Phát sinh chủng loại phân tử (tiếng Anh: Molecular phylogenetics, /məˈlɛkjʊlərˌfaɪloʊdʒəˈnɛtɪks, mɒ-, moʊ-/[1][2]) là chi nhánh của phát sinh chủng loại học; phân tích sự khác biệt di truyền phân tử, chủ yếu trên các trình tự DNA, để có được thông tin về quan hệ tiến hóa của sinh vật. Kết quả của phân tích phát sinh loài phân tử được thể hiện bằng một cây phát sinh chủng loại. Phát sinh chủng loại phân tử là một khía cạnh của phân loại học phân tử, một thuật ngữ rộng hơn cũng bao gồm việc sử dụng dữ liệu phân tử trong phân loại sinh học và địa lý sinh học.
^Jones, Daniel (2003) [1917], Peter Roach, James Hartmann and Jane Setter (biên tập), English Pronouncing Dictionary, Cambridge: Cambridge University Press, ISBN3-12-539683-2
^Suárez-Díaz, Edna and Anaya-Muñoz, Victor H. (2008). “History, objectivity, and the construction of molecular phylogenies”. Stud. Hist. Phil. Biol. & Biomed. Sci. 39 (4): 451–468. doi:10.1016/j.shpsc.2008.09.002. PMID19026976.Quản lý CS1: nhiều tên: danh sách tác giả (liên kết)