Deinococcota

Kenja turkum:	Deinococci

Deinococcota
Ilmiy tasnifi
Olam:	Bacteria
Kenja olam:	Negibacteria
Boʻlim:	Deinococcota Weisburg et al. 2021[1]
Sinf:	Deinococci Garrity and Holt 2002
Tartib & Turga oid oilalar
Deinococcales Deinococcaceae Trueperaceae Thermales Thermaceae
Sinonimlari
„Deinobacteria“ Cavalier-Smith 2006 „Deinococcobacteria“ Margulis & Schwartz 1998 „Deinococcaeota“ Oren et al. 2015 „Deinococcota“ Whitman et al. 2018 „Deinococcus-Thermus“ Weisburg et al. 1989 „Hadobacteria“ Cavalier-Smith 2006 „Xenobacteria“

Deinococcota (sinonimi, Deinococcus -Thermus) — bu ekstremofillar sifatida ham tanilgan, atrof-muhitning xavf-xatarlariga yuqori darajada chidamli boʻlgan Deinokokklar sinfiga ega bakteriyalar turkumi hisoblanadi^[2]. Bu bakteriyalar qalin hujayra qobigʻilariga ega boʻlib, ularga gramm-musbat dogʻlar beradi, lekin ularning hujayra qobigʻida ikkinchi qavat membranani mavjud boʻlgani uchun tuzilishi jihatidan gramm-manfiy bakteriyalarga yaqinroq turadi^[3][4][5].

Taksonomiyasi

Deinococcota filumi taksonomik jihatdan bitta sinfdan (Deinokokklar) va ikkita tartibdan iborat:

• Deinokokklar ikkita oilani (Deinococcaceae va Trueperaceae) oʻz ichiga oladi. Ushbu vakilarining uchta avlodi, Deinococcus, Deinobacterium va Truepera kabilar kiradi^[6][7][8]. Truepera radiovictrix taksonomik tartibning eng erta ajralib chiqadigan aʼzosi hisoblanadi^[6]. Tartib doirasida Deinococcus Deinobacterium va Truepera turlariga nisbatan alohida monofiletik klaster hosil qiladi^[9]. Mazkur tartibga oid turlar radiatsiyaga chidamli bir nechta turlarni oʻz ichiga olib, ular yadro chiqindilari va boshqa zaharli moddalarni isteʼmol qilish, anaerob sharoitlarda omon qolish va issiq yoki sovuqning haddan tashqari salbiy taʼsirlari sharoitlarida omon qolish qobiliyati bilan ajralib turadi^[10].
• Thermaleslar issiqqa chidamli bir necha avlodlarni (Marinithermus, Meiothermus, Oceanithermus, Thermus, Vulcanithermus, Rhabdothermus) oʻz ichiga olgan holda, bir oilaga, Thermaceae ichiga birlashtirilgan^[7][8][11]. Filogenetik tahlillar shuni koʻrsatadiki, Thermaleslar, Meiothermus va Termus turlari ichida monofiletik klaster hosil qiladi, Marinithermus, Okeanithermus, Vulcanithermus va Rabdothermusga nisbatan tartib ichida tashqi guruhlar sifatida tarmoqlarga boʻlinadi. Bu Meiothermus va Thermus turlarining tartibdagi boshqa avlodlarga nisbatan bir-biri bilan chambarchas bogʻliqligini koʻrsatadi. Termus aquaticus polimeraza zanjiri reaksiyasining rivojlanishida muhim ahamiyatga ega boʻlib, termobarqaror DNK polimeraza fermentini qoʻllash orqali bu yerda DNKni qismlarga boʻlish va parchalashining takroriy sikllarini amalga oshiradi^[12].

Garchi bu ikki guruh umumiy ajdoddan kelib chiqqan boʻlsa ham, qarama-qarshilikning ikkita mexanizmi asosan mustaqil boʻlib koʻrinadix^[13].

