Yaponiya Gʻarb uslubidagi muzeylar gʻoyasi ( hakubutsukan língín ) bilan Bakumatsu davridayoq Golland tadqiqotlari orqali tanishtirilgan.
1858-yilda AQSh-Yaponiya do‘stlik shartnomasi tuzilgandan so‘ng Amerikaga yapon delegatsiyasi G‘arb uslubidagi muzeylarni bevosita kuzatila boshlandi.
Meydzi davri qayta tiklanishidan so'ng, botanik Keysuke Ito va tabiatshunos Tanaka Yoshio ham G'arbda topilgan narsalardan muzey ob'ektlarini yaratish zarurligi haqida yozdilar. O'tmishning tarixiy yodgorliklarini saqlab qolish uchun inshootlar qurishga tayyorgarlik boshlandi.
1872 yilda Ta'lim vazirligining muzeyi Tokioning Yusima hududida Yaponiyaning birinchi ko'rgazmasini o'tkazdi. Minerallar, qazilma qoldiqlar, hayvonlar, o'simliklar, mintaqaviy hunarmandchilik va artefaktlar namoyish etilgan maqolalar orasida [1].
1877 yilda Ueno bog'ida (hozirgi Yaponiya Milliy fan muzeyi) fizika, kimyo, zoologiya, botanika va mintaqaviy hunarmandchilikka bag'ishlangan ko'rgazmalar bilan Ta'lim muzeyi (Kyoiku Hakubutsukan língínínín ) ochildi. Ko‘rgazma doirasida badiiy buyumlar “san’at muzeyi”da ham namoyish etildi.
Imperator uy xo'jaligi bo'limi 1886-yilda tarixiy ashyolarga bag'ishlangan markaziy muzeyning tashkil etilishini nazorat qildi. Bundan tashqari, 1877-yildan keyingi yillarda Akita, Niigata, Kanazava, Kioto, Osaka va Xirosimada mintaqaviy muzeylar tashkil etishga katta ishtiyoq bor edi.
1895-yilda Nara milliy muzeyi, 1897-yilda esa Kioto milliy muzeyi o'z eshiklarini ochdi [2]. Boshqa milliy ixtisoslashtirilgan muzeylar: Qishloq xo'jaligi va savdo vazirligi ko'rgazma zali (1897), Patent idorasi ko'rgazma zali (1905) va pochta muzeyi (1902).
1925 yilda Tokio milliy muzeyi kollektsiyasining bir qismi bo'lgan Imperator uy-ro'zg'or muzeyi fan va tarixiy yodgorlik bo'limlariga ajratildi. Kategoriyalarni ajratish san'at muzeyini yaratish sari qadam bo'ldi.
Milliy muzeylardan tashqari, asr boshlaridan keyin xususiy muzeylar ham tashkil etildi. Birinchi xususiy muzey 1917- yilda Okura Kixachiro kolleksiyasini saqlash uchun qurilgan Okura Shukokan muzeyi edi. Sanoatchi Oxara Mogasaburo 1930-yilda Okayama prefekturasining Kurashiki shahrida Oxara san'at muzeyini tashkil etdi. Muzey G'arb san'atiga bag'ishlangan birinchi yapon muzeyi edi.
1945-yilga kelib Yaponiyada 150 ta muzey bor edi. Biroq, Buyuk Kanto zilzilasi (1923), Xitoy-Yaponiya urushi va Ikkinchi Jahon urushi Yaponiya muzeylari faoliyatining turg'unligiga olib keldi.
Yaponiya san'ati buyumlari Nara davridan boshlab ziyoratgohlar va ibodatxonalarning Shosōin (xazina uylari) da to'plangan. Artefaktlar Meiji davrida tashkil etilgan milliy hakubutsukan tarkibiga kiritilgan, ammo 1945-yilgacha san'at muzeyining alohida toifasiga ( bijutsukan língín ) kiritilmagan.
Urush paytida to'xtatilgan muzeylar uchun rejalar 1950-yillarda qayta tiklandi. Kyoiku Xakubutsukan 1949-yilda Yaponiya Milliy Ilmiy Muzeyiga aylandi (Kokuritsu Kagaku Hakubutsukan ), sobiq Monbusho Hakubutsukan esa Tokio milliy muzeyiga aylandi (Tokyo Kokuritsu Hakubutsukan 25.
Hukumat urushdan keyingi davrda san'at muzeyini rivojlantirishga qaratdi, Tokiodagi Milliy zamonaviy san'at muzeyini (Tokyo Kokuritsu Kindai Bijutsukan ) ochdi, unda yapon va xorijiy san'at saqlanadi.
Urushdan keyin ham xususiy muzeylar ochildi. 1966 yilda Yamatane san'at muzeyi va Idemitsu san'at galereyasi tashkil etildi, ikkalasi ham shaxsiy kolleksiyalar atrofida qurilgan.
1970-yillarda prefektura va mahalliy hokimiyat organlari o'zlarining shaxsiy jamoalarining an'anaviy san'ati va hunarmandchiligi yoki tijoratiga bag'ishlangan muzeylar va san'at muzeylarini ochishni boshladilar. 1980-yillarda yangi san'at muzeyini rivojlantirishda milliy portlash kuzatildi, faqat 1988-yilda 90 ta yangi ob'ekt qurilgan.
Ushbu muzeylarning ko'pchiligini tashkil etishda mahalliy hukumatlar faol bo'lgan. Bundan tashqari, sanoatning alohida sohalariga bag'ishlangan muzeylar ham tashkil etilgan, ular orasida Denryokukan língínín Elektr energiyasi muzeyi, 1984-yil) va Metro muzeyi (Chikatetsu Hakubutsukan 1986) tashkil etilgan.