Negativicutes

Negativicutes
Phân loại khoa học
Giới (regnum)	Bacteria
Ngành (phylum)	Firmicutes
Lớp (class)	Negativicutes Marchandin et al. 2010
Orders and families
Selenomonadales Marchandin et al. 2010 emend. Campbell et al. 2015 Selenomonadaceae Campbell et al. 2015 Sporomusaceae Campbell et al. 2015 Acidaminococcales Campbell et al. 2015 Acidaminococcaceae Marchandin et al. 2010 emend. Campbell et al. 2015 Veillonellales Campbell et al. 2015 Veillonellaceae Rogosa 1969 emend. Campbell et al. 2015

Negativicutes
Scientific classification
Kingdom:	Bacteria
Phylum:	Firmicutes
Class:	Negativicutes Marchandin et al. 2010
Orders and families
Selenomonadales Marchandin et al. 2010 emend. Campbell et al. 2015 Selenomonadaceae Campbell et al. 2015 Sporomusaceae Campbell et al. 2015 Acidaminococcales Campbell et al. 2015 Acidaminococcaceae Marchandin et al. 2010 emend. Campbell et al. 2015 Veillonellales Campbell et al. 2015 Veillonellaceae Rogosa 1969 emend. Campbell et al. 2015

Negativicutes là một nhóm vi khuẩn trong ngành Firmicutes, có thành tế bào đặc biệt với màng ngoài lipopolysacarit nhuộm gram âm, không giống như hầu hết các thành viên khác của Firmicutes.^[1] Mặc dù một loài clostridia (vi khuẩn firmicute) lân cận cũng nhuộm gram âm, các protein chịu trách nhiệm về cấu trúc diderm bất thường của Negativicutes có thể đã được ảnh hưởng từ Proteobacteria.^[1][2][3][4] Nghiên cứu bổ sung cần được thực hiện để xác nhận nguồn gốc của phong bì tế bào diderm của Negativicutes.

Hầu hết các thành viên của lớp này là động vật kị khí bắt buộc, và sống trong các môi trường như sông, hồ và ruột của động vật có xương sống. Chúng bao gồm từ các dạng hình cầu, chẳng hạn như Megasphaera và Veillonella, đến các thanh cong, như selenomonads. Selenomonas có hình lưỡi liềm đặc trưng, với roi được chèn ở phía lõm, trong khi Sporomusa có cấu trúc tương tự, nhưng không di động. Tên của chúng mô tả hình thái đặc biệt này: selene có nghĩa là mặt trăng và musa có nghĩa là chuối.^[5]

Phân loại

Lớp hiện tại bao gồm 32 chi được đặt tên trong ba bộ và bốn gia đình.^[6][7] Mỗi bộ Veillonellales và Acidaminococcales chứa một họ, Veillonellaceae và Acidaminococcaceae, theo thứ tự, trong khi Selenomonadales chứa hai họ, Selenomonadaceae và Sporomusaceae.^[7]

Phân tử đặc trưng

Trong lịch sử, Negativicutes bao gồm một bộ, Selenomonadales, và hai họ, Veillonellaceae và Acidaminococcaceae, dựa trên sự giống nhau ở trình tự gen 16S rRNA.^[8][9] Tuy nhiên, cách phân loại này loại bỏ một số thành viên trong nhóm Negativicutes nhưng phân nhánh bên ngoài hai họ. Quan điểm phân loại hiện tại bao gồm các thành viên đã được gán hợp lệ cho các họ Selenomonadaceae và Sporomusaceae theo thứ tự Selenomonadales được tuyên bố.^[7] Các dấu phân tử ở dạng chữ ký được bảo tồn (CSIs) và protein (CSP) biện minh cho các phân chia phân loại hiện tại. Các dấu phân tử này được tìm thấy ở mỗi cấp bậc phân loại, và sự phân bố của chúng phù hợp với sự phân nhánh phát sinh quan sát được.^[10][11]

