Samuel Maharero (moontlik Okahandja Suidwes-Afrika, 1854 of 1856 – Serowe, Betsjoeanaland, 14 Maart 1923) was opperhoof van opperhoof van die Herero tydens hul opstand teen die Duitse koloniale oorheersing van die teenswoordige Namibië.
Samuel Maharero was die seun van Katare, die vierde vrou van Maharero. Volgens sy doopinskrywing op Okahandja is hy in 1854 gebore en in 1869 gedoop, anders as sy vader wat nooit die Christelike geloof aanvaar het nie. Volgens sy grafopskrif is hy in 1856 gebore. Maharero en sy broer, Wilhelm Maharero (die regmatige opvolger van sy vader, is albei gedoop en aangeneem in die Rynse sendinggemeente en Wilhelm was 'n opregte en voorbeeldige Christen wat ook as ouderling gedien het. Samuel, daarenteen, was van jongs af 'n losbandige man en is heel gou weens wangedrag uit die Augustineum, die opleidingskool op Okahandja, gesit. Hy kom ook onder kerklike sensuur omdat hy nie kan afsien van die neiging tot 'n sedelose leefwyse nie. By sy vader was Maharero nie 'n gewilde seun nie omdat hy gaandeweg 'n alkoholis geword het en sy optrede onverantwoordelik was.
Ná die dood van sy broer Wilhelm, wat gesneuwel het in die slag by Gross Barmen op 12 Desember 1880 toe al sy vader se vyande teen Herero opgeruk maar verslaan is, word Maharero 'n aanspraakmaker om sy vader op te volg, hoewel hy volgens die Herero-erfreg geen aanspraak gehad op die opperhoofskap van die Herero nie ('n amp wat selfs sy vader nie met die erkenning van al die Hererostamme ná 1861 beklee het nie). Volgens die Herero-opvolgingsreg was Nikodemus, die oudste lewende lid van die sibbe Oruzo Rohorongo ("die koedoe"), die erfgenaam en volgens mondelinge oorlewering het Maharero se moeder dit deur 'n hofintrige reggekry om die opvolging vir hom te bewerkstellig.
Omdat Maharero 'n gedoopte Christen was, is dit (volgens die latere getuienis van goewerneur Theodor Leutwein) nog tydens Maharero se leeftyd so gereël dat hy wel gekies is as opperhoof deur die Hererokapteins, maar dat hy net politieke sake sou hanteer, terwyl sy halfbroer Kaveseri as heidense stampriester sou optree, wat onder meer die heilige stamvuur kon versorg. Nikodemus is vir die verlies van die opperhoofskap vergoed deur hom kaptein van die oostelike Herero te maak. By die dood van sy vader op 5 Oktober 1890 het Maharero toe opperhoof van Damaraland geword, hoewel hy nog nie deur al die Hererostamme erken is nie.
Vroeg in 1891 kry kapt. Curt von François, die waarnemende Duitse Rykskommissaris in Suidwes-Afrika, ná 'n samekoms met Maharero die indruk dat hy hom daarop toelê om sy onsekere posisie as Herero-opperhoof te probeer bestendig. Die vee van sy vader het hy net ten dele geërf; hy was glo verwaand, het geld nodig gehad (onder meer omdat hy reeds 'n volslae dronkaard was) en sou alles doen om die voordele van die opperhoofskap te behou. Teenoor die verteenwoordigers van die Duitse regering (onder wie luit. Hugo von François) bekla hy hom op 3 Augustus 1891 op Okahandja dat sekere Hererokapteins, soos Manasse van Omaruru, Zacharias van Otjimbingwe en Kambazembi van die Waterberg, hom nie as opperhoof wou erken nie. Hy roep die steun van die Duitse regering in en dit word onder sekere voorwaardes en ná beloftes van sy kant aan Maharero toegesê deur Hugo von François, wat Maharero namens sy broer meedeel dat hy deur die Duitse regering "as werklike opperhoof erken word".
