巢刺王元吉小字三胡。高祖兵已西，留守太原，封姑臧郡公，進齊國，總十五郡諸軍事，加鎮北將軍、太原道行軍元帥。帝受禪，進王齊，為并州總管。
初，元吉生，太穆皇后惡其貌，不舉，侍媼陳善意私乳之。及長，猜鷙好兵，居邊久，益驕侈。常令奴客、諸妾數百人被甲習戰，相擊刺，死傷甚眾。後元吉中創，善意止之，元吉恚，命壯士拉死，私謚慈訓夫人。
劉武周略汾、晉，詔遣右衛將軍宇文歆助守。元吉喜鷹狗，出常載罝罔三十車，曰：「我寧三日不食，不可一日不獵。」夜潛出淫民家，府門不閉。歆驟諫，不納，乃顯表於帝曰：「王數出與竇誕縱獵，蹂民田，縱左右攘奪，畜產為盡。每射於道，觀人避矢以為樂。百姓怨毒。不可與共守。」有詔召還。元吉密諷民詣闕請，乃得歸。武周以五千騎屯黃蛇嶺，元吉使將軍張達以步卒百人嘗寇，達辭兵少，強之，至則盡沒。達怒，導武周陷榆次。元吉保祁，賊急攻之，遁還并州，賊張甚。元吉紿司馬劉德威曰：「公以老弱守，吾率銳士拒賊。」因賫寶物、攜妻妾夜出，委軍奔京師，并州陷。帝怒，自是嘗令從秦王征討，不復顓軍矣。
尋授侍中、襄州道行臺尚書令、稷州刺史。秦王圍東都，竇建德來援，王以精騎逆戰，留元吉、屈突通守，而王世充易之，輒出兵，元吉設伏劫之，斬首八百級，禽其將。東都平，拜司空，賜袞冕服、鼓吹二部、班劍二十人、黃金二千斤，與太子、秦王得三爐鑄錢。累進司徒，兼侍中、并州大都督。
時秦王有功，而太子不為中外所屬，元吉喜亂，欲並圖之。乃構於太子曰：「秦王功業日隆，為上所愛，殿下雖為太子，位不安，不早計，還踵受禍矣，請為殿下殺之。」太子不忍，元吉數諷不已，許之。於是邀結宮掖，厚賂中書令封德彜，使為遊說，帝遂疏秦王，愛太子。元吉乃多匿亡命壯士，厚賜之，使為用。元吉記室參軍榮九思為詩刺之曰：「丹青飾成慶，玉帛禮專諸。」元吉見之，弗悟也。其典簽裴宣儼免官，往事秦府，元吉疑事泄，鴆殺之。自是人莫敢言。秦王嘗從帝幸元吉第，伏護軍宇文寶寢內，將以刺王，太子固止之，元吉慍曰：「為兄計，於我何害？」
突厥郁射設入圍烏城，建成薦元吉北討，乃多引秦王府驍將秦叔寶、尉遲敬德、程知節、段誌玄與行，又籍秦府精兵益麾下。帝知之，不能禁。元吉承間密請害秦王，帝曰：「是有定四海功，殺之無名。」元吉曰：「王昔平東都，顧望不即西，散金帛樹私惠，豈非反邪？」帝不應。太子與元吉謀：「兵行，吾與秦王至昆明池，伏壯士拉之，以暴卒聞，上無不信。然後說帝付吾國，吾以爾為皇太弟，而盡擊殺叔寶等。」率更令王晊密以謀告秦王，王召僚屬謀，皆曰：「元吉戾很，使得誌，且不能事其兄。往者護軍薛寶以元吉字合之，其文成『唐』，元吉喜曰：『但除秦王，取東宮如反掌耳！』為亂未克，已復傾奪，大王不蚤正之，社稷非復唐有。」秦王由是定計。
死年二十四。子承業為梁郡王，承鸞漁陽王，承獎普安王，承裕江夏王，承度義陽王，並伏誅。貞觀初，改葬，追爵海陵郡王及謚。後改封巢，以曹王明嗣。