Peptid kütle parmak izi alma

Bir peptit kütle parmak izi alma deneyinin tipik bir iş akışı.

Peptid kütle parmak izi alma (Peptide mass fingerprinting-PMF), protein tanımlama için analitik bir tekniktir, burada ilgilenilen bilinmeyen protein ilk olarak daha küçük peptitlere bölünür ve bunların mutlak kütleleri MALDI-TOF veya ESI-TOF gibi bir kütle spektrometresi ile doğru bir şekilde ölçülebilir.[1] Yöntem, 1993 yılında birkaç grup tarafından bağımsız olarak geliştirildi.[2][3][4][5][6] Peptit kütleleri, bilinen protein dizilerini içeren bir veritabanı veya hatta genom ile karşılaştırılır. Bu, organizmanın bilinen genomunu proteinlere çeviren, daha sonra teorik olarak proteinleri peptidlere ayıran ve her bir proteinden peptidlerin mutlak kütlelerini hesaplayan bilgisayar programları kullanılarak sağlanır. Daha sonra, bilinmeyen proteinin peptitlerinin kütleleri, genomda kodlanmış her bir proteinin teorik peptit kütleleri ile karşılaştırılır. En iyi eşleşmeyi bulmak için sonuçlar istatistiksel olarak analiz edilir.

Bu yöntemin avantajı, sadece peptitlerin kütlelerinin bilinmesinin gerekmesidir. Zaman alıcı de novo peptid dizilimi bu durumda gereksizdir. Yöntemin bir dezavantajı ise, protein dizisinin ilgili veri tabanında bulunması gerekliliğidir. Ek olarak çoğu PMF algoritması, peptitlerin tek bir proteinden geldiğini varsayar.[7] Bir karışımın varlığı, analizi önemli ölçüde karmaşıklaştırabilir ve sonuçları potansiyel olarak tehlikeye atabilir. PMF bazlı protein tanımlaması için tipik olan, izole edilmiş bir proteine olan gerekliliktir. 2-3 proteini aşan karışımlar, tipik olarak yeterli tanımlama spesifikliğine ulaşmak için MS/MS bazlı protein tanımlamasının ek kullanımını gerektirir (6). Bu nedenle, tipik PMF örnekleri, iki boyutlu jel elektroforezinden (2D jeller) veya SDS-PAGE bantlarından izole edilmiş proteinlerdir.[8]

Ayrıca bakınız

[değiştir | kaynağı değiştir]

Kaynakça

[değiştir | kaynağı değiştir]
  1. ^ "Role of accurate mass measurement (+/- 10 ppm) in protein identification strategies employing MS or MS/MS and database searching". Anal. Chem. 71 (14): 2871-82. 1999. doi:10.1021/ac9810516. PMID 10424174. 
  2. ^ "Rapid identification of proteins by peptide-mass fingerprinting". Curr. Biol. 3 (6): 327-32. 1993. doi:10.1016/0960-9822(93)90195-T. PMID 15335725. 
  3. ^ "Identifying proteins from two-dimensional gels by molecular mass searching of peptide fragments in protein sequence databases". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90 (11): 5011-5. 1993. doi:10.1073/pnas.90.11.5011. PMC 46643 $2. PMID 8506346. 
  4. ^ "Use of mass spectrometric molecular weight information to identify proteins in sequence databases". Biological Mass Spectrometry. 22 (6): 338-45. 1993. doi:10.1002/bms.1200220605. PMID 8329463. 
  5. ^ "Protein identification by mass profile fingerprinting". Biochem. Biophys. Res. Commun. 195 (1): 58-64. 1993. doi:10.1006/bbrc.1993.2009. PMID 8363627. 
  6. ^ "Peptide mass maps: a highly informative approach to protein identification". Anal. Biochem. 214 (2): 397-408. 1993. doi:10.1006/abio.1993.1514. PMID 8109726. 
  7. ^ "Linking genome and proteome by mass spectrometry: large-scale identification of yeast proteins from two dimensional gels". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (25): 14440-5. 1996. doi:10.1073/pnas.93.25.14440. PMC 26151 $2. PMID 8962070. 
  8. ^ "Protein identification from two-dimensional gel electrophoresis analysis of Klebsiella pneumoniae by combined use of mass spectrometry data and raw genome sequences". Proteome Science. 1 (1): 6. 2003. doi:10.1186/1477-5956-1-6. PMC 317362 $2. PMID 14653859.