Eers enkele jare later volg die finale erkenning van Maharero as opperhoof op 19 Mei 1895 in Otjihaënena, waar Nikodemus, Kahimemua en ander kapteins aanwesig was op 'n byeenkoms waarop goewerneur Leutwein en Maharero self ook teenwoordig was. Ook Leutwein skilder Maharero soos hy hom leer ken het: trots en indrukwekkend van voorkoms, na die uiterlike 'n heerser, wakker van gees en redelik intelligent, maar swak van karakter; 'n man wat op sy regte staan, maar sy pligte aan gemaksug opoffer; wat ligsinnig een plaas ná die ander in sy land verkoop en verder alkohol en omgang met die vroulike geslag voorop stel. Om teenoor sy eie mense sy gesag te behou, was hy bereid om op die steun van die Duitse regering te leun en selfs die Duitsers te help, byvoorbeeld by die onderdrukking van die opstand in 1896 van Nikodemus, Maharero se vernaamste mededinger om die opperhoofskap, wat deur die Duitse regering ter dood veroordeel en gefusileer is. Daarteenoor is die Duitse regering in SWA, weens 'n gebrek aan militêre mag om sy gesag te rugsteun, verplig om aan die Hererokapteins groot vryheid te laat by die beslegting van hul familie-intriges om so die inmenging in hul interne stryd te vermy. Een voorbeeld hiervan is die verdrag wat met Manasse van Omaruru gesluit is, en waarin sy onafhanklikheid erken is.
Michael van Omaruru, die seun van Manasse, erken Maharero nie as sy opperhoof nie. Hy dien 'n klag by die Duitse owerheid in en Leutwein besluit dat, aangesien Duitsland 'n afsonderlike beskermingsverdrag met Manasse gesluit het, hy daardeur sy onafhanklikheid erken het; gevolglik is sy seun en opvolger, Michael, dus ook 'n onafhanklike kaptein.
Op 2 Junie 1900 is Maharero weer verplig om 'n ooreenkoms met Michael aan te gaan. Daarin erken hy Michael se onafhanklikheid, want in die ooreenkoms word daar bepaal dat die Herero wat onder Michael woon, onder hom sou staan, hoewel daar mense was wat by Michael gewoon, maar aan die epanga van Maharero behoort het.
Die Duitse regering besluit om 1 Januarie 1901 vas te stel as sluitingsdatum vir die hergroepering van die Hererostamme. Dit maak 'n einde aan die gedurige twis wat daar onder die kapteins bestaan het. Die Duitse beleid gee Maharero die geleentheid om hom mettertyd, ondanks voorgewende lojaliteit teenoor die regering, op 'n opstand voor te berei waarin hy die steun van die Hererokapteins sou hê. Oor sy beweegredes vir hierdie wanhoopsdaad bestaan meningsverskil. Ongetwyfeld was dit die vrees vir die toenemende uitbreiding van blanke grondbesit in Damaraland (wat deels aan Maharero se eie roekelose vervreemding van grond toe te skryf was), die gevolglike skaarste aan grond en die streng toepassing van die verbod op die invoer van wapens, wat meestal oor Britse en Kaapse grense plaasgevind het, wat in groot mate die uitbarsting veroorsaak het.
Teen Desember 1903 het Duitsland ongeveer 200 Schutztruppen in die veld teen die Bondelswart-Nama van Warmbad. Hierdie klein mag is versterk deur 300 Nama wat die Duitsers goedgesind was, hoofsaaklik Witboois. Maharero maak van hierdie geleentheid gebruik om, met feitlik die ganse Hererovolk agter hom, op 12 Januarie 1904 in opstand teen Duitsland te kom. Binne enkele dae word 123 blankes vermoor en Okahandja en Omaruru omsingel. Leutwein is verplig om vrede met die Bondelswarts te sluit en met sy klein troepemag terug te snel na die noorde. Uiteindelik slaag die Duitsers daarin om die Herero terug te dryf tot by Waterberg, waar hulle vasgekeer word en die mag van die Herero op 11 Augustus 1904 in die Slag van Mamakari totaal vernietig word.
Maharero en sy mense vlug in wanorde met hul vee deur die waterlose Sandveld (Omaheke) ooswaarts na Betsjoeanaland, waar uiteindelik net sowat 1 500 van hulle aankom omdat duisende onderweg van honger en dors gesterf het, saam met die meeste van hul vee. Maharero trek met 'n klein deel van die vlugtelinge in die Eiseb Omarumba op en stel hom by Tsau in die hande van die Britse amptenare, wat hom ontwapen.
In 1906 trek hy na Transvaal waar hy tot 1922 bly, toe hy weer na Betsjoeanaland terugtrek, 'n onderdaan word van die bejaarde Ngwato-opperhoof Kgama III en in die reservaat [Malapye] gaan woon. Die laaste maande van sy lewe woon hy op Serowe, waar hy oorlede en begrawe is. Maharero se oorskot is later na Okahandja gestuur, waar hy op 23 Augustus 1923 deur eerw. Heinrich Vedder langs sy grootvader Tjamuaha en sy vader Maharero ter aarde bestel is.