Ivan II (Ιωάννης Β΄ Μέγας Κομνηνός, Iōannēs II Megas Komnēnos) (o. 1262 - 16. augusta 1297) bio je car Trapezunta u Turskoj. Vladao je 1280 - 1297.[1]
Bio je sin cara Manuela I i Irene Syrikaine, koja je prije braka bila samo plemkinja.[2]
Ivan je bio polubrat carice Teodore i brat cara Georgija; Teodora je kratko zavladala umjesto Ivana.
Historičar Mihael Panaretos zapisao je mnogo toga o Ivanu.
Ivan je oženio bizantijsku princezu Eudokiju Paleolog, kćerku cara Mihaela VIII Paleologa.[3] Njihovi sinovi bili su Aleksije II Trapezuntski i Mihael Megas Komnen (obojica carevi).[4]
David VI Narin, kralj Imeretija, napao je Trapezunt tokom vladavine cara Ivana.
Ivan je umro u Limniji. Pokopan je u crkvi Presvete Zlatoglave (danas džamija).