DDB1

DDB1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2B5L, 2B5M, 2B5N, 2HYE, 3E0C, 3EI1, 3EI2, 3EI3, 3EI4, 3I7H, 3I7K, 3I7L, 3I7N, 3I7O, 3I7P, 3I89, 3I8C, 3I8E, 4A08, 4A09, 4A0A, 4A0B, 4A0K, 4A0L, 4A11, 4CI1, 4CI2, 4CI3, 4E54, 4E5Z, 4TZ4, 5FQD, 5HXB
Ідентифікатори
Символи	DDB1, DDBA, UV-XAP1, XPCE, XPE, XPE-BF, damage specific DNA binding protein 1, WHIKERS
Зовнішні ІД	OMIM: 600045 MGI: 1202384 HomoloGene: 1448 GeneCards: DDB1
Реагує на сполуку
	талідомід
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • nucleic acid binding; • damaged DNA binding; • protein-macromolecule adaptor activity; • cullin family protein binding; • WD40-repeat domain binding; • GO:0032403 protein-containing complex binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • нуклеоплазма; • Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex; • Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex; • екзосома; • клітинне ядро; • міжклітинний простір; • Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex; • GO:0009327 protein-containing complex;
Біологічний процес	• regulation of mitotic cell cycle phase transition; • nucleotide-excision repair; • nucleotide-excision repair, DNA damage recognition; • positive regulation by virus of viral protein levels in host cell; • histone H2A monoubiquitination; • negative regulation of apoptotic process; • Wnt signaling pathway; • global genome nucleotide-excision repair; • biological process involved in interaction with symbiont; • positive regulation of viral genome replication; • transcription-coupled nucleotide-excision repair; • GO:0022415 viral process; • nucleotide-excision repair, DNA incision; • UV-damage excision repair; • GO:0100026 Репарація ДНК; • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process; • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion; • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization; • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding; • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly; • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion; • посттрансляційна модифікація; • proteasomal protein catabolic process; • cellular response to DNA damage stimulus; • Убіквітин-залежний протеоліз; • GO:1903364 positive regulation of protein catabolic process; • ubiquitin-dependent protein catabolic process; • regulation of circadian rhythm; • positive regulation of gluconeogenesis; • ритмічний процес;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	1642
	13194
	ENSG00000167986
	ENSMUSG00000024740
	Q16531
	Q3U1J4
	NM_001923
	NM_015735
	NP_001914
	NP_056550
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

DDB1 (англ. Damage specific DNA binding protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 140 амінокислот, а молекулярна маса — 126 968^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSYNYVVTAQ	KPTAVNGCVT	GHFTSAEDLN	LLIAKNTRLE	IYVVTAEGLR
PVKEVGMYGK	IAVMELFRPK	GESKDLLFIL	TAKYNACILE	YKQSGESIDI
ITRAHGNVQD	RIGRPSETGI	IGIIDPECRM	IGLRLYDGLF	KVIPLDRDNK
ELKAFNIRLE	ELHVIDVKFL	YGCQAPTICF	VYQDPQGRHV	KTYEVSLREK
EFNKGPWKQE	NVEAEASMVI	AVPEPFGGAI	IIGQESITYH	NGDKYLAIAP
PIIKQSTIVC	HNRVDPNGSR	YLLGDMEGRL	FMLLLEKEEQ	MDGTVTLKDL
RVELLGETSI	AECLTYLDNG	VVFVGSRLGD	SQLVKLNVDS	NEQGSYVVAM
ETFTNLGPIV	DMCVVDLERQ	GQGQLVTCSG	AFKEGSLRII	RNGIGIHEHA
SIDLPGIKGL	WPLRSDPNRE	TDDTLVLSFV	GQTRVLMLNG	EEVEETELMG
FVDDQQTFFC	GNVAHQQLIQ	ITSASVRLVS	QEPKALVSEW	KEPQAKNISV
ASCNSSQVVV	AVGRALYYLQ	IHPQELRQIS	HTEMEHEVAC	LDITPLGDSN
GLSPLCAIGL	WTDISARILK	LPSFELLHKE	MLGGEIIPRS	ILMTTFESSH
YLLCALGDGA	LFYFGLNIET	GLLSDRKKVT	LGTQPTVLRT	FRSLSTTNVF
ACSDRPTVIY	SSNHKLVFSN	VNLKEVNYMC	PLNSDGYPDS	LALANNSTLT
IGTIDEIQKL	HIRTVPLYES	PRKICYQEVS	QCFGVLSSRI	EVQDTSGGTT
ALRPSASTQA	LSSSVSSSKL	FSSSTAPHET	SFGEEVEVHN	LLIIDQHTFE
VLHAHQFLQN	EYALSLVSCK	LGKDPNTYFI	VGTAMVYPEE	AEPKQGRIVV
FQYSDGKLQT	VAEKEVKGAV	YSMVEFNGKL	LASINSTVRL	YEWTTEKELR
TECNHYNNIM	ALYLKTKGDF	ILVGDLMRSV	LLLAYKPMEG	NFEEIARDFN
PNWMSAVEIL	DDDNFLGAEN	AFNLFVCQKD	SAATTDEERQ	HLQEVGLFHL
GEFVNVFCHG	SLVMQNLGET	STPTQGSVLF	GTVNGMIGLV	TSLSESWYNL
LLDMQNRLNK	VIKSVGKIEH	SFWRSFHTER	KTEPATGFID	GDLIESFLDI
SRPKMQEVVA	NLQYDDGSGM	KREATADDLI	KVVEELTRIH

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, пошкодження ДНК, репарація ДНК, убіквітинування білків. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Hwang B.J., Liao J.C., Chu G. (1996). Isolation of a cDNA encoding a UV-damaged DNA binding factor defective in xeroderma pigmentosum group E cells. Mutat. Res. 362: 105—117. PMID 8538642 DOI:10.1016/0921-8777(95)00040-2
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Hwang B.J., Toering S., Francke U., Chu G. (1998). p48 Activates a UV-damaged-DNA binding factor and is defective in xeroderma pigmentosum group E cells that lack binding activity. Mol. Cell. Biol. 18: 4391—4399. PMID 9632823 DOI:10.1128/MCB.18.7.4391
Chen X., Zhang Y., Douglas L., Zhou P. (2001). UV-damaged DNA-binding proteins are targets of CUL-4A-mediated ubiquitination and degradation. J. Biol. Chem. 276: 48175—48182. PMID 11673459 DOI:10.1074/jbc.M106808200
Lin-Marq N., Bontron S., Leupin O., Strubin M. (2001). Hepatitis B virus X protein interferes with cell viability through interaction with the p127-kDa UV-damaged DNA-binding protein. Virology. 287: 266—274. PMID 11531405 DOI:10.1006/viro.2001.1036
Leupin O., Bontron S., Strubin M. (2003). Hepatitis B virus X protein and simian virus 5 V protein exhibit similar UV-DDB1 binding properties to mediate distinct activities. J. Virol. 77: 6274—6283. PMID 12743284 DOI:10.1128/JVI.77.11.6274-6283.2003

Примітки

↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Damage specific DNA binding protein 1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2717 (англ.) . Процитовано 28 лютого 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q16531 (англ.) . Архів оригіналу за 7 травня 2017. Процитовано 28 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 11

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Сполуки, які фізично взаємодіють з Damage specific DNA binding protein 1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2717 (англ.) . Процитовано 28 лютого 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-5] UniProt, Q16531 (англ.) . Архів оригіналу за 7 травня 2017. Процитовано 28 лютого 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]