Rastvorni nosač

Rastvorni nosači (SLC) su grupa membranskih transportnih proteina koja uključuje preko 400 članova, organiziranih u 66 porodica.[1][2] Većina članova SLC grupe nalazi se u ćelijskoj membrani. Sistem genske nomenklature SLC izvorno je predložio HUGO-ov Odbor za gensku nomenklaturu (HGNC) i osnova je za službena HGNC imena gena koji kodiraju ove transportere. Općenitija klasifikacija transmembranskih transportera može se naći u TCDB bazi podataka.

Otopljene tvari koje transportiraju različiti članovi SLC grupe izuzetno su raznolike i uključuju napunjene i nenabijene organske molekule, kao i anorganske ione i transporter plina amonijaka.

Kao što je uobučajeno za integralni membranski protein, SLC sadrže niz hidrofobnih [transmembranskih alfa-heliksa međusobno povezanih hidrofilnim unutar- i vanćelijskim petljama. Ovisno o SLC, ovi transporteri su funkcionalni ili kao monomeri ili kao obvezni homo- ili heterooligomeri. Mnoge porodice SLC-a članovi su glavne natporodice olakšivača.

Opseg

[uredi | uredi izvor]

Prema odgovarajućoj konvenciji sistema nomenklature, članovi unutar pojedine porodice SLC imaju međusobno više od 20-25% identitičnih sekvenci. Suprotno tome, homologija između porodica SLC je vrlo niska ili nikakva.[3] Dakle, kriterij za uključivanje porodice u SLC grupu nije evolucijska povezanost s drugim porodicama SLC, već je funkcionalni (tj. Integralni membranski protein koji prenosi rastvorenu supstancu).

SLC grupa uključuje primjere transportnih proteina, kao štp su:

Serija SLC ne uključuje članove porodica transportnih proteina koji su prethodno klasificirani u drugim široko prihvaćenim sistemima nomenklature, uključujući:

Subćelijska distribucija

[uredi | uredi izvor]

Većina članova grupe SLC nalazi se u ćelijskoj membrani, ali neki nalaze se u mitohondrijama (najznačajnija je porodica SLC 25) ili u drugim unutarćelijskim organelama.

Sistem nomenklature

[uredi | uredi izvor]

Imena pojedinačnih članova SLC-a imaju sljedeći format:

  • SLCnXm

gdje je:

  • SLC korijen od (SoLute Carrier);
  • n = cijeli broj koji predstavlja porodicu (npr., 1-52);
  • X = jedno slovo (A, B, C, ...) koje označava podporodicu;
  • m = cijeli broj koji predstavlja pojedinačnog člana porodice (izoforma).

Naprimjer, SLC1A1 je prva izoforma potporodice A SLC-porodice 1.

Izuzetak je kod porodice SLC 21 (transporteri organskih aniona koji transportuju polipeptide), koji iz povijesnih razloga imaju imena u formatu SLCOnXm gdje je n = broj porodice, X = slovo potporodice i m = broj člana.

Iako HGNC samo dodjeljuje nomenklaturu ljudskim genima, ortolozi kičmenjaka tih gena usvajaju istu nomenklaturu (npr. ortolozi dodijeljeni VGNC-assigned orthologs of SLC10A1). Za glodare se simboli razlikuju od ostalih kičmenjaka, upotrebom naslova, tj. Slc1a1 koji označava glodarskog orthologa ljudskog gena SLC1A1.

Porodice

[uredi | uredi izvor]

U SLC imenovane su sljedeće porodice:[4]

