Viện Khảo cổ của Việt Nam Cộng hòa còn có khi gọi là Viện Khảo cổ Sài Gòn là một cơ quan nghiên cứu của Việt Nam Cộng hòa. Viện Khảo cổ thuộc Bộ Quốc gia Giáo dục.
Viện Khảo cổ chính thức được thiết lập ngày 18 Tháng Giêng, 1956 theo nghị định số 19-GD của Phủ Tổng thống thời Đệ Nhất Cộng hòa Việt Nam. Nhiệm vụ của Viện Khảo cổ đề ra là:
Viện Khảo cổ điều hành việc bảo tồn cổ tích, khai quật di chỉ, thu thập các cổ vật cần lưu trữ và bảo vệ, cùng điều hành các viện bảo tàng như Viện Bảo tàng Quốc gia Việt Nam ở Sài Gòn, Viện Bảo tàng Huế ở cố đô Huế và Bảo tàng Chàm ở Đà Nẵng.
Đứng đầu Viện Khảo cổ là Giám đốc của Viện, thêm một chánh sự vụ phụ tá. Viện được chia thành sáu phân vụ hành chánh, gọi là sáu phòng:
Trong thời gian tồn tại, Viện Khảo cổ có những thành tích như: