APOBEC3G

APOBEC3G
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2JYW, 2KBO, 2KEM, 3E1U, 3IQS, 3IR2, 3V4J, 3V4K, 4ROV, 4ROW
Ідентифікатори
Символи	APOBEC3G, A3G, ARCD, ARP-9, ARP9, CEM-15, CEM15, MDS019, bK150C2.7, dJ494G10.1, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G
Зовнішні ІД	OMIM: 607113 MGI: 1933111 HomoloGene: 128348 GeneCards: APOBEC3G
Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein homodimerization activity; • cytidine deaminase activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • каталітична активність; • hydrolase activity; • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines; • зв'язування з іоном металу; • deoxycytidine deaminase activity; • RNA binding; • zinc ion binding; • dCTP deaminase activity; • identical protein binding;
Клітинна компонента	• клітинне ядро; • apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex; • гіалоплазма; • цитоплазма; • P-body; • Рибонуклеопротеїни;
Біологічний процес	• cytidine deamination; • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate; • negative regulation of transposition; • base conversion or substitution editing; • процес імунної системи; • DNA cytosine deamination; • positive regulation of defense response to virus by host; • negative regulation of viral genome replication; • negative regulation of viral process; • defense response to virus; • вроджений імунітет; • GO:0022415 viral process; • cytidine to uridine editing; • DNA demethylation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	60489
	80287
	ENSG00000239713
	ENSMUSG00000009585
	Q9HC16
	Q99J72
	NM_021822
	NM_001160415; NM_030255; NM_001347041
	NP_068594; NP_001336365; NP_001336366; NP_001336367
	NP_001153887; NP_001333970; NP_084531
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

APOBEC3G (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 384 амінокислот, а молекулярна маса — 46 408^[4]. Цей білок належить до родини цитидиндезаміназ, його ген у приматів та людини знаходиться у кластері генів APOBEC3.

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MKPHFRNTVE	RMYRDTFSYN	FYNRPILSRR	NTVWLCYEVK	TKGPSRPPLD
AKIFRGQVYS	ELKYHPEMRF	FHWFSKWRKL	HRDQEYEVTW	YISWSPCTKC
TRDMATFLAE	DPKVTLTIFV	ARLYYFWDPD	YQEALRSLCQ	KRDGPRATMK
IMNYDEFQHC	WSKFVYSQRE	LFEPWNNLPK	YYILLHIMLG	EILRHSMDPP
TFTFNFNNEP	WVRGRHETYL	CYEVERMHND	TWVLLNQRRG	FLCNQAPHKH
GFLEGRHAEL	CFLDVIPFWK	LDLDQDYRVT	CFTSWSPCFS	CAQEMAKFIS
KNKHVSLCIF	TARIYDDQGR	CQEGLRTLAE	AGAKISIMTY	SEFKHCWDTF
VDHQGCPFQP	WDGLDEHSQD	LSGRLRAILQ	NQEN

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, антивірусний захист. Відповідає за дезамінування цидитиинів ДНК ретровірусів, вірусу гепатиту B, ретротранспозонів.

Білок має сайт для зв'язування з іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

APOBEC3G присутній у багатьох тканинах і клітинах, зокрема в T-лімфоцитах.^[5] Цей білок уперше було відкрито завдяки його взаємодії із білком Vif^[en] вірусу імунодефіциту людини.^[6]

У 2016 році було виявлено, що чимало генетичних відмінностей між послідовністю ДНК людини та людиноподібних мавп визначається локусами, подібними до тих, що редагує APOBEC3G.^[7]

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Sheehy A.M., Gaddis N.C., Choi J.D., Malim M.H. (2002). Isolation of a human gene that inhibits HIV-1 infection and is suppressed by the viral Vif protein. Nature. 418: 646—650. PMID 12167863 DOI:10.1038/nature00939
Stopak K., de Noronha C., Yonemoto W., Greene W.C. (2003). HIV-1 Vif blocks the antiviral activity of APOBEC3G by impairing both its translation and intracellular stability. Mol. Cell. 12: 591—601. PMID 14527406 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00353-8
Marin M., Rose K.M., Kozak S.L., Kabat D. (2003). HIV-1 Vif protein binds the editing enzyme APOBEC3G and induces its degradation. Nat. Med. 9: 1398—1403. PMID 14528301 DOI:10.1038/nm946
Sheehy A.M., Gaddis N.C., Malim M.H. (2003). The antiretroviral enzyme APOBEC3G is degraded by the proteasome in response to HIV-1 Vif. Nat. Med. 9: 1404—1407. PMID 14528300 DOI:10.1038/nm945
Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17357 (англ.) . Процитовано 22 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q9HC16 (англ.) . Архів оригіналу за 2 листопада 2017. Процитовано 22 серпня 2017.
↑ Silvestro G. Conticello (2008). The AID/APOBEC family of nucleic acid mutators. Genome Biology^[en]. 9 (6): 229. doi:10.1186/gb-2008-9-6-229. PMID 18598372.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)
↑ Arnaud Moris, Shannon Murray & Sylvain Cardinaud (2014). AID and APOBECs span the gap between innate and adaptive immunity. Frontiers in microbiology. 5: 534. doi:10.3389/fmicb.2014.00534. PMID 25352838.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)
↑ Pinto, Yishay; Gabay, Orshay; Arbiza, Leonardo; Sams, Aaron J.; Keinan, Alon; Levanon, Erez Y. (2016). Clustered mutations in hominid genome evolution are consistent with APOBEC3G enzymatic activity. Genome Research. 26 (5): 579—587. doi:10.1101/gr.199240.115. ISSN 1088-9051.(англ.)

Див. також

Хромосома 22

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17357 (англ.) . Процитовано 22 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-4] UniProt, Q9HC16 (англ.) . Архів оригіналу за 2 листопада 2017. Процитовано 22 серпня 2017.

[cont2008-5] Silvestro G. Conticello (2008). The AID/APOBEC family of nucleic acid mutators. Genome Biology^[en]. 9 (6): 229. doi:10.1186/gb-2008-9-6-229. PMID 18598372.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)

[immun-6] Arnaud Moris, Shannon Murray & Sylvain Cardinaud (2014). AID and APOBECs span the gap between innate and adaptive immunity. Frontiers in microbiology. 5: 534. doi:10.3389/fmicb.2014.00534. PMID 25352838.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)

[PintoGabay2016-7] Pinto, Yishay; Gabay, Orshay; Arbiza, Leonardo; Sams, Aaron J.; Keinan, Alon; Levanon, Erez Y. (2016). Clustered mutations in hominid genome evolution are consistent with APOBEC3G enzymatic activity. Genome Research. 26 (5): 579—587. doi:10.1101/gr.199240.115. ISSN 1088-9051.(англ.)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]