HDAC1

HDAC1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4BKX, 5ICN
Ідентифікатори
Символи	HDAC1, GON-10, HD1, RPD3, RPD3L1, histone deacetylase 1, KDAC1
Зовнішні ІД	OMIM: 601241 MGI: 108086 HomoloGene: 68426 GeneCards: HDAC1
Реагує на сполуку
abexinostat, apicidin, belinostat, Масляна кислота, entinostat, givinostat, mocetinostat, panobinostat, pracinostat, quisinostat, resminostat, romidepsin, trichostatin A, Вальпроєва кислота, золінза, entinostat, cudc-101, cudc-907, tacedinaline[1]
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific) • GO:0001106 transcription corepressor activity • histone deacetylase activity • protein N-terminus binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • protein deacetylase activity • histone deacetylase binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • NF-kappaB binding • deacetylase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleosomal DNA binding • enzyme binding • hydrolase activity • core promoter sequence-specific DNA binding • p53 binding • transcription factor binding • RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding • DNA binding • chromatin binding • Krueppel-associated box domain binding • E-box binding • promoter-specific chromatin binding Клітинна компонента • цитоплазма • NuRD complex • гіалоплазма • histone deacetylase complex • Sin3 complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • Хроматин • GO:0035328 Гетерохроматин • transcription regulator complex • transcription repressor complex • GO:0009327 protein-containing complex • soma • Sin3-type complex Біологічний процес • hair follicle placode formation • epidermal cell differentiation • ремоделювання хроматину • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • negative regulation of androgen receptor signaling pathway • embryonic digit morphogenesis • negative regulation of apoptotic process • зсідання крові • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • eyelid development in camera-type eye • circadian regulation of gene expression • negative regulation of gene expression • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • odontogenesis of dentin-containing tooth • protein deacetylation • histone H4 deacetylation • fungiform papilla formation • negative regulation of myotube differentiation • GO:0022415 viral process • histone deacetylation • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • regulation of signal transduction by p53 class mediator • DNA methylation-dependent heterochromatin assembly • beta-catenin-TCF complex assembly • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • positive regulation of cell population proliferation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone H3 deacetylation • regulation of megakaryocyte differentiation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • endoderm development • циркадний ритм • hippocampus development • neuron differentiation • negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • positive regulation of oligodendrocyte differentiation • regulation of endopeptidase activity • regulation of amyloid-beta clearance • negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	3065	433759
Ensembl	ENSG00000116478	ENSMUSG00000028800
UniProt	Q13547	O09106
RefSeq (мРНК)	NM_004964	NM_008228
RefSeq (білок)	NP_004955	NP_032254
Локус (UCSC)	Хр. 1: 32.29 – 32.33 Mb	Хр. 4: 129.41 – 129.44 Mb
PubMed search	[2]	[3]
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

HDAC1 (англ. Histone deacetylase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми^[4]. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 482 амінокислот, а молекулярна маса — 55 103^[5].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAQTQGTRRK		VCYYYDGDVG		NYYYGQGHPM		KPHRIRMTHN		LLLNYGLYRK
MEIYRPHKAN		AEEMTKYHSD		DYIKFLRSIR		PDNMSEYSKQ		MQRFNVGEDC
PVFDGLFEFC		QLSTGGSVAS		AVKLNKQQTD		IAVNWAGGLH		HAKKSEASGF
CYVNDIVLAI		LELLKYHQRV		LYIDIDIHHG		DGVEEAFYTT		DRVMTVSFHK
YGEYFPGTGD		LRDIGAGKGK		YYAVNYPLRD		GIDDESYEAI		FKPVMSKVME
MFQPSAVVLQ		CGSDSLSGDR		LGCFNLTIKG		HAKCVEFVKS		FNLPMLMLGG
GGYTIRNVAR		CWTYETAVAL		DTEIPNELPY		NDYFEYFGPD		FKLHISPSNM
TNQNTNEYLE		KIKQRLFENL		RMLPHAPGVQ		MQAIPEDAIP		EESGDEDEDD
PDKRISICSS		DKRIACEEEF		SDSEEEGEGG		RKNSSNFKKA		KRVKTEDEKE
KDPEEKKEVT		EEEKTKEEKP		EAKGVKEEVK		LA

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, гідролаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми. Локалізований у ядрі.

Література

• Taunton J., Hassig C.A., Schreiber S.L. (1996). A mammalian histone deacetylase related to the yeast transcriptional regulator Rpd3p. Science. 272: 408—411. PMID 8602529 DOI:10.1126/science.272.5260.408
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Cai R.L., Yan-Neale Y., Cueto M.A., Xu H., Cohen D. (2000). HDAC1, a histone deacetylase, forms a complex with Hus1 and Rad9, two G2/M checkpoint Rad proteins. J. Biol. Chem. 275: 27909—27916. PMID 10846170 DOI:10.1074/jbc.M000168200
• Wei L.-N., Hu X., Chandra D., Seto E., Farooqui M. (2000). Receptor-interacting protein 140 directly recruits histone deacetylases for gene silencing. J. Biol. Chem. 275: 40782—40787. PMID 11006275 DOI:10.1074/jbc.M004821200
• Zhou X., Richon V.M., Rifkind R.A., Marks P.A. (2000). Identification of a transcriptional repressor related to the noncatalytic domain of histone deacetylases 4 and 5. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97: 1056—1061. PMID 10655483 DOI:10.1073/pnas.97.3.1056
• Pflum M.K.H., Tong J.K., Lane W.S., Schreiber S.L. (2001). Histone deacetylase 1 phosphorylation promotes enzymatic activity and complex formation. J. Biol. Chem. 276: 47733—47741. PMID 11602581 DOI:10.1074/jbc.M105590200

Примітки

1. Сполуки, які фізично взаємодіють з histone deacetylase 1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
2. Human PubMed Reference:.
3. Mouse PubMed Reference:.
4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:4852 (англ.) . Архів оригіналу за 14 липня 2017. Процитовано 25 серпня 2017. [Архівовано 2017-07-14 у Wayback Machine.]
5. UniProt, Q13547 (англ.) . Архів оригіналу за 12 серпня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.

Див. також

• Хромосома 1

Портал «Біологія»   Портал «Хімія»