Був розроблений студентами французького Технологічного університету Комп'єня (UTC)[4] у 2009 році. Gephi обирався для Google Summer of Code п'ять разів поспіль: у 2009, 2010, 2011, 2012 та 2013.
Остання його версія, 0.9.0, була випущена в грудні 2015 року,[5] з оновленнями в лютому 2016 року (0.9.1)[6] та 24 вересня 2017 року (0.9.2).[7] Попередні версії: 0.6.0 (2008), 0.7.0 (2010), 0.8.0 (2011), 0.8.1 (2012) та 0.8.2 (2013).[8]
Консорціум Gephi, створений у 2010 році, — французька некомерційна корпорація, яка займається підтримкою розробки майбутніх випусків Gephi. Серед членів консорціуму Інститут політичних досліджень (SciencesPo), Linkfluence, WebAtlas та Quid .[9] Окрім цього Gephi підтримується доволі великою спільнотою користувачів, яка розбивається на дискусійні групи[10] та на форумі[11] . Створюються численні публікації, зокрема в блогах; доповіді та навчальні посібники.[12]
Gephi активно використовується в цілому ряді академічних дослідницьких проектів, зокрема соціологічних; також швидко здобув популярність серед журналістів. Зараз його користувацьке середовище значно розширилося — за допомогою цього пакета можна займатися будь-якою темою мережевого аналізу.[13] Gephi використовувався, серед іншого, для візуалізації глобальної зв'язності контенту New York Times[14] та вивчення мережевого трафіку Twitter під час соціальних заворушень[15][16] ; Gephi надихав створення LinkedIn InMaps[17] і був використаний для візуалізації цілої мережі Truthy.[18]
Загалом Gephi широко використовується в так званих «цифрових гуманітарних науках» (Digital humanities[en]): в історії,[19] літературі, політології тощо. Спеціалісти з такого середовища активно беруть участь у подальшій розробці та популяризації продукту.