Nhiều nghiên cứu đã cho rằng các Negativicutes nên được phân loại lại thành một bộ trong lớp Clostridia, dựa trên sự phân nhánh phát sinh gần gũi, và sự quan sát rằng các thành viên tạo bào tử của Negativicutes có các gen sinh bào tử tương tự như của Clostridia, và cả hai đều nhuộm gram âm.^[10][11] Tuy nhiên, sự không đồng nhất của các thành viên trong Negativicutes, cũng như phân phối phân tử đặc trngư, ủng hộ quan điểm rằng Negativicutes thực tế là một lớp độc lập trong Firmicutes, với Clostridia là họ hàng phát sinh với gen gần nhất của chúng.^{[9][11][12][13]} Ngoài ra, một số CSI và CSP đã được tìm thấy được chia sẻ duy nhất trong số tất cả các Negativicutes, trong khi không có CSI nào được tìm thấy để chia sẻ bởi cả Negativicutes và Clostridia.^[7]

Phát sinh học

Phân loại hiện đang được chấp nhận dựa trên Danh sách các tên Prokaryotic với Thường vụ trong Danh pháp (LPSN) ^[14] và Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia (NCBI) ^[15]

• Selenomonadales Marchandin et al. 2010 phát hành. Campbell và cộng sự. 2015
  • Selenomonadaceae Campbell và cộng sự. 2015
    • Hungerovibrio Hungate 1966
    • Centipeda (vi khuẩn) Lai et al. 1983
    • Megamonas Shah và Collins 1983
    • Mitsuokella Shah và Collins 1983
    • Pectinatus Lee và cộng sự. 1978 phát biểu. Juvonen và Suihko 2006
    • Propionispira Schink et al. 1983
    • Schwartzia van Gylswyk et al. 1997
    • Selenomonas von Prowazek 1913
    • Zymophilus Schleifer et al. 1990
  • Sporomusaceae Campbell et al. 2015
    • Acetonema Kane và Breznak 1992
    • Anaeroarcus Strömpl et al. 1999
    • Anaeromusa Baena và cộng sự. 1999
    • Anaerosinus Strömpl et al. 1999
    • Anaerospora ♠ Woo et al. 2005
    • Dendrosporobacter Strömpl et al. 2000
    • Desulfosporomusa Sass et al. 2004
    • Pelosinus Shelobolina et al. 2007
    • Propionispora Biebl et al. 2001
    • Tâm thần học ♠ Sattley et al. 2008
    • Sporolituus Ogg và Patel 2009
    • Sporomusa Möller et al. 1985
    • Thermosinus Sokolova et al. 2004
• Acidaminococcales Campbell và cộng sự. 2015
  • Acidaminococcaceae Marchandin et al. 2010 phát hành. Campbell và cộng sự. 2015
    • Acidaminococcus Rogosa 1969 phát ra. Jumas-Bilak et al. 2007
    • Phascolarctobacterium Del Dot et al. 1994
    • Succiniclasticum van Gylswyk 1995
    • Succinispira Janssen và O'Farrell 1999
• Veillonellales Campbell và cộng sự. 2015
  • Veillonellaceae Rogosa 1969 phát ra. Campbell và cộng sự. 2015
    • Allisonella Garner và cộng sự. 2003
    • Anaeroglobus Carlier et al. 2002
    • Dialister (ex Bergey et al. 1923) Moore và Moore 1994 phát hành. Morotomi và cộng sự. 2008
    • Megasphaera Rogosa 1971 phát hành. Marchandin và cộng sự. 2003
    • Negativicoccus Marchandin et al. 2010
    • Veillonella Prévot 1933 phát ra. Mays et al. 1982
• Không được phân loại
  • • Quinella ♪ Krumholz et al. 1993

