Паводле зьвестак перапісу насельніцтва Эстоніі, які прайшоў у 2011 годзе, лік людзей, якія завуць сябе мусульманамі, быў роўны 1508 чалавек.
Аднак, паводле дадзеных розных дасьледаваньняў і крыніц, мусульман у Эстоніі пражывае ад 10 000[1] да 20 000 чалавек[2].
Першыя мусульмане, галоўным чынам суніты татары і шыіты азэрбайджанцы, эмігрыравалі ў Эстонію досыць даўно, з далучэньнем Лівоніі і Эстоніі ў склад Расейскай імпэрыі у 1721 годзе. Аднак пераважную большасьць цяперашніх мусульман і іх нашчадкаў складаюць людзі, якія прыехалі ў Эстонію ў савецкі пэрыяд (1940—1991). З 1860 году першая татарская абшчына зьявілася ў горадзе Нарва. Першая мусульманская арганізацыя, «Narva Muhamedi Kogudus», была зарэгістравана ў адпаведнасьці з законамі незалежнай Эстонскай Рэспублікі ў 1928 годзе, а другая — «Tallinna Muhamedi Usuuhing» — у 1939 годзе.
Дом, пабудаваны абшчынай у Нарве на ахвяраваньні, быў пераўтвораны ў мячэт. Аднак ужо ў 1940 годзе, пасьля далучэньня да СССР, дзейнасьць абшчыны была забароненая, а будынак быў цалкам разбураны падчас бамбаваньня гораду савецкай авіяцыяй у Другую сусьветную вайну ў 1944 годзе[3].
На дадзены момант у Эстоніі дзейнічае адна мячэт[4].
Увосень 2008 году кіраўнік аднаго з арабскіх эміратаў Султан бін Мухамэд Аль-Касімі зьвярнуўся да гарадзкіх улад Таліну з просьбай выдзеліць дзялянку для будаваньня мячэту і культурнага цэнтру для мясцовых мусульманаў.[5]. Аднак пастанова пра будаўніцтва мячэту ў Таліне пакуль не была прынятая[6].