Er heiratete 1688 in Lissa Barbara Fergushill (1671–1723), Tochter des Alexander Fergushill († 1699), ein wegen seines Glaubens aus Schottland ausgewanderter Kaufmann. Das Paar hatte 13 Kinder, darunter:
Paul Ernst (1693–1757), Professor der Theologie und Philologie sowie reformierter Prediger in Frankfurt an der Oder ⚭ Sophie Charlotte Bergius
Daniel Gottlob (* 1696), königlicher Kammerdiener
Friedrich Wilhelm (1706–1760), Hofprediger an der Dreifaltigkeitskirche in Berlin
Marie ⚭ Wilhelm von Irwing, Kammergerichts-, Oberkonsistorial- und Schulrat in Berlin (Eltern von Karl Franz von Irwing)
Charlotte ⚭ Christian Scholtz (1697–1777), Pfarrer in Züllichau, dann Hofprediger in Berlin, Sprachforscher
Jura Et Libertates Dissidentium In Religione Christiana. In Regno Poloniae, & M. D. Lithuaniae, Ex Legibus Regni & aliis Monumentis authenticis, excerpta, & nunc auctius edita. 1708. (Digitalisat)
Christliche Predigten über verschiedene Auserlesene Sprüche, Heil. Schrifft. 4 Bände. Haude & Spener, Berlin 1727. (Digitalisat) (Band 2), (Band 3), (Band 4), (Band 5)
Historia Consensus Sendomiriensis inter Evangelicos regni Poloniae et Lutheranae in synodo generali Evangelicorum Sendomir 1570. Haude, Berlin 1731. (Digitalisat)
Joachim Bahlcke, Bogusław Dybaś, Hartmut Rudolph (Hrsg.): Brückenschläge. Daniel Ernst Jablonski im Europa der Frühaufklärung. Janos Stekovics, Dößel 2010, ISBN 978-3-89923-259-2. Polnische Ausgabe u.d.T.: Budowanie mostów. Daniel Ernest Jabłoński w Europie wczesnego oświecenia. Leszno 2010, ISBN 978-83-928439-5-5. Tschechische Ausgabe u.d.T.: Daniel Arnošt Jablonský. Život a dílo vnuka J. A. Komenského. Praha 2011, ISBN 978-80-86935-16-4.
Joachim Bahlcke, Werner Korthaase (Hrsg.): Daniel Ernst Jablonski. Religion, Wissenschaft und Poliktik um 1700 (Jabloniana. Quellen und Forschungen zur europäischen Kulturgeschichte der Frühen Neuzeit, 1). XIII. Harrassowitz, Wiesbaden 2008, ISBN 978-3-447-05793-6.
Joachim Bahlcke, Karl W. Schwarz (Hrsg.): Zwischen Dorpat, Pressburg und Wien. Ján Kvačala und die Anfänge der Jablonski-Forschung in Ostmitteleuropa um 1900 (Jabloniana. Quellen und Forschungen zur europäischen Kulturgeschichte der Frühen Neuzeit, 9). Harrassowitz, Wiesbaden 2018, ISBN 978-3-447-11044-0.
Joachim Bahlcke: Geschichtsschreibung und Minderheitenschutz. Die Unitas Fratrum im kirchengeschichtlichen Werk des polnischen Brüderseniors und preußischen Hofpredigers Daniel Ernst Jablonski (1660–1741). In: Joachim Bahlcke, Jiří Just, Martin Rothkegel (Hrsg.): Konfessionelle Geschichtsschreibung im Umfeld der Böhmischen Brüder (1500–1800). Traditionen – Akteure – Praktiken. Harrassowitz, Wiesbaden 2022 (Jabloniana; 11), ISBN 978-3-447-11709-8, S. 535–588.
↑Leonhard Stroux: Die Gründung der Brandenburgischen Sozietät der Wissenschaften durch Gottfried Wilhelm Leibniz und Daniel Ernst Jablonski. In: Joachim Bahlcke, Werner Korthaase (Hrsg.): Daniel Ernst Jablonski: Religion, Wissenschaft und Politik um 1700. Harrassowitz Verlag, Berlin 2008, ISBN 978-3-447-05793-6.