16BO133病毒

16BO133病毒
病毒分類 编辑
（未分级）： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
门： 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 套式病毒目 Nidovirales
科： 冠状病毒科 Coronaviridae
属： 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亚属： SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种：
嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒 SARSr-CoV
毒株：
16BO133病毒 16BO133

16BO133病毒是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV）的一個病毒株，在韓國的馬鐵菊頭蝠中發現，於2019年發表，其基因組被完整定序，是首個被完整定序的韓國SARSr-CoV病毒株，在SARSr-CoV中屬於SARS-CoV相關病毒，與其基因組序列相似度為82.8%。

發現

[编辑]

16BO133病毒於2016年在韓國馬鐵菊頭蝠的口腔樣本中被發現，此病毒株的基因組長29075nt。在SARSr-CoV中，16BO133和2016年發表、自中國吉林馬鐵菊頭蝠中發現的JTMC15病毒最為接近，基因組核酸序列相似度為98.3%，與其他SARSr-CoV相較之下，這兩個病毒株因爲ORF7b末端的框移突變而喪失了ORF8[1][2]。16BO133病毒和SARS-CoV的基因組核酸序列相似度則為82.8%[3]。

過去雖有其他SARSr-CoV病毒株在韓國被發現（B15-21病毒等），但皆無完整序列定序[4]，16BO133病毒是首個被完整定序的韓國SARSr-CoV病毒株[1]。

演化樹

[编辑]

截至2021年1月 (2021-01)，SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹：

 
 

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韓國全羅北道 （2016年採集、2019年發表）[1]

 
 
 
 

Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中國湖北宜昌 （2004年採集、2005年發表）[5]

 
 

BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中國廣東 （2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株）[6]

 
 
 
 

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中國雲南保山 （2011年採集、2014年發表）[7]

 
 
 

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中國廣西南寧 （2004年採集、2005年發表）[5]

 
 
 

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰 （2013年採集、2015年發表）[8]

 
 

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰 （2013年採集、2015年發表）[8]

 
 
 
 
 
 

SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 （2011年採集、2013年發表）[9]

 
 

WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明 （2012年採集、2013年發表）[9]

 
 
 

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明 （2013年採集、2016年發表）[10]

 
 
 
 

果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東[6]

 
 

SARS-CoV 100 %

 
 
 
 
 
 
 
 

SARS-CoV-2 79 %

 
  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人類病毒


參考文獻

[编辑]
  1. ^ 1.0 1.1 1.2 Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英语）. 
  2. ^ Xu L, Zhang F, Yang W, Jiang T, Lu G, He B; et al. Detection and characterization of diverse alpha- and betacoronaviruses from bats in China.. Virol Sin. 2016, 31 (1): 69–77. PMC 7090707 可免费查阅. PMID 26847648. doi:10.1007/s12250-016-3727-3. 
  3. ^ Na EJ, Lee SY, Kim HJ, Oem JK. Comparative genetic analyses of Korean bat coronaviruses with SARS-CoV and the newly emerged SARS-CoV-2.. J Vet Sci. 2021, 22 (1): e12. PMC 7850784 可免费查阅. PMID 33522164. doi:10.4142/jvs.2021.22.e12. 
  4. ^ Kim HK, Yoon SW, Kim DJ, Koo BS, Noh JY, Kim JH; et al. Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome-Like, Middle East Respiratory Syndrome-Like Bat Coronaviruses and Group H Rotavirus in Faeces of Korean Bats.. Transbound Emerg Dis. 2016, 63 (4): 365–72. PMC 7169817 可免费查阅. PMID 27213718. doi:10.1111/tbed.12515. 
  5. ^ 5.0 5.1 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英语）. 
  6. ^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英语）. 
  7. ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英语）. 
  8. ^ 8.0 8.1 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 可免费查阅. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英语）. 
  9. ^ 9.0 9.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英语）. 
  10. ^ Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英语）.