Molekulyar belgilari

Konservatsiyalangan imzo indekslari (CSI) va oqsillar (CSPs) koʻrinishidagi molekulyar imzolar (DNKning kichik qismidagi axborot) topildi, ular Deinococcota filumiga mansub barcha aʼzolari tomonidan yagona nushada teng taqsimlangan^[14][15]. Ushbu CSI va CSPs oʻziga xos xususiyati tartibni boshqa barcha bakterial organizmlardan ajratib turuvchi xususiyatlari boʻlib, ularning eksklyuziv tarqalishi fiziologiyada kuzatilgan CSI va CSPs, shuningdek, tartib ichidagi ketma-ketlik va oila darajasidagi taksonomik reytinglarni qoʻllab-quvvatlaydigan farqlarga parallel boʻlishi isbotlandi. Tekshiuvlar darajasidagi farqlarni qoʻllab-quvvatlaydigan baʼzi CSI-lar tegishli ekstremofil xususiyatlarda rol oʻynaydi deb baholangan Thermales turlarida DNKga yoʻnaltirilgan RNK polimeraza boʻlinmasi beta va DNK topoizomerazasida topilgan CSI’lar termofillikda ishtirok etishi mumkin,^[16]. Deinokokkalar turlarida aniqlangan eksinukleaza ABC, DNK giraza va DNKni tiklash RadA proteinida radiorezistentlik bilan bogʻliq boʻlishi mumkin degan tahminlar mavjud^[17]. Deinococcus turiga mansub barcha aʼzolar uchun noyob topilgan ikkita CSP yaxshi xarakterli boʻlib, ularning xarakterli radiorezistent fenotipida muhim ahamiyatga ega deb hisoblanadix. Ushbu CSPlar DNKning zararlanishini tiklaydigan protein PprA, bir zanjirli DNKni bogʻlaydigan DdrB oqsilini oʻz ichiga oladi.

Bundan tashqari, ushbu guruhdagi baʼzi avlodlar, jumladan Deinococclar, Thermus va Meiothermus, shuningdek, ularni guruhning qolgan qismlaridan va boshqa barcha bakteriyalardan ajratish uchun oʻz tarkibi, tuzilishi bilan kerakli vositani taʼminlab, ularning tegishli turlarini oʻz ichiga olgan individual avlodlar sifatida ajratib turadigan molekulyar belgilarga ega hisoblanadi. Truepera radiovictrix uchun maxsus CSI’lar ham topilgan.

Xalqaro tasnifi

16S rRNK asosidagi LTP_01_2022 tasnifi[18][19][20]	Genom taksonomiyasi maʼlumotlar bazasi tomonidan GTDB 07-RS207 tasnifi[21][22][23].
Thermales Thermaceae     "Allomeiothermus"       Calidithermus     Meiothermus             Rhabdothermus     Vulcanithermus         Oceanithermus       Marinithermus     Thermus               Trueperales Trueperaceae Truepera     Deinococcales Deinococcaceae   Deinobacterium     Deinococcus	Deinococcales   "Marinithermaceae"   Marinithermus     Oceanithermus     Thermaceae     "Allomeiothermus"       Calidithermus     Meiothermus         Thermus         Trueperaceae Truepera   Deinococcaceae     Deinobacterium     Deinococcus species-group 2       Deinococcus

Taksonomiyasi

Hozirgi vaqtda qabul qilingan taksonomiya Nomenklaturada (LPSN)^[24] va Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI)^[25] bilan prokariotik nomlar roʻyxatiga asoslangan holda yaratilgan.

