten bakanı eğitti. İngiliz üniversite modeline dayanan klasik bir müfredat sundu, kolonideki birçok lider Cambridge Üniversitesi'ne katıldı, ancak Püritenliğin ilkelerine uyuyorlardı. Harvard Evrenkenti hiçbir mezhebe bağlı olmasa da ilk mezunlarının çoğu cemaat ve Üniteryen din adamları olmuştur. Mather, 1681'den 1701'e kadar başkan olarak görev yaptı. 1708'de John Leverett, aynı zamanda bir din adamı olmayan ilk başkan oldu ve kolejin Püritenlikten ve entelektüel bağımsızlığa doğru bir dönüşünü işaret etti. Halihazırda Harvard Koleji, lisans kabulleri, danışmanlık, barınma, öğrenci hayatı ve atletizmden sorumludur- Genellikle Harvard Fen Edebiyat Fakültesi'nin amacı olan öğretim dışındaki tüm lisans konularından sorumludur.- Harvard Koleji başkanı ve üyeleri olarak bilinen kurum, tüm Üniversitenin yönetimine sahip olmasına rağmen geleneksel adını koruyor. 1879'da kurulan Radcliffe Koleji, başlangıçta Harvard fakültesine derslerini kadınlar için tekrarlamaları için para ödedi.1970'lerden beri Harvard, kadınlar için lisans konularından sorumluydu, ancak kadınların Harvard diplomaları, 1999'daki nihai birleşmeye kadar Radcliffe başkanı tarafından imzalandı.