SS18

SS18
Ідентифікатори
Символи	SS18, SSXT, SYT, nBAF chromatin remodeling complex subunit, SS18 subunit of BAF chromatin remodeling complex, SMARCL1
Зовнішні ІД	OMIM: 600192 MGI: 107708 HomoloGene: 38080 GeneCards: SS18
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nuclear receptor coactivator activity • GO:0001105 transcription coactivator activity Клітинна компонента • cytoplasmic microtubule • npBAF complex • клітинне ядро • SWI/SNF complex Біологічний процес • ephrin receptor signaling pathway • GO:0007243 intracellular signal transduction • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • cytoskeleton organization • microtubule cytoskeleton organization • GO:0000767 cell morphogenesis • transcription, DNA-templated • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • neuronal stem cell population maintenance • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • regulation of nucleic acid-templated transcription • positive regulation of nucleic acid-templated transcription Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6760	268996
Ensembl	ENSG00000141380	ENSMUSG00000037013
UniProt	Q15532 Q4VAX0	Q62280
RefSeq (мРНК)	NM_001007559 NM_001308201 NM_005637	NM_001161369 NM_001161370 NM_001161371 NM_009280
RefSeq (білок)	NP_001007560 NP_001295130 NP_005628 NP_005628.2	NP_001154841 NP_001154842 NP_001154843 NP_033306
Локус (UCSC)	Хр. 18: 26.02 – 26.09 Mb	Хр. 18: 14.76 – 14.82 Mb
PubMed search	[1]	[2]
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SS18 (англ. SS18, nBAF chromatin remodeling complex subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 18-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 418 амінокислот, а молекулярна маса — 45 929^[4].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSVAFAAPRQ		RGKGEITPAA		IQKMLDDNNH		LIQCIMDSQN		KGKTSECSQY
QQMLHTNLVY		LATIADSNQN		MQSLLPAPPT		QNMPMGPGGM		NQSGPPPPPR
SHNMPSDGMV		GGGPPAPHMQ		NQMNGQMPGP		NHMPMQGPGP		NQLNMTNSSM
NMPSSSHGSM		GGYNHSVPSS		QSMPVQNQMT		MSQGQPMGNY		GPRPNMSMQP
NQGPMMHQQP		PSQQYNMPQG		GGQHYQGQQP		PMGMMGQVNQ		GNHMMGQRQI
PPYRPPQQGP		PQQYSGQEDY		YGDQYSHGGQ		GPPEGMNQQY		YPDGHNDYGY
QQPSYPEQGY		DRPYEDSSQH		YYEGGNSQYG		QQQDAYQGPP		PQQGYPPQQQ
QYPGQQGYPG		QQQGYGPSQG		GPGPQYPNYP		QGQGQQYGGY		RPTQPGPPQP
PQQRPYGYDQ		GQYGNYQQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Iwasaki T., Koibuchi N., Chin W.W. (2005). Synovial sarcoma translocation (SYT) encodes a nuclear receptor coactivator. Endocrinology. 146: 3892—3899. PMID 15919756 doi:10.1210/en.2004-1513

Примітки

1. Human PubMed Reference:.
2. Mouse PubMed Reference:.
3. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11340 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.
4. UniProt, Q15532 (англ.) . Архів оригіналу за 7 грудня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

• Хромосома 18

Портал «Біологія»   Портал «Хімія»