Acidaminococcaceae   Succinispira mobilis Janssen and O'Farrell 1999       Acidaminococcus Rogosa 1969 emend. Jumas-Bilak et al. 2007       Phascolarctobacterium faecium Del Dot et al. 1994 (type sp.)     Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe et al. 2012     Succiniclasticum ruminis van Gylswyk 1995         Veillonellaceae   ?Anaerospora hongkongensis ♠ Woo et al. 2005     ?Desulfosporomusa polytropa ♠ Sass et al. 2004     ?Psychrosinus fermentans ♠ Sattley et al. 2008     ?Quinella ovalis ♪ Krumholz et al. 1993 (Quin’s Oval)     ?Sporotalea colonica ♠ Ezaki et al. 2008     Sporomusa Möller et al. 1985           Sporolituus thermophilus Ogg and Patel 2009     Thermosinus carboxydivorans Sokolova et al. 2004         Veillonella Prévot 1933 emend. Mays et al. 1982       Megasphaera [incl. Anaeroglobus geminatus]       Negativicoccus succinicivorans Marchandin et al. 2010     Dialister [incl. Allisonella histaminiformans]               Anaeromusa acidaminophila Baena et al. 1999     Anaeroarcus burkinensis (Ouattara et al. 1992) Strömpl et al. 1999           Acetonema longum Kane and Breznak 1992     Pelosinus Shelobolina et al. 2007         Propionispora Biebl et al. 2001       Dendrosporobacter quercicolus (Stankewich et al. 1971) Strömpl et al. 2000       Anaerosinus glycerini (Schauder and Schink 1996) Strömpl et al. 1999         Propionispira arboris Schink et al. 1983     Zymophilus Schleifer et al. 1990           Megamonas Shah and Collins 1983     Pectinatus Lee et al. 1978 emend. Juvonen and Suihko 2006         Anaerovibrio lipolyticus Hungate 1966     Selenomonas [incl. Schwartzia succinivorans, Centipeda periodontii & Mitsuokella]

Acidaminococcaceae   Succinispira mobilis Janssen and O'Farrell 1999       Acidaminococcus Rogosa 1969 emend. Jumas-Bilak et al. 2007       Phascolarctobacterium faecium Del Dot et al. 1994 (type sp.)     Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe et al. 2012     Succiniclasticum ruminis van Gylswyk 1995         Veillonellaceae   ?Anaerospora hongkongensis ♠ Woo et al. 2005     ?Desulfosporomusa polytropa ♠ Sass et al. 2004     ?Psychrosinus fermentans ♠ Sattley et al. 2008     ?Quinella ovalis ♪ Krumholz et al. 1993 (Quin’s Oval)     ?Sporotalea colonica ♠ Ezaki et al. 2008     Sporomusa Möller et al. 1985           Sporolituus thermophilus Ogg and Patel 2009     Thermosinus carboxydivorans Sokolova et al. 2004         Veillonella Prévot 1933 emend. Mays et al. 1982       Megasphaera [incl. Anaeroglobus geminatus]       Negativicoccus succinicivorans Marchandin et al. 2010     Dialister [incl. Allisonella histaminiformans]               Anaeromusa acidaminophila Baena et al. 1999     Anaeroarcus burkinensis (Ouattara et al. 1992) Strömpl et al. 1999           Acetonema longum Kane and Breznak 1992     Pelosinus Shelobolina et al. 2007         Propionispora Biebl et al. 2001       Dendrosporobacter quercicolus (Stankewich et al. 1971) Strömpl et al. 2000       Anaerosinus glycerini (Schauder and Schink 1996) Strömpl et al. 1999         Propionispira arboris Schink et al. 1983     Zymophilus Schleifer et al. 1990           Megamonas Shah and Collins 1983     Pectinatus Lee et al. 1978 emend. Juvonen and Suihko 2006         Anaerovibrio lipolyticus Hungate 1966     Selenomonas [incl. Schwartzia succinivorans, Centipeda periodontii & Mitsuokella]

Ghi chú: ♠ Các chủng được tìm thấy tại Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia (NCBI), nhưng không được liệt kê trong Danh sách các tên Prokaryotic có tên đứng trong danh pháp (LPSN) ♪ Prokaryote nơi không có nuôi cấy thuần chủng (axenic), nghĩa là không được nuôi cấy hoặc không thể duy trì trong nuôi cấy trong hơn một vài đoạn nối tiếp

