深海病毒科

深海病毒科
病毒分類 编辑
（未分级）： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
门： 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 套式病毒目 Nidovirales
科： 深海病毒科 Abyssoviridae
属： 甲型深海病毒屬 Alphaabyssovirus
亞屬與種
  • 甲型深海病毒屬（Alphaabyssovirus）
    • 海兔深海病毒一型（Aplysia abyssovirus 1）

深海病毒科（學名：Abyssoviridae）是網巢病毒目的一個科，為具包膜的正單鏈RNA病毒，本科為一單型分類單元，僅包含甲型深海病毒屬（Alphaabyssovirus）一個屬，該屬亦為單型，僅有海兔深海病毒一型（Aplysia abyssovirus 1，AAbV）一種[1]，為感染加州海兔（英语：California sea hare）的病毒，由美國國家生物技術資訊中心（NCBI）公開的轉錄組霰彈槍序列組裝(transcriptome shotgun assembly) 與表現序列標籤（英语：expressed sequence tag）資料庫中經BLAST比對發現，於2018年發表[2]。

命名

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深海病毒科的學名得名自英文的"abyss"（意指「深淵」），除了指本科病毒感染的宿主海兔生存於海洋外，還指傳說中居於地下深處的蘇美神祇阿勃祖，亦指此病毒為透過深度定序（英语：Coverage (genetics)）技術自序列資料庫中發現[2]。

病毒學

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加州海兔

海兔深海病毒一型的基因組長35,913nt，為已知RNA病毒中基因組大小次大者，僅次於同屬網巢病毒目之渦蟲分泌細胞網巢病毒（PSCNV）的41,103nt[2][3]。AAbV的基因組包含兩個開放閱讀框（ORF），一為典型網巢病毒的ORF1a與ORF1b融合而成，一為其3'端編碼結構蛋白的開放閱讀框ORF2，另外還有長74nt的5'UTR與長964nt的3'UTR[2]。

相較於其他網巢病毒的ORF1a與ORF1b間有一促進-1核糖體移碼的序列，AAbV的ORF1中與ORF1a和ORF1b同源的區域間有一同框的終止密碼子UGA與一促進轉譯連讀的序列，使部分核糖體轉譯至此時發生連讀而繼續轉譯ORF1b的序列，以此調控ORF1b編碼蛋白的表現[2]。

參考文獻

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  1. ^ Virus Taxonomy: 2018 Release. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). October 2018 [26 January 2019]. （原始内容存档于4 March 2018）. 
  2. ^ 2.0 2.1 2.2 2.3 2.4 Bukhari, Khulud; Mulley, Geraldine; Gulyaeva, Anastasia A.; Zhao, Lanying; Shu, Guocheng; Jiang, Jianping; Neuman, Benjamin W. Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus.. Virology. 2018, 524: 160–171. ISSN 0042-6822. OCLC 7856217008. PMC 7112036 可免费查阅. PMID 30199753. doi:10.1016/j.virol.2018.08.010 可免费查阅 （英语）. 
  3. ^ Saberi, Amir; Gulyaeva, Anastasia A.; Brubacher, John L.; Newmark, Phillip A.; Gorbalenya, Alexander E. A planarian nidovirus expands the limits of RNA genome size. PLOS Pathogens. 2018-11-01, 14 (11): e1007314. PMC 6211748 可免费查阅. PMID 30383829. doi:10.1371/journal.ppat.1007314.