Charles Schlatter wuchs in Fair Lawn, New Jersey auf. Er spielte bereits an der Memorial Junior High School Theater[1] und machte später seinen Bachelor-Abschluss in Musical am Ithaca College.[2] Bereits nach seinem Spielfilmdebüt im Jahr 1988 an der Seite von Michael J. Fox in Die grellen Lichter der Großstadt hatte Schlatter im selben Jahr bereits zwei Hauptrollen in den beiden Spielfilmen Endlich wieder 18 und Heartbreak Hotel. Internationale Bekanntheit erlangte er an der Seite von Dick Van Dyke in seiner Rolle als Dr. Jesse Travis in der Fernsehserie Diagnose: Mord, die er in 138 Episoden von 1995 bis 2001 verkörperte. Zu der Serie schrieb er mit der Episode A Resting Place auch ein Drehbuch.
Nachdem Schlatter für eine Episode der Zeichentrickserie Captain Planet als Synchronsprecher engagiert worden war, synchronisierte er ab 2000 vermehrt und zog sich stärker aus der Schauspielerei zurück. So lieh er seine Stimmen für Videospiele wie EverQuest II und Gothic 3 und für Zeichentrickserien wie Ben 10 und Cosmo und Wanda – Wenn Elfen helfen. Ursprünglich sollte Schlatter auch Fry in Futurama sprechen.[3] Allerdings wurde er nach einem zweiten Vorsprechen durch Billy West ersetzt.[4]
Von 1990 bis 1991 war Schlatter mit Jennifer Aniston, seiner Serienpartnerin aus Ferris Bueller, der Fernsehserie zum Kultfilm Ferris macht blau, liiert.[5] Seit dem 7. Mai 1994 ist er mit der Publizistin Colleen Gunderson verheiratet, mit der er drei gemeinsame Kinder hat.