是時中原士人避亂而南，琮傾家給濟，依琮居者以百數，遂顯名遠近。
建安二十四年，劉備將關羽圍樊、襄陽，琮上疏陳羽可討之計，權時已與呂蒙謀之。及擒羽，權置酒公安。顧謂琮曰：「君前陳此，孤雖不相答，今日之捷，抑亦君之功也。」封陽華亭侯。
黃武元年，魏以舟軍大出洞口，吳王權使呂範督諸將拒之，軍營相望。敵數千人出江中，琮帶甲仗兵擊破之。遷綏南將軍，進封錢唐侯。
七年，王到皖，使琮與輔國將軍陸遜擊曹休，破之於石亭。是時丹楊、吳、會稽民復為賊，王分三郡險地為東安郡，琮領太守，大破賊眾。
赤烏九年，遷右大司馬、左軍師。大帝將圍朱崖州及夷州，皆先問琮。琮諫之，帝不聽。軍行經歲，士眾疾疫死者十有八九，帝深悔之。
琮為人恭順，善於承顏納規，言辭未嘗切迕。