  1. Glutamat sa visokim afinitetom i neutralni aminokiselinski transporteri;[5]
  2. olakšavajući GLUT transporter[6]
  3. teške podjedinice heterodimernih transportera aminokiselina[7]
  4. bikarbonatni transporter[8]
  5. kotransporter natrij-glukoze[9]
  6. natrij- i hlorid-zavisni natrij: neurotransmiterski simporteri[10]
  7. kationski aminokiselinski transporter/povezan sa glikoproteinom[11]
  8. izmjenjivači Na+/Ca2+[12]
  9. izmjenjivač Na+/H+[13]
  10. kotransporter natrijeve žučne soli[14]
  11. protonski spregnuti metalni ionski transporter[15]
  12. kotransporter elektroneutralnog kationa-Cl[16]
  13. Kotransporter Na+-sulfat/karboksilata[17]
  14. urea transporter[18]
  15. protonski oligopeptidni kotransporter[19]
  16. monokarboksilatni transporter[20]
  17. vezikulski glutamatni transporter[21]
  18. vezikulski aminski transporter[22]
  19. folate/thiamine transporter[23]
  20. kotransporter tipa III Na+-fosfata[24]
  21. organsko anionsko transportiranje[25]
  22. organski kation / anion /blizni transporter[26]
  23. transporter Na+-zavisne askorbinske kiseline[27]
  24. izmjenjivač Na+/(Ca2+-K+)[28]
  25. mitohondrijski nosač[29]
  26. višenamjenski izmjenjivač aniona[30]
  27. proteini transporta masnih kiselina[31]
  28. Na+-spregnuti nukleozidni transport[32]
  29. olakšavajući nukleozidni transporter[33]
  30. transporter cinka[34]
  31. transporter bakra[35]
  32. vezikulski inhibitorni transporter aminokiseline[36]
  33. transporter Acetil-CoA[37]
  34. kotransportere tipa II Na+-fosfata[38]
  35. nukleotidno-šečerni transporter[39]
  36. transporter proton-spregnute aminokiseline[40]
  37. izmjenjivač šećer-fosfat/fosfat[41]
  38. transporterski sistem A & N, natrij-spregnute aminokiseline[42]
  39. transporter metalnih iona[43]
  40. transporter bazolateralnog gvožđa[44]
  41. MgtE-liiki transporter magnezija
  42. transporter smonijaka[45][46]
  43. Na+-nezavisni, sistem-L sličan transporteru aminokiseline
  44. holinoliki transporter
  45. pretpostavljeni šećerni transporter
  46. Folatni transporter
  47. multidrug and toxin extrusion
  48. porodica hemskog transportera
    • (SLC48A1)
  49. Hemski transporter
  50. transporteri izlaza šećera porodice SWEET
    • (SLC50A1)
  51. Transporteri steroid-izvedenih molekula
    • (SLC51A, SLC51B)
  52. Riboflavinska transporterska porodica RFVT/SLC52
    • (SLC52A1, SLC52A2, SLC52A3)
  53. fosfatni nosači
  54. Mitohondrijski piruvatni nosači
    • (MPC1(SLC54A1), MPC2(SLC54A2), MPC1L(SLC54A3))
  55. Mitochondrijski kation/proton izmjenjivači
    • (LETM1(SLC54A1), LETM2(SLC54A2), LETMD1(SLC54A3))
  56. Siderofleksini
    • (SFXN1(SLC56A1), SFXN2(SLC56A2), SFXN3(SLC56A3), SFXN4(SLC56A4), SFXN5(SLC56A5))
  57. porodica NiPA-likih transportera magnezija
  58. porodica MagT-likikih transportera magnezija
  59. porodica simportera natrij-zavisnog lizofosfatidilholina
    • (MFSD2A(SLC59A1), MFSD2B(SLC59A2))
  60. transporteri glucoze
    • (MFSD4A(SLC60A1), MFSD4B(SLC60A2))
  61. porodica molibdatnih transportea
    • (MFSD5(SLC61A1))
  62. Pirofosfatni transporteri
    • (ANKH(SLC62A1))
  63. Sfingozin-fosfatni transporteri
    • (SPNS1(SLC63A1), SPNS2(SLC63A2), SPNS3(SLC63A3))
  64. Golgijevi Ca2+/H+ izmjenjivači
    • (TMEM165(SLC64A1))
  65. NPC-tip holesterolskih transportera
  66. Kationaki aminokiselinski eksporteri

Pretpostavljeni SLC

[uredi | uredi izvor]

Pretpostavljeni SLC, koji se nazivaju i atipski SLC, novi su, vjerovatno vjerodostojni sekundarno aktivni ili olakšavajući proteini-transporteri koji dijele porijeklo predaka sa poznatim SLC-ima.[2][47] Ovi SLC-ovi tipa MFS mogu se, međutim, podijeliti na 15 porodica olakšavajućih MFS iransportera (AMTF).[47]

Svi pretpostavljeni SLC su prihvatljivi SLC-transporteri. Neki su samo "netipski" kada je u pitanju njihova nomenklatura; geni imaju SLC oznaku, ali kao zamjensko ime, i zadržali su svoj ranije dodijeljeni simbol gena "ne-SLC" kao odobreni simbol.

