DDX58

DDX58
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2LWD, 2LWE, 2QFB, 2QFD, 2RMJ, 2YKG, 3LRN, 3LRR, 3NCU, 3OG8, 3ZD6, 3ZD7, 4AY2, 4BPB, 4NQK, 4ON9, 4P4H, 5E3H, 5F98, 5F9F, 5F9H
Ідентифікатори
Символи	DDX58, DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 58, RIGI, RLR-1, SGMRT2, RIG-I, DEXD/H-box helicase 58, RIG1
Зовнішні ІД	OMIM: 609631 MGI: 2442858 HomoloGene: 32215 GeneCards: DDX58
Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding; • GO:0008026 helicase activity; • zinc ion binding; • зв'язування з іоном металу; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • single-stranded RNA binding; • identical protein binding; • RNA binding; • double-stranded RNA binding; • double-stranded DNA binding; • hydrolase activity; • ATP binding; • nucleic acid binding; • ubiquitin protein ligase binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • cell projection; • мембрана; • bicellular tight junction; • клітинна мембрана; • ruffle membrane; • міжклітинні контакти; • actin cytoskeleton; • цитоскелет; • гіалоплазма;
Біологічний процес	• regulation of cell migration; • response to exogenous dsRNA; • positive regulation of interferon-alpha production; • процес імунної системи; • response to virus; • cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway in response to virus; • GO:1901313 positive regulation of gene expression; • positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production; • positive regulation of interleukin-8 production; • positive regulation of interleukin-6 production; • negative regulation of type I interferon production; • detection of virus; • GO:0022415 viral process; • вроджений імунітет; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • RIG-I signaling pathway; • regulation of type III interferon production; • positive regulation of defense response to virus by host; • positive regulation of interferon-beta production; • protein deubiquitination; • positive regulation of response to cytokine stimulus; • cellular response to exogenous dsRNA; • defense response to virus; • positive regulation of DNA-binding transcription factor activity; • positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	23586
	230073
	ENSG00000107201
	ENSMUSG00000040296
	O95786
	Q6Q899
	NM_014314
	NM_172689
	NP_055129
	NP_766277
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

DDX58 (англ. DExD/H-box helicase 58) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 925 амінокислот, а молекулярна маса — 106 600^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MTTEQRRSLQ	AFQDYIRKTL	DPTYILSYMA	PWFREEEVQY	IQAEKNNKGP
MEAATLFLKF	LLELQEEGWF	RGFLDALDHA	GYSGLYEAIE	SWDFKKIEKL
EEYRLLLKRL	QPEFKTRIIP	TDIISDLSEC	LINQECEEIL	QICSTKGMMA
GAEKLVECLL	RSDKENWPKT	LKLALEKERN	KFSELWIVEK	GIKDVETEDL
EDKMETSDIQ	IFYQEDPECQ	NLSENSCPPS	EVSDTNLYSP	FKPRNYQLEL
ALPAMKGKNT	IICAPTGCGK	TFVSLLICEH	HLKKFPQGQK	GKVVFFANQI
PVYEQQKSVF	SKYFERHGYR	VTGISGATAE	NVPVEQIVEN	NDIIILTPQI
LVNNLKKGTI	PSLSIFTLMI	FDECHNTSKQ	HPYNMIMFNY	LDQKLGGSSG
PLPQVIGLTA	SVGVGDAKNT	DEALDYICKL	CASLDASVIA	TVKHNLEELE
QVVYKPQKFF	RKVESRISDK	FKYIIAQLMR	DTESLAKRIC	KDLENLSQIQ
NREFGTQKYE	QWIVTVQKAC	MVFQMPDKDE	ESRICKALFL	YTSHLRKYND
ALIISEHARM	KDALDYLKDF	FSNVRAAGFD	EIEQDLTQRF	EEKLQELESV
SRDPSNENPK	LEDLCFILQE	EYHLNPETIT	ILFVKTRALV	DALKNWIEGN
PKLSFLKPGI	LTGRGKTNQN	TGMTLPAQKC	ILDAFKASGD	HNILIATSVA
DEGIDIAQCN	LVILYEYVGN	VIKMIQTRGR	GRARGSKCFL	LTSNAGVIEK
EQINMYKEKM	MNDSILRLQT	WDEAVFREKI	LHIQTHEKFI	RDSQEKPKPV
PDKENKKLLC	RKCKALACYT	ADVRVIEECH	YTVLGDAFKE	CFVSRPHPKP
KQFSSFEKRA	KIFCARQNCS	HDWGIHVKYK	TFEIPVIKIE	SFVVEDIATG
VQTLYSKWKD	FHFEKIPFDP	AEMSK

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як імунітет, вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, противірусний захист, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, цитоскелеті, мембрані, клітинних контактах, клітинних відростках, щільних контактах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Cui X.-F., Imaizumi T., Yoshida H., Borden E.C., Satoh K. (2004). Retinoic acid-inducible gene-I is induced by interferon-gamma and regulates the expression of interferon-gamma stimulated gene 15 in MCF-7 cells. Biochem. Cell Biol. 82: 401—405. PMID 15181474 doi:10.1139/o04-041
Seth R.B., Sun L., Ea C.-K., Chen Z.J. (2005). Identification and characterization of MAVS, a mitochondrial antiviral signaling protein that activates NF-kappaB and IRF 3. Cell. 122: 669—682. PMID 16125763 doi:10.1016/j.cell.2005.08.012
Zhao C., Denison C., Huibregtse J.M., Gygi S.P., Krug R.M. (2005). Human ISG15 conjugation targets both IFN-induced and constitutively expressed proteins functioning in diverse cellular pathways. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102: 10200—10205. PMID 16009940 doi:10.1073/pnas.0504754102
Kim M.J., Hwang S.Y., Imaizumi T., Yoo J.Y. (2008). Negative feedback regulation of RIG-I-mediated antiviral signaling by interferon-induced ISG15 conjugation. J. Virol. 82: 1474—1483. PMID 18057259 doi:10.1128/JVI.01650-07
Ishikawa H., Barber G.N. (2008). STING is an endoplasmic reticulum adaptor that facilitates innate immune signalling. Nature. 455: 674—678. PMID 18724357 doi:10.1038/nature07317

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:19102 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 8 вересня 2017. [Архівовано 2015-09-10 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, O95786 (англ.) . Архів оригіналу за 24 серпня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 9

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:19102 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 8 вересня 2017. [Архівовано 2015-09-10 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, O95786 (англ.) . Архів оригіналу за 24 серпня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]