I forbindelse med at APG III-systemet blev offentliggjort fremsatte medlemmer af Linnean Society et forslag til en ledsagende, formel fylogenetisk klassifikation for alle landplanter, der er i overensstemmelse med APG III-klassifikationen.[5] Der var behov for den, da botanikere og fykologer (algeforskere) ofte er uenige om, hvilken taksonomisk rang, man skal indordne en gruppe under.
Mærkningen af alternative "parentes-familier" (engelsk: "bracketed families") er opgivet i APG III, og systemet anerkender nu 415 familier, hvilket er 42 færre end i det foregående system. 44 af "parentes-familier" er slettet sammen med 18 andre familier.
Man har optaget 20 familier i APG III-systemet, som ikke fandtes i det foregående system, og nogle få familier er blevet flyttet til en anden placering. Disse nye familier er følgende:
Antallet af familier, som ikke står i nogen orden er nedskåret fra 39 til 10. Apodanthaceae og Cynomoriaceae er nu anbragt direkte under dækfrøede, incertae sedis, dvs. ikke i nogen af grupperne under de dækfrøede. 8 andre familier er anbragt som incertae sedis under forskellige overgrupper af ordener under de dækfrøede. Disse familier er følgende:
Der er stadig tvivl om placeringen af familien Icacinaceae. Apodytes, Emmotum, Cassinopsis og nogle få andre slægter er midlertidigt samlet under den, indtil ny forskning kan afgøre, om de nu også hører hjemme dér.
De tre slægter: Gumillea, Nicobariodendron og Petenaea er anbragt under dækfrøede som incertae sedis. Gumillea havde ingen placering i APG II, mens Nicobariodendron og Petenaea er nye i denne sammenhæng.
* = ny familieplacering; † = ny anerkendt orden i APG III-systemet; § = ny indkredsning af familie; $ = familier med en bredere indkredsning i APG II; $$ = parentesfamilier i APG II med en mere snæver indkredsning her.