Evo nekoliko navedenih pretpostavljenih SLC-a: OCA2, CLN3, TMEM104, SPNS1, SPNS2, SPNS3, SV2A, SV2B, SV2C, SVOP, SVOPL, MFSD1,[48] MFSD2A, MFSD2B, MFSD3,[48] MFSD4A,[49] MFSD4B, MFSD5,[50] MFSD6, MFSD6L, MFSD8, MFSD9,[49] MFSD10, MFSD11,[50] MFSD12, MFSD13A, MFSD14A,[51] MFSD14B,[51] UNC93A[52][53] and UNC93B1.

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ Hediger MA, Romero MF, Peng JB, Rolfs A, Takanaga H, Bruford EA (februar 2004). "The ABCs of solute carriers: physiological, pathological and therapeutic implications of human membrane transport proteinsIntroduction". Pflügers Archiv. 447 (5): 465–8. doi:10.1007/s00424-003-1192-y. PMID 14624363.
  2. ^ a b Perland E, Fredriksson R (mart 2017). "Classification Systems of Secondary Active Transporters". Trends in Pharmacological Sciences. 38 (3): 305–315. doi:10.1016/j.tips.2016.11.008. PMID 27939446.
  3. ^ Höglund PJ, Nordström KJ, Schiöth HB, Fredriksson R (april 2011). "The solute carrier families have a remarkably long evolutionary history with the majority of the human families present before divergence of Bilaterian species". Molecular Biology and Evolution. 28 (4): 1531–41. doi:10.1093/molbev/msq350. PMC 3058773. PMID 21186191.
  4. ^ "SLCtables". slc.bioparadigms.org. Pristupljeno 7. 3. 2018.
  5. ^ Kanai Y, Hediger MA (februar 2004). "The glutamate/neutral amino acid transporter family SLC1: molecular, physiological and pharmacological aspects". Pflügers Archiv. 447 (5): 469–79. doi:10.1007/s00424-003-1146-4. PMID 14530974.
  6. ^ Uldry M, Thorens B (februar 2004). "The SLC2 family of facilitated hexose and polyol transporters" (PDF). Pflügers Archiv. 447 (5): 480–9. doi:10.1007/s00424-003-1085-0. PMID 12750891.
  7. ^ Palacín M, Kanai Y (februar 2004). "The ancillary proteins of HATs: SLC3 family of amino acid transporters". Pflügers Archiv. 447 (5): 490–4. doi:10.1007/s00424-003-1062-7. PMID 14770309.
  8. ^ Romero MF, Fulton CM, Boron WF (februar 2004). "The SLC4 family of HCO 3 - transporters". Pflügers Archiv. 447 (5): 495–509. doi:10.1007/s00424-003-1180-2. PMID 14722772.
  9. ^ Wright EM, Turk E (februar 2004). "The sodium/glucose cotransport family SLC5". Pflügers Archiv. 447 (5): 510–8. doi:10.1007/s00424-003-1063-6. PMID 12748858.
  10. ^ Chen NH, Reith ME, Quick MW (februar 2004). "Synaptic uptake and beyond: the sodium- and chloride-dependent neurotransmitter transporter family SLC6". Pflügers Archiv. 447 (5): 519–31. doi:10.1007/s00424-003-1064-5. PMID 12719981.
  11. ^ Verrey F, Closs EI, Wagner CA, Palacin M, Endou H, Kanai Y (februar 2004). "CATs and HATs: the SLC7 family of amino acid transporters" (PDF). Pflügers Archiv. 447 (5): 532–42. doi:10.1007/s00424-003-1086-z. PMID 14770310.
  12. ^ Quednau BD, Nicoll DA, Philipson KD (februar 2004). "The sodium/calcium exchanger family-SLC8". Pflügers Archiv. 447 (5): 543–8. doi:10.1007/s00424-003-1065-4. PMID 12734757.
  13. ^ Orlowski J, Grinstein S (februar 2004). "Diversity of the mammalian sodium/proton exchanger SLC9 gene family". Pflügers Archiv. 447 (5): 549–65. doi:10.1007/s00424-003-1110-3. PMID 12845533.