Tham khảo

1. ^ Sutcliffe IC (2010). “A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture”. Trends Microbiol. 18 (10): 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
2. Gupta RS (2011). “Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes”. Antonie van Leeuwenhoek. 100 (2): 171–182. doi:10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647. PMID 21717204.
3. Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). “Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria”. Arch Microbiol. 196 (4): 307–310. doi:10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491.
4. Tocheva EI, Matson EG, Morris DM, Moussavi F, Leadbetter JR, Jensen GJ (2011). “Peptidoglycan remodeling and conversion of an inner membrane into an outer membrane during sporulation”. Cell. 146 (5): 799–812. doi:10.1016/j.cell.2011.07.029. PMC 3176627. PMID 21884938.
5. Marchandin, H.; Teyssier, C.; Campos, J.; Jean-Pierre, H.; Roger, F.; Gay, B.; Carlier, J. -P.; Jumas-Bilak, E. (2009). “Negativicoccus succinicivorans gen. Nov., sp. Nov., isolated from human clinical samples, emended description of the family Veillonellaceae and description of Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. Nov. And Acidaminococcaceae fam. Nov. In the bacterial phylum Firmicutes”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (6): 1271–1279. doi:10.1099/ijs.0.013102-0. PMID 19667386.
6. Sayers; và đồng nghiệp. “Negativicutes”. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Truy cập ngày 20 tháng 3 năm 2013.
7. ^ Campbell C, Adeolu M, Gupta RS (2015). “Genome-based taxonomic framework for the class Negativicutes: division of the class Negativicutes into the orders Selenomonadales emend., Acidaminococcales ord. nov. and Veillonellales ord. nov”. Int J Syst Evol Microbiol. 65 (9): 3203–3215. doi:10.1099/ijs.0.000347. PMID 25999592.
8. Ludwig W, Schleifer KH, Whitman, WB (2009) Sửa đổi bản đồ đường đi đến Firmicutes phylum. Trong: Cẩm nang Vi khuẩn có hệ thống của Bergey, tập. 3, lần 2 tr.1113. Eds P. De Vos, GM Garrity, D. Jones, NR Krieg, W. Ludwig, FA Rainey, KH Schleifer & WB Whitman Springer-: New York.
9. ^ Marchandin H, Teyssier C, Campos J, Jean-Pierre H, Roger F, Gay B, Carlier JP, Jumas-Bilak E (2010). “Negativicoccus succinicivorans gen. nov., sp. nov., isolated from human clinical samples, emended description of the family Veillonellaceae and description of Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. nov. and Acidaminococcaceae fam. nov. in the bacterial phylum Firmicutes”. Int J Syst Evol Microbiol. 60 (Pt 6): 1271–1279. doi:10.1099/ijs.0.013102-0. PMID 19667386.
10. ^ Yutin N, Galperin MY (2013). “A genomic update on clostridial phylogeny: Gram-negative spore formers and other misplaced clostridia”. Environ Microbiol. 15 (10): 2631–2641. doi:10.1111/1462-2920.12173. PMC 4056668. PMID 23834245.
11. ^ Vesth T, Ozen A, Andersen SC, Kaas RS, Lukjancenko O, Bohlin J, Nookaew I, Wassenaar TM, Ussery DW (2013). “Veillonella, Firmicutes: Microbes disguised as Gram negatives”. Stand Genomic Sci. 9 (2): 431–448. doi:10.4056/sigs.2981345. PMC 4062629. PMID 24976898.
12. Merowderin H, Jumas-Bilak E (2014) Họ Veillonellaceae. Trong: Các Prokaryote, tập. 7, lần thứ 4 tr 433 4334545. Eds E. Rosenberg, E. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt & F. Thompson Springer-: Berlin, Heidelberg.
13. Yilmaz P, Parfrey LW, Yarza P, Gerken J, Pruesse E, Quast C, Schweer T, Peplies J, Ludwig W, Glöckner FO (2014). “The SILVA and "All-species Living Tree Project (LTP)" taxonomic frameworks”. Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D643–8. doi:10.1093/nar/gkt1209. PMC 3965112. PMID 24293649.
14. J.P. Euzéby. “Negativicutes”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Bản gốc lưu trữ ngày 27 tháng 1 năm 2013. Truy cập ngày 21 tháng 10 năm 2016.
15. Sayers; và đồng nghiệp. “Negativicutes”. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Truy cập ngày 20 tháng 3 năm 2013.