PARN

PARN
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2A1R, 2A1S, 3CTR
Ідентифікатори
Символи	PARN, DAN, DKCB6, PFBMFT4, Poly(A)-specific ribonuclease
Зовнішні ІД	OMIM: 604212 MGI: 1921358 HomoloGene: 31098 GeneCards: PARN
Пов'язані генетичні захворювання
	pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, Telomere-related, 4
Онтологія гена
Молекулярна функція	• зв'язування з іоном металу; • mRNA 3'-UTR binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • nucleic acid binding; • nuclease activity; • exonuclease activity; • hydrolase activity; • protein kinase binding; • cation binding; • RNA binding; • poly(A)-specific ribonuclease activity; • telomerase RNA binding; • 3'-5'-exoribonuclease activity;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • гіалоплазма; • ядерце; • клітинне ядро;
Біологічний процес	• mRNA catabolic process; • female gamete generation; • regulation of mRNA stability; • GO:0016547 Редагування РНК; • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; • nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening; • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic; • telomerase RNA stabilization; • positive regulation of telomere maintenance via telomerase; • positive regulation of telomerase activity; • regulation of telomerase RNA localization to Cajal body; • ncRNA deadenylation; • box H/ACA RNA 3'-end processing; • miRNA catabolic process; • polyadenylation-dependent snoRNA 3'-end processing;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	5073
	74108
	ENSG00000140694; ENSG00000274829
	ENSMUSG00000022685
	O95453
	Q8VDG3
	NM_001134477; NM_001242992; NM_002582
	NM_028761; NM_001358452; NM_001358453
	NP_001127949; NP_001229921; NP_002573
	NP_083037; NP_001345381; NP_001345382
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PARN (англ. Poly(A)-specific ribonuclease) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 639 амінокислот, а молекулярна маса — 73 451^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEIIRSNFKS	NLHKVYQAIE	EADFFAIDGE	FSGISDGPSV	SALTNGFDTP
EERYQKLKKH	SMDFLLFQFG	LCTFKYDYTD	SKYITKSFNF	YVFPKPFNRS
SPDVKFVCQS	SSIDFLASQG	FDFNKVFRNG	IPYLNQEEER	QLREQYDEKR
SQANGAGALS	YVSPNTSKCP	VTIPEDQKKF	IDQVVEKIED	LLQSEENKNL
DLEPCTGFQR	KLIYQTLSWK	YPKGIHVETL	ETEKKERYIV	ISKVDEEERK
RREQQKHAKE	QEELNDAVGF	SRVIHAIANS	GKLVIGHNML	LDVMHTVHQF
YCPLPADLSE	FKEMTTCVFP	RLLDTKLMAS	TQPFKDIINN	TSLAELEKRL
KETPFNPPKV	ESAEGFPSYD	TASEQLHEAG	YDAYITGLCF	ISMANYLGSF
LSPPKIHVSA	RSKLIEPFFN	KLFLMRVMDI	PYLNLEGPDL	QPKRDHVLHV
TFPKEWKTSD	LYQLFSAFGN	IQISWIDDTS	AFVSLSQPEQ	VKIAVNTSKY
AESYRIQTYA	EYMGRKQEEK	QIKRKWTEDS	WKEADSKRLN	PQCIPYTLQN
HYYRNNSFTA	PSTVGKRNLS	PSQEEAGLED	GVSGEISDTE	LEQTDSCAEP
LSEGRKKAKK	LKRMKKELSP	AGSISKNSPA	TLFEVPDTW

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном магнію, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Gao M., Fritz D.T., Ford L.P., Wilusz J. (2000). Interaction between a poly(A)-specific ribonuclease and the 5' cap influences mRNA deadenylation rates in vitro. Mol. Cell. 5: 479—488. PMID 10882133 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80442-6
Martinez J., Ren Y.-G., Nilsson P., Ehrenberg M., Virtanen A. (2001). The mRNA cap structure stimulates rate of poly(A) removal and amplifies processivity of degradation. J. Biol. Chem. 276: 27923—27929. PMID 11359775 DOI:10.1074/jbc.M102270200
Ren Y.-G., Martinez J., Virtanen A. (2002). Identification of the active site of poly(A)-specific ribonuclease by site-directed mutagenesis and Fe(2+)-mediated cleavage. J. Biol. Chem. 277: 5982—5987. PMID 11742007 DOI:10.1074/jbc.M111515200
Lejeune F., Li X., Maquat L.E. (2003). Nonsense-mediated mRNA decay in mammalian cells involves decapping, deadenylating, and exonucleolytic activities. Mol. Cell. 12: 675—687. PMID 14527413 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00349-6
Lai W.S., Kennington E.A., Blackshear P.J. (2003). Tristetraprolin and its family members can promote the cell-free deadenylation of AU-rich element-containing mRNAs by poly(A) ribonuclease. Mol. Cell. Biol. 23: 3798—3812. PMID 12748283 DOI:10.1128/MCB.23.11.3798-3812.2003

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з PARN переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8609 (англ.) . Архів оригіналу за 17 жовтня 2015. Процитовано 11 вересня 2017. [Архівовано 2015-10-17 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, O95453 (англ.) . Архів оригіналу за 26 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 16

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Захворювання, генетично пов'язані з PARN переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8609 (англ.) . Архів оригіналу за 17 жовтня 2015. Процитовано 11 вересня 2017. [Архівовано 2015-10-17 у Wayback Machine.]

[UniProt-5] UniProt, O95453 (англ.) . Архів оригіналу за 26 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]