  14. ^ Hagenbuch B, Dawson P (februar 2004). "The sodium bile salt cotransport family SLC10" (PDF). Pflügers Archiv. 447 (5): 566–70. doi:10.1007/s00424-003-1130-z. PMID 12851823.
  15. ^ Mackenzie B, Hediger MA (februar 2004). "SLC11 family of H+-coupled metal-ion transporters NRAMP1 and DMT1". Pflügers Archiv. 447 (5): 571–9. doi:10.1007/s00424-003-1141-9. PMID 14530973.
  16. ^ Hebert SC, Mount DB, Gamba G (februar 2004). "Molecular physiology of cation-coupled Cl- cotransport: the SLC12 family". Pflügers Archiv. 447 (5): 580–93. doi:10.1007/s00424-003-1066-3. PMID 12739168.
  17. ^ Markovich D, Murer H (februar 2004). "The SLC13 gene family of sodium sulphate/carboxylate cotransporters". Pflügers Archiv. 447 (5): 594–602. doi:10.1007/s00424-003-1128-6. PMID 12915942.
  18. ^ Shayakul C, Hediger MA (februar 2004). "The SLC14 gene family of urea transporters". Pflügers Archiv. 447 (5): 603–9. doi:10.1007/s00424-003-1124-x. PMID 12856182.
  19. ^ Daniel H, Kottra G (februar 2004). "The proton oligopeptide cotransporter family SLC15 in physiology and pharmacology". Pflügers Archiv. 447 (5): 610–8. doi:10.1007/s00424-003-1101-4. PMID 12905028.
  20. ^ Halestrap AP, Meredith D (februar 2004). "The SLC16 gene family-from monocarboxylate transporters (MCTs) to aromatic amino acid transporters and beyond". Pflügers Archiv. 447 (5): 619–28. doi:10.1007/s00424-003-1067-2. PMID 12739169.
  21. ^ Reimer RJ, Edwards RH (februar 2004). "Organic anion transport is the primary function of the SLC17/type I phosphate transporter family". Pflügers Archiv. 447 (5): 629–35. doi:10.1007/s00424-003-1087-y. PMID 12811560.
  22. ^ Eiden LE, Schäfer MK, Weihe E, Schütz B (februar 2004). "The vesicular amine transporter family (SLC18): amine/proton antiporters required for vesicular accumulation and regulated exocytotic secretion of monoamines and acetylcholine". Pflügers Archiv. 447 (5): 636–40. doi:10.1007/s00424-003-1100-5. PMID 12827358.
  23. ^ Ganapathy V, Smith SB, Prasad PD (februar 2004). "SLC19: the folate/thiamine transporter family". Pflügers Archiv. 447 (5): 641–6. doi:10.1007/s00424-003-1068-1. PMID 14770311.
  24. ^ Collins JF, Bai L, Ghishan FK (februar 2004). "The SLC20 family of proteins: dual functions as sodium-phosphate cotransporters and viral receptors". Pflügers Archiv. 447 (5): 647–52. doi:10.1007/s00424-003-1088-x. PMID 12759754.
  25. ^ Hagenbuch B, Meier PJ (februar 2004). "Organic anion transporting polypeptides of the OATP/ SLC21 family: phylogenetic classification as OATP/ SLCO superfamily, new nomenclature and molecular/functional properties" (PDF). Pflügers Archiv. 447 (5): 653–65. doi:10.1007/s00424-003-1168-y. PMID 14579113.
  26. ^ Koepsell H, Endou H (februar 2004). "The SLC22 drug transporter family". Pflügers Archiv. 447 (5): 666–76. doi:10.1007/s00424-003-1089-9. PMID 12883891.
  27. ^ Takanaga H, Mackenzie B, Hediger MA (februar 2004). "Sodium-dependent ascorbic acid transporter family SLC23". Pflügers Archiv. 447 (5): 677–82. doi:10.1007/s00424-003-1104-1. PMID 12845532.
  28. ^ Schnetkamp PP (februar 2004). "The SLC24 Na+/Ca2+-K+ exchanger family: vision and beyond". Pflügers Archiv. 447 (5): 683–8. doi:10.1007/s00424-003-1069-0. PMID 14770312.
