Prvobitno je bio pristalica jugoslavenstva, ali je u drugoj polovini 1980-ih tokom uspona nacionalizma u bivšoj Jugoslaviji postao zagovornik srpskog nacionalizma.
Ekmečić je 1990. pomogao u osnivanju radikalne nacionalističke Srpske demokratske stranke (SDS) u Bosni i Hercegovini. Postao je vodeći član te stranke i smatra se "duhovnim ocem nacionalista kod bosanskih Srba".[4][5]
Za vrijeme rata u Bosni i Hercegovini u maju 1992. otet je od paramilitarne organizacije Zelene beretke.[6] Bio je zarobljen i nakon boravka u zatvoru, stavljen u kućni pritvor, ali je uspio posredstvom SDS-a i uticaja koji je imao kod tadašnjeg UNPROFOR-a biti prebačen na teritoriju pod kontrolom Vojske Republike Srpske. Njegovo puštanje bilo je uslovljeno dozvolom prolaska konvoja djece kroz Ilidžu (u to vrijeme pod kontrolom srpskih paravojnih jedinica) iz opkoljenog Sarajeva.[7]
U periodu između 1992-94 predavao je na Filozofskom fakultetu Univerziteta u Beogradu sve do njegovog penzionisanja 1. oktobra 1994. Istovremeno, bio je savjetnik predsjednika Republike Srpske Radovana Karadžića.
Istorijske i strateške osnove Republike Srpske, naučni skup: Republika Srpska — 15 godina opstanka i razvoja, Akademija nauka i umjetnosti Republike Srpske, Banjaluka (26. i 27. juni 2007)
Srbija između Srednje Evrope i Evrope. — Beograd : Politika : BMG, 1992. — 129 str. ; 21 cm (Biblioteka Srpsko pitanje)
Ratni ciljevi Srbije : 1914-1918. — Beograd : Politika : BMG, 1992. — 229 str. ; 21 cm (Biblioteka Srpsko pitanje)
Živa reč Milorada Ekmečića / Milorad Ekmečić ; (razgovore vodio) Miloš Jevtić. — Gornji Milanovac : Dečje novine, 1990. — 139 str. : ilustr. ; 20 cm — (Odgovori / Miloš Jevtić ; 11) (Biblioteka Razgovori)
Stvaranje Jugoslavije: 1790-1918. — Beograd : Prosveta, 1989. — 2 knj. (662; 842 str.) ; 24 cm
Ekmečić, Milorad (1981). "Srpski narod u Turskoj od sredine XIX veka do 1878". Istorija srpskog naroda. knj. 5, sv. 1. Beograd: Srpska književna zadruga. str. 447–526. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link) CS1 održavanje: ref=harv (link)
Ekmečić, Milorad (1983). "Društvo, privreda i socijalni nemiri u Bosni i Hercegovini". Istorija srpskog naroda. knj. 6, sv. 1. Beograd: Srpska književna zadruga. str. 555–603. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link) CS1 održavanje: ref=harv (link) * Ekmečić, Milorad (1983). "Nacionalni pokret u Bosni i Hercegovini". Istorija srpskog naroda. knj. 6, sv. 1. Beograd: Srpska književna zadruga. str. 604–648. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link) CS1 održavanje: ref=harv (link)
Ustanak u Bosni: 1875-1878, Sarajevo 1960 (II izd. 1973, III izmenjeno izd. — Beograd : Službeni list SRJ : Balkanološki institut SANU, 1996. — str. 428; 25 cm);
Osnove građanske diktature u Evropi između dva rata, Sarajevo 1965;
Dugo kretanje od oranja do klanja, Beograd 2010;
Zbirke studija:
Ogledi iz istorije, " Službeni list ", Beograd, 1999. p. 498
Radovi iz istorije Bosne i Hercegovine XIX veka, BIGZ, Beograd, 1997. p. 483.
Tomislav Kraljačić, Naučno djelo Milorada Ekmečića, Godišnjak Društva istoričara BiH 39, Sarajevo, 1988.
Enver Redžić, Ekmečić kao uvodničar akademijinih međunarodnih naučnih skupova o značajnim događajima iz novije istorije Bosne i Hercegovine, Godišnjak Društva istoričara BiH 39, Sarajevo, 1988.
Đuro Tošić, Милорад Екмечић, Енциклопедија српске историографије, Knowledge, Београд, 1997, 377.
Spomenica 60. godišnjice Filozofskog fakulteta u Sarajevu (1950–2010), Filozofski fakultet, Sarajevo 2010, 124-125
^Carmichael, Cathie (2003). Ethnic Cleansing in the Balkans: Nationalism and the Destruction of Tradition. London, UK: Routledge. ISBN 978-1-134-47953-5.pogrešan ISBN