TDP2

TDP2
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	5J3S, 5INO, 5J3P
Ідентифікатори
Символи	TDP2, AD022, EAP2, EAPII, TTRAP, dJ30M3.3, htyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
Зовнішні ІД	OMIM: 605764 MGI: 1860486 HomoloGene: 9591 GeneCards: TDP2
Пов'язані генетичні захворювання
	autosomal recessive cerebellar ataxia-epilepsy-intellectual disability syndrome due to TUD deficiency
Онтологія гена
Молекулярна функція	• зв'язування з іоном металу; • single-stranded DNA binding; • nuclease activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity; • manganese ion binding; • GO:0001106 transcription corepressor activity; • magnesium ion binding; • tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity; • hydrolase activity;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • PML body; • ядерце; • клітинне ядро; • нуклеоплазма; • aggresome; • ядерні тільця;
Біологічний процес	• cell surface receptor signaling pathway; • double-strand break repair; • GO:0100026 Репарація ДНК; • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; • cellular response to DNA damage stimulus; • negative regulation of nucleic acid-templated transcription; • neuron development;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	51567
	56196
	ENSG00000111802
	ENSMUSG00000035958
	O95551
	Q9JJX7
	NM_016614
	NM_019551
	NP_057698
	NP_062424
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

TDP2 (англ. Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 362 амінокислот, а молекулярна маса — 40 930^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MELGSCLEGG	REAAEEEGEP	EVKKRRLLCV	EFASVASCDA	AVAQCFLAEN
DWEMERALNS	YFEPPVEESA	LERRPETISE	PKTYVDLTNE	ETTDSTTSKI
SPSEDTQQEN	GSMFSLITWN	IDGLDLNNLS	ERARGVCSYL	ALYSPDVIFL
QEVIPPYYSY	LKKRSSNYEI	ITGHEEGYFT	AIMLKKSRVK	LKSQEIIPFP
STKMMRNLLC	VHVNVSGNEL	CLMTSHLEST	RGHAAERMNQ	LKMVLKKMQE
APESATVIFA	GDTNLRDREV	TRCGGLPNNI	VDVWEFLGKP	KHCQYTWDTQ
MNSNLGITAA	CKLRFDRIFF	RAAAEEGHII	PRSLDLLGLE	KLDCGRFPSD
HWGLLCNLDI	IL

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном магнію. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Ledesma F.C., El Khamisy S.F., Zuma M.C., Osborn K., Caldecott K.W. (2009). A human 5'-tyrosyl DNA phosphodiesterase that repairs topoisomerase-mediated DNA damage. Nature. 461: 674—678. PMID 19794497 DOI:10.1038/nature08444
Zeng Z., Cortes-Ledesma F., El Khamisy S.F., Caldecott K.W. (2011). TDP2/TTRAP is the major 5'-tyrosyl DNA phosphodiesterase activity in vertebrate cells and is critical for cellular resistance to topoisomerase II-induced DNA damage. J. Biol. Chem. 286: 403—409. PMID 21030584 DOI:10.1074/jbc.M110.181016
Varady G., Sarkadi B., Fatyol K. (2011). TTRAP is a novel component of the non-canonical TRAF6-TAK1 TGF-beta signaling pathway. PLoS ONE. 6: E25548—E25548. PMID 21980489 DOI:10.1371/journal.pone.0025548
Gao R., Huang S.Y., Marchand C., Pommier Y. (2012). Biochemical characterization of human Tyrosyl DNA Phosphodiesterase 2 (TDP2/TTRAP): a Mg2+/Mn2+-dependent phosphodiesterase specific for the repair of topoisomerase cleavage complexes. J. Biol. Chem. 287: 30842—30852. PMID 22822062 DOI:10.1074/jbc.M112.393983

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з TDP2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17768 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, O95551 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 6

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Захворювання, генетично пов'язані з TDP2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17768 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-5] UniProt, O95551 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]