  29. ^ Palmieri F (februar 2004). "The mitochondrial transporter family (SLC25): physiological and pathological implications". Pflügers Archiv. 447 (5): 689–709. doi:10.1007/s00424-003-1099-7. PMID 14598172.
  30. ^ Mount DB, Romero MF (februar 2004). "The SLC26 gene family of multifunctional anion exchangers". Pflügers Archiv. 447 (5): 710–21. doi:10.1007/s00424-003-1090-3. PMID 12759755.
  31. ^ Stahl A (februar 2004). "A current review of fatty acid transport proteins (SLC27)". Pflügers Archiv. 447 (5): 722–7. doi:10.1007/s00424-003-1106-z. PMID 12856180.
  32. ^ Gray JH, Owen RP, Giacomini KM (februar 2004). "The concentrative nucleoside transporter family, SLC28". Pflügers Archiv. 447 (5): 728–34. doi:10.1007/s00424-003-1107-y. PMID 12856181.
  33. ^ Baldwin SA, Beal PR, Yao SY, King AE, Cass CE, Young JD (februar 2004). "The equilibrative nucleoside transporter family, SLC29". Pflügers Archiv. 447 (5): 735–43. doi:10.1007/s00424-003-1103-2. PMID 12838422.
  34. ^ Palmiter RD, Huang L (februar 2004). "Efflux and compartmentalization of zinc by members of the SLC30 family of solute carriers". Pflügers Archiv. 447 (5): 744–51. doi:10.1007/s00424-003-1070-7. PMID 12748859.
  35. ^ Petris MJ (februar 2004). "The SLC31 (Ctr) copper transporter family". Pflügers Archiv. 447 (5): 752–5. doi:10.1007/s00424-003-1092-1. PMID 12827356.
  36. ^ Gasnier B (februar 2004). "The SLC32 transporter, a key protein for the synaptic release of inhibitory amino acids". Pflügers Archiv. 447 (5): 756–9. doi:10.1007/s00424-003-1091-2. PMID 12750892.
  37. ^ Hirabayashi Y, Kanamori A, Nomura KH, Nomura K (februar 2004). "The acetyl-CoA transporter family SLC33". Pflügers Archiv. 447 (5): 760–2. doi:10.1007/s00424-003-1071-6. PMID 12739170.
  38. ^ Murer H, Forster I, Biber J (februar 2004). "The sodium phosphate cotransporter family SLC34" (PDF). Pflügers Archiv. 447 (5): 763–7. doi:10.1007/s00424-003-1072-5. PMID 12750889.
  39. ^ Ishida N, Kawakita M (februar 2004). "Molecular physiology and pathology of the nucleotide sugar transporter family (SLC35)". Pflügers Archiv. 447 (5): 768–75. doi:10.1007/s00424-003-1093-0. PMID 12759756.
  40. ^ Boll M, Daniel H, Gasnier B (februar 2004). "The SLC36 family: proton-coupled transporters for the absorption of selected amino acids from extracellular and intracellular proteolysis". Pflügers Archiv. 447 (5): 776–9. doi:10.1007/s00424-003-1073-4. PMID 12748860.
  41. ^ Bartoloni L, Antonarakis SE (februar 2004). "The human sugar-phosphate/phosphate exchanger family SLC37". Pflügers Archiv. 447 (5): 780–3. doi:10.1007/s00424-003-1105-0. PMID 12811562.
  42. ^ Mackenzie B, Erickson JD (februar 2004). "Sodium-coupled neutral amino acid (System N/A) transporters of the SLC38 gene family". Pflügers Archiv. 447 (5): 784–95. doi:10.1007/s00424-003-1117-9. PMID 12845534.
  43. ^ Eide DJ (februar 2004). "The SLC39 family of metal ion transporters". Pflügers Archiv. 447 (5): 796–800. doi:10.1007/s00424-003-1074-3. PMID 12748861.
