Ngoài nghiên cứu địa chất, Kimura còn được cả thế giới biết đến nhờ khám phá các công trình kiến trúc dưới nước mà ông tuyên bố là tàn tích của một nền văn minh cổ đại. Những cấu trúc dạng này được các thợ lặn địa phương nhận dạng vào năm 1988. Năm 1992, ông tập trung nghiên cứu cái gọi là Đài tưởng niệm Yonaguni và các thành hệ khác ngoài khơi Yonaguni, cực tây của Ryukyu. Trong một báo cáo được đưa ra cho Đại hội Khoa học Thái Bình Dương lần thứ 21 vào năm 2007, ông cho rằng nó được xây dựng từ 2.000 đến 3.000 năm trước khi mực nước biển gần với mức hiện tại.[3]
Kimura, Masaaki (1976). “Major Magmatic Activity as a Key to Predicing Large Earthquakes Along the Sagami Trough, Japan”. Nature. 260 (5547): 131–133. Bibcode:1976Natur.260..131K. doi:10.1038/260131b0.
“Geological Structure of the Izu Ogasawara Arc and Trench”. 1976. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Significant Eruptive Activities Related to Large Interplate Earthquakes in the Northwestern Pacific Margin”. 1978. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Volcanism and Seismicity in the Kyushu and Ryukyu Islands Areas”. 1978. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Submarine Geology around the Southern Ryukyu Islands, with Special Reference to the Okinawa Trough”. 1979. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Submarine Tectonics Around the Japanese Islands, with Special Reference to Tectonics of the Sagami Trough”. 1979. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Formation of the Okinawa Trough”. 1985. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Okinawa Trough genesis: structure and evolution of a backarc basin developed in a continent”. 1985. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Back Arc Rifting in the Okinawa Trough”. 1986. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Okinawa Trough Genesis: Structure and Evolution of a Backarc Basin Developed in a Continent”. 1986. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Origin of the Okinawa Trough”. 1986. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“The Okinawa Trough: Genesis of a Back arc Basin Developing Continental Margin”. 1986. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
Sibuet, Jean-Claude; Masaaki Kimura; và đồng nghiệp (1987). “Back arc extension in the Okinawa Trough”. Journal of Geophysical Research. 92 (B13): 14041–14063. Bibcode:1987JGR....9214041S. doi:10.1029/JB092iB13p14041.
“Geostructure of the Okinawa Trough”. 1988. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Submarine Geology of the Nansei Islands”. Modern Geology. 1988.
“Major and trace element chemistry and D/H, 18O/16O, 87Sr/86Sr and 143Nd/144Nd ratios of rocks from the spreading center of the Okinawa Trough, a marginal back arc basin”. 1991. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Morphology and Geology of the Magellan Trough Area in the Central Pacific”. 1992. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Origin of the Magnetic Anomalies in the Southern Okinawa Trough”. 1992. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Relationship between the West Pacific Rift System and mid oceanic ridges”. 1992. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Tectonic Evolution of the East China Sea and the Okinawa Trough”. 1992. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
Science on Eruptions and Earthquakes. Ronso-sha. 1993.
Volcanic Belts and Volcano-Tectonic Structure of the East Asia. Geological Committee for Mineral Resources of the Russian Federation Government Far Eastern Research Institute of Raw Materials. 1993.
Prediction of the shock. Seishun-shuppan. 1994.
“Active Rift System in the Okinawa Trough and Its Northeastern Continuation”. 1995. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Quaternary Paleo-Geography of the Ryukyu Arc”. Journal of Geography. 105 (3). 1996.
“Construction and breakup of the Ryukyu Landbridge and their tectonic implications as derived from precise bottom topography and regional gravity anomaly in the southwestern part of the Japanese islands”. 1996. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Neotectonic development of the Okinawa Trough and the Ryukyu Arc”. 1996. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
Kimura, Masaaki (1996). “Ryukyu in the Late Quaternary”. Journal of Geography (bằng tiếng Nhật). 105 (3): 261–268.
“Seismicity and Crustal Movement of Ryukyu Arc”. 1997. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Surface Deformation and Origin of Large Scale Tsunami in the Southwesternmost Part of the Ryukyu Arc”. 1997. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
A Continent Lost in the Pacific Ocean - Riddle of the Submarine Ruins in the Ryukyu Islands - Tokyo 1998
“Geochemical and Sr Nd isotopic characteristics of volcanic rocks from the Okinawa Trough and Ryukyu Arc: Implications for the evolution of a young, intracontinental back arc basin”. 1999. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Ancient Megalithic Construction Beneath the Sea off Ryukyu Islands in Japan, Submerged by Post Glacial Sea level Change”. 2004. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Statistical analysis of time distance relationship between volcanic eruptions and great earthquakes in Japan”. 2004. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Frequency Attribute Study of Seismic Data”. 2005. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“The Mid Niigata Prefecture Earthquake in 2004: A view from Statistical Analysis”. 2005. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
“Submarine, across arc normal fault system in the southwest Ryukyu Arc: trigger of the 1771 tsunami hazard?”. 2006. Chú thích journal cần |journal= (trợ giúp)
Diving Survey Report for Submarine Ruins Off Yonaguni, Japan
Masaaki Kimura. “Sunken Citadel off Yonaguni Island”. Ancient American. 6 (39).