巴伦西亚晚年居住在自己位于波帕扬的别墅内,并时常前往郊野打猎[30],期间,他曾于1941年担任哥伦比亚国防委员会委员[16]:56;1943年7月8日,巴伦西亚在住所因病逝世,终年69岁[30]。哥伦比亚政府为此颁布为期三天的全国哀悼日,哥国卡塔赫纳、圣玛尔塔、伊瓦格、库库塔等地皆有民众自发悼念巴伦西亚[31]。哥伦比亚政府亦于巴伦西亚逝世当年通过第80号法案,决定将他生前居住过的别墅确立为歷史建築,并改称为吉列尔莫·巴伦西亚国家博物馆(西班牙語:Casa Museo Maestro Guillermo Valencia)[32],以供民众参观[18]。波帕扬市的一所剧院也被命名为吉列尔莫·巴伦西亚城市剧院(維基數據所列:Q42813466),以向他致敬[33]。
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