• Phylum Deinococcota Oren va Garrity 2021-yil
  • Class Deinococci Garrity & Holt 2002 ["Deinococcia" Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020 ; „Thermi“ Rinke va boshqalar. 2013 yil ; „Thermia“ Cavalier-Smit 2020-yil ]
    • Buyurtma Deinococcales Rainey va boshqalar. 1997-yil [Trueperales Garcia-López va boshqalar. 2020-yil ]
      • Deinococcaceae oilasi Bruks va Murray 1981-yil tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997 -il
        • Genus Deinococcus Brooks va Murray 1981-yilda tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997-yil
        • Genus Deinobacterium Ekman va boshqalar. 2011-yil
      • Trueperaceae oilasi Rainey va boshqalar. 2005-yil
        • Truepera da Kosta jinsi, Reyni va Albukerke 2005-yil
    • Thermales Rainey va Da Kosta 2002-yil
      • Oila Thermaceae Da Kosta va Rainey 2002-yil
        • " Allomeiothermus " turlar Jiao va boshqalar. 2022-yil
        • Genus Calidithermus Raposo va boshqalar. 2019-yil
        • Genus Marinithermus Sako va boshqalar. 2003-yil
        • Genus Meiothermus Nobre va boshqalar. 1996-yil tuzatildi. Albuquerque va boshqalar. 2009 yil
        • Okeanithermus jinsi Miroshnichenko va boshqalar. 2003-yil tuzatish. Mori va boshqalar. 2004 yil
        • Genus Rhabdothermus Steinsbu va boshqalar. 2011-yil
        • Genus Thermus Brock and Freeze 1969-yilda tuzatilgan. Nobre va boshqalar. 1996-yil
        • Jins Vulcanithermus Miroshnichenko va boshqalar. 2003-yil

Ketma-ket genomlari

Hozirgi vaqtda ushbu boʻlimda 10-ta ketma-ket genomlar mavjud hisoblanadi^[26].

• Deinococcus radiodurans R1
• Thermus thermophilus HB27
• Thermus thermophilus HB8
• Deinococcus geothermalis DSM 11300
• Deinococcus deserti VCD115
• Meiothermus ruber DSM 1279
• Meiothermus silvanus DSM 9946
• Truepera radiovictrix DSM 17093
• Okeanithermus profundus DSM 14977

Meiothermus turkumiga oid ikkita turi bakteriya va arxeya genomik entsiklopediyasi (GEBA) loyihasi homiyligida sekvensiyalangan boʻlib, u organizmlarni patogenlik yoki saprofitlikka emas, balki filogenetik yangilikka asoslangan holda tartiblashga qaratilgan hisoblanadi^[27].