  44. ^ McKie AT, Barlow DJ (februar 2004). "The SLC40 basolateral iron transporter family (IREG1/ferroportin/MTP1)". Pflügers Archiv. 447 (5): 801–6. doi:10.1007/s00424-003-1102-3. PMID 12836025.
  45. ^ Nakhoul NL, Hamm LL (februar 2004). "Non-erythroid Rh glycoproteins: a putative new family of mammalian ammonium transporters". Pflügers Archiv. 447 (5): 807–12. doi:10.1007/s00424-003-1142-8. PMID 12920597.
  46. ^ Boron WF (decembar 2010). "Sharpey-Schafer lecture: gas channels". Experimental Physiology. 95 (12): 1107–30. doi:10.1113/expphysiol.2010.055244. PMC 3003898. PMID 20851859.
  47. ^ a b Perland E, Bagchi S, Klaesson A, Fredriksson R (septembar 2017). "Characteristics of 29 novel putative solute carriers of major facilitator superfamily type: evolutionary conservation, predicted structure and neuronal co-expression". Open Biology. 7 (9): 170142. doi:10.1098/rsob.170142. PMC 5627054. PMID 28878041.
  48. ^ a b Perland E, Hellsten SV, Lekholm E, Eriksson MM, Arapi V, Fredriksson R (februar 2017). "The Novel Membrane-Bound Proteins MFSD1 and MFSD3 are Putative SLC Transporters Affected by Altered Nutrient Intake". Journal of Molecular Neuroscience. 61 (2): 199–214. doi:10.1007/s12031-016-0867-8. PMC 5321710. PMID 27981419.
  49. ^ a b Perland E, Hellsten SV, Schweizer N, Arapi V, Rezayee F, Bushra M, Fredriksson R (2017). "Structural prediction of two novel human atypical SLC transporters, MFSD4A and MFSD9, and their neuroanatomical distribution in mice". PLOS ONE. 12 (10): e0186325. Bibcode:2017PLoSO..1286325P. doi:10.1371/journal.pone.0186325. PMC 5648162. PMID 29049335.
  50. ^ a b Perland E, Lekholm E, Eriksson MM, Bagchi S, Arapi V, Fredriksson R (2016). "The Putative SLC Transporters Mfsd5 and Mfsd11 Are Abundantly Expressed in the Mouse Brain and Have a Potential Role in Energy Homeostasis". PLOS ONE. 11 (6): e0156912. Bibcode:2016PLoSO..1156912P. doi:10.1371/journal.pone.0156912. PMC 4896477. PMID 27272503.
  51. ^ a b Lekholm E, Perland E, Eriksson MM, Hellsten SV, Lindberg FA, Rostami J, Fredriksson R (2017). "Putative Membrane-Bound Transporters MFSD14A and MFSD14B Are Neuronal and Affected by Nutrient Availability". Frontiers in Molecular Neuroscience. 10: 11. doi:10.3389/fnmol.2017.00011. PMC 5263138. PMID 28179877.
  52. ^ Ceder MM, Lekholm E, Hellsten SV, Perland E, Fredriksson R (2017). "The Neuronal and Peripheral Expressed Membrane-Bound UNC93A Respond to Nutrient Availability in Mice". Frontiers in Molecular Neuroscience (jezik: English). 10: 351. doi:10.3389/fnmol.2017.00351. PMC 5671512. PMID 29163028.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  53. ^ Ceder, Mikaela M.; Aggarwal, Tanya; Hosseini, Kimia; Maturi, Varun; Patil, Sourabh; Perland, Emelie; Williams, Michael J.; Fredriksson, Robert (2020). "CG4928 Is Vital for Renal Function in Fruit Flies and Membrane Potential in Cells: A First In-Depth Characterization of the Putative Solute Carrier UNC93A". Frontiers in Cell and Developmental Biology (jezik: English). 8: 580291. doi:10.3389/fcell.2020.580291. ISSN 2296-634X. PMC 7591606. PMID 33163493.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)

SLC Tables. SLCtables

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]