VMD

VMD
	VMD 1.8.3 软件截图.
原作者	威廉·汉弗莱，安德鲁·达尔克，克劳斯·舒尔顿，约翰·斯通
開發者	UIUC
首次发布	1995年7月4日，29年前
当前版本	1.9.2（2014年12月，10年前）
操作系统	OS X, Unix, Windows
语言	English
类型	分子建模
许可协议	需注册(Distribution-specific)
网站	www.ks.uiuc.edu/Research/vmd

VMD(英語：Visual molecular dynamics, 可视化分子动力学)是一套分子建模与可视化软件^[2]，主要用来分析分子动力学模拟的实验数据。同时，软件也包含处理长度与提及相关数据的模块，能可视化与分析轨迹，添加任意图形，并能导出成其他软件能利用的格式例如POV-Ray，PRMan，VRML等。用户能运行Tcl和Python脚本进行批量操作，也可通过Tcl/Tk与其他程序进行交互。VMD能在Unix，MacOS，Microsoft Windows等操作系统下运行^[3]。对于非商业用途，VMD通过特定分发协议发布，用户注册后可免费使用和修改源码^[4]。

外部链接

官方网站
VMD on GPUs （页面存档备份，存于互联网档案馆）
Protein workbench STRAP（页面存档备份，存于互联网档案馆）

参考资料

^ VMD license. [2017-01-03]. （原始内容存档于2022-01-21）.
^ Humphrey, William; Dalke, Andrew; Schulten, Klaus. VMD: Visual molecular dynamics. Journal of Molecular Graphics. February 1996, 14 (1): 33–38. PMID 8744570. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5.
^ VMD User's Guide Version 1.9.1 (PDF). Massachusetts Institute of Technology. NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics. [January 29, 2012]. （原始内容 (PDF)存档于2016-06-09）.
^ VMD License. Theoretical and Computational Biophysics Group. NIH Center for Macromolecular Modeling & Bioinformatics, University of Illinois at Urbana–Champaign. [4 January 2016]. （原始内容存档于2022-01-21）.

[1] VMD license. [2017-01-03]. （原始内容存档于2022-01-21）.

[Humphrey-2] Humphrey, William; Dalke, Andrew; Schulten, Klaus. VMD: Visual molecular dynamics. Journal of Molecular Graphics. February 1996, 14 (1): 33–38. PMID 8744570. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5.

[UserGuide-3] VMD User's Guide Version 1.9.1 (PDF). Massachusetts Institute of Technology. NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics. [January 29, 2012]. （原始内容 (PDF)存档于2016-06-09）.

[License-4] VMD License. Theoretical and Computational Biophysics Group. NIH Center for Macromolecular Modeling & Bioinformatics, University of Illinois at Urbana–Champaign. [4 January 2016]. （原始内容存档于2022-01-21）.

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