Yana qarang

• Bakteriyalar avlodlari roʻyxati
• Bakteriya turkumlari roʻyxati

Manbalar

1. Oren A, Garrity GM (2021). „Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes“. Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. S2CID 239887308.
2. „Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus–Thermus phylum“ (PDF). Int. Microbiol. 10-jild, № 3. 2007-yil sentabr. 201–8-bet. PMID 18076002. 2011-06-14da asl nusxadan (PDF) arxivlandi. {{cite magazine}}: sana kiritilishi kerak boʻlgan parametrga berilgan qiymatni tekshirish lozim: |date= (yordam)
3. „Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes“. Antonie van Leeuwenhoek. 100-jild, № 2. 2011. 171–182-bet. doi:10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647. PMID 21717204.
4. „Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria“ (PDF). Arch Microbiol. 196-jild, № 4. 2014. 307–310-bet. doi:10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491.
5. „A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture“. Trends Microbiol. 18-jild, № 10. 2010. 464–470-bet. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
6. „Truepera radiovictrix gen. nov., sp. nov., a new radiation resistant species and the proposal of Trueperaceae fam. nov“. FEMS Microbiol Lett. 247-jild, № 2. 2005. 161–169-bet. doi:10.1016/j.femsle.2005.05.002. PMID 15927420.
7. Garrity GM, Holt JG. (2001) Phylum BIV.
8. Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005) Phylum BIV.
9. name="pmid27506333">„Identification of distinctive molecular traits that are characteristic of the phylum "Deinococcus–Thermus" and distinguish its main constituent groups“. Syst Appl Microbiol. 39-jild, № 7. 2016. 453–463-bet. doi:10.1016/j.syapm.2016.07.003. PMID 27506333.
10. „Why is Deinococcus radiodurans so resistant to ionizing radiation?“. Trends Microbiol. 7-jild, № 9. 1999. 362–5-bet. doi:10.1016/S0966-842X (99)01566-8. PMID 10470044. {{cite magazine}}: Check |doi= value (yordam)
11. „Deinococcus thermus“. www.bacterio.cict.fr. 2013-yil 27-yanvarda asl nusxadan arxivlangan.
12. „A general method of site-specific mutagenesis using a modification of the Thermus aquaticus“. Anal Biochem. 180-jild, № 1. 1989. 147–151-bet. doi:10.1016/0003-2697 (89)90103-6. PMID 2530914. {{cite magazine}}: Check |doi= value (yordam)
13. „Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: Divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance“. BMC Evol. Biol. 5-jild. 2005. 57-bet. doi:10.1186/1471-2148-5-57. PMC 1274311. PMID 16242020.
14. name="pmid18076002">„Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus–Thermus phylum“ (PDF). Int. Microbiol. 10-jild, № 3. 2007-yil sentabr. 201–8-bet. PMID 18076002. 2011-06-14da asl nusxadan (PDF) arxivlandi. {{cite magazine}}: sana kiritilishi kerak boʻlgan parametrga berilgan qiymatni tekshirish lozim: |date= (yordam)
15. „Identification of distinctive molecular traits that are characteristic of the phylum "Deinococcus–Thermus" and distinguish its main constituent groups“. Syst Appl Microbiol. 39-jild, № 7. 2016. 453–463-bet. doi:10.1016/j.syapm.2016.07.003. PMID 27506333.
16. „Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 A resolution“. Cell. 98-jild, № 6. 1999. 811–824-bet. doi:10.1016/S0092-8674 (00)81515-9. PMID 10499798. {{cite magazine}}: Check |doi= value (yordam)
17. „Analysis of Deinococcus radiodurans's transcriptional response to ionizing radiation and desiccation reveals novel proteins that contribute to extreme radioresistance“. Genetics. 168-jild, № 1. 2004. 21–23-bet. doi:10.1534/genetics.104.029249. PMC 1448114. PMID 15454524.
18. „The LTP_01_2022“. The All-Species Living Tree Project. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
19. „LTP_all tree in newick format“. The All-Species Living Tree Project. 4-sentabr 2022-yilda asl nusxadan arxivlangan. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
20. „LTP_01_2022 Release Notes“. The All-Species Living Tree Project. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
21. „GTDB release 07-RS207“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
22. „bac120_r207.sp_labels“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
23. „Taxon History“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
24. J.P. Euzéby. „Deinococcota“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Qaraldi: 22-yanvar 2022-yil.
25. Sayers. „Deinococcus-Thermus“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Qaraldi: 20-mart 2016-yil.
26. „Microbial Genomes“.
27. Wu, D.; Hugenholtz, P.; Mavromatis, K.; Pukall, R. D.; Dalin, E.; Ivanova, N. N.; Kunin, V.; Goodwin, L.; Wu, M. (2009). „A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea“. Nature. 462-jild, № 7276. 1056–1060-bet. Bibcode:2009Natur.462.1056W. doi:10.1038/nature08656. PMC 3073058. PMID 20033048.

Bu andozaning koʻrinishini qanday boshqarish

• Qoʻlla {{Deinococcota |holat=yigʻilgan}}  bu andozani yigʻish (yashir) holatida koʻrsatish.
• Qoʻlla {{Deinococcota |holat=kengaytirilgan}}  bu andozani kengaytirish (toʻliq koʻrsatish) holatida koʻrsatish.
• Qoʻlla {{Deinococcota |holat=avtomatik yigʻish}}  bu andozani yigʻish (yashir) holatida koʻrsatish faqat agar sahifada bir xil turdagi boshqa bir andoza boʻlsa.
• Agar oʻrnatilmagan boʻlsa, unda (andoza kodidagi holat parametrini koʻring), avtomatik yigʻish bu majburiyatni bajarmaslik holati.

1. „GTDB release 07-RS207“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 6-dekabr 2021-yil.
2. „ar53_r207.sp_label“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2021-yil.
3. „Taxon History“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 6-dekabr 2021-yil.
4. Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (2020-yil sentabr). „A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea“. Nature Biotechnology. 38-jild, № 9. 1079–1086-bet. bioRxiv 10.1101/771964. doi:10.1038/s41587-020-0501-8. PMID 32341564. S2CID 216560589. {{cite magazine}}: sana kiritilishi kerak boʻlgan parametrga berilgan qiymatni tekshirish lozim: |date= (yordam)