У 1980—1990 працаваў перакладчыкам, быў генеральным сакратаром і віцэ-прэзідэнтам Саюза пісьменнікаў Манголіі. Энхбаяр стаў першым абраным членам Народнага Хуралу ў 1992 годзе, у 1992—1996 г. быў міністрам культуры. З 1997 года Энхбаяр з’яўляўся лідарам апазіцыі і перамог на ўсеагульных выбарах 2000 года (прэм’ер-міністр з 26.7.2000). З 2004 года спікер парламента.