1989 verließ er das BKA wegen unüberbrückbarer Differenzen und wurde 1992 Gründungsmitglied der Koordinationsgruppe Polizei bei Amnesty International. Grund der Differenzen mit dem BKA war seine Auffassung von der Unzulässigkeit der Zusammenarbeit des BKA mit Unrechts- und Folterregimen. 1991 gründete er (zusammen mit Hans See) den Verein Business Crime Control, der sich mit Wirtschaftskriminalität beschäftigt, und die Vierteljahreszeitschrift BIG Business Crime. Bis 2006 war er stellvertretender BCC-Vorsitzender. Seit 1993 forscht Schenk auf dem Gebiet des Nationalsozialismus. Seit 1998 ist er zudem Honorarprofessor der Universität Łódź/Polen.
In diesem ersten Band seiner BKA-Studien stellt Schenk die Verbindungen des BKA zu Unrechtsregimen in den 1980er Jahren dar.
Der Chef (1998)
In diesem Band der Trilogie stellt Schenk Horst Herold und die Terrorismusbekämpfung der 1970er Jahre in den Mittelpunkt.
Auf dem rechten Auge blind (2001)
Schenk belegt in seiner historischen Analyse der Entstehung des BKA, dass 1959 45 der 47 leitenden Beamten ehemalige Mitglieder der NSDAP waren, fast die Hälfte hatte sich aktiv an kriminellen Handlungen beteiligt. Fünf von ihnen waren Schreibtischtäter im Reichskriminalpolizeiamt, fünfzehn Mitglieder von Einsatzgruppen in Polen. Besonders die Laufbahn Paul Dickopfs und des "Charlottenburger Kreises" stehen im Zentrum seiner Untersuchungen.[1][2][3]
Die Fernsehserie SOKO München basiert auf Schenks Erinnerungen, die dieser 1975 niederlegte. Daraus entstand auch sein Roman „Der Durchläufer“. In seiner Zeit beim hessischen Landeskriminalamt hatte Schenk die Durchwahlnummer 5113, worauf der ursprüngliche Name der Serie (SOKO 5113) basierte.
Schenk schrieb bis 1986 auch Episodendrehbücher und blieb der Serie danach als Berater erhalten.
Das BKA würdigt in der Selbstdarstellung seiner Geschichte die Arbeit Schenks: Erst durch seine grundlegenden Forschungen sei eine Aufarbeitung der Geschichte des BKA möglich und die Bedeutung ihrer Aufarbeitung deutlich geworden.[4][5][6]
BKA. Die Reise nach Beirut – ein politischer Tatsachenroman. Rowohlt, Reinbek bei Hamburg 1990, ISBN 3-498-06243-3
Die Post von Danzig. Geschichte eines deutschen Justizmords. Rowohlt, Reinbek bei Hamburg 1995, ISBN 3-498-06288-3.
Der Chef. Horst Herold und das BKA. Hoffmann und Campe, Hamburg 1998, ISBN 978-3-455-15022-3.
Hitlers Mann in Danzig. Albert Forster und die NS-Verbrechen in Danzig-Westpreußen. Verlag J.H.W. Dietz Nachf., Bonn 2000, ISBN 3-8012-5029-6.[8][9][10][11][12]
Auf dem rechten Auge blind – Die braunen Wurzeln des BKA. Kiepenheuer und Witsch, Köln 2001, ISBN 3-462-03034-5.
Wie ich Hitler Beine machte. Eine Danziger Polin im Widerstand. Bertelsmann Jugendbuch Verlag, München 2003, ISBN 3-570-30255-5.
Hans Frank. Hitlers Kronjurist und Generalgouverneur. S. Fischer Verlag, Frankfurt/M. 2006, ISBN 978-3-10-073562-1.
Der Lemberger Professorenmord und der Holocaust in Ostgalizien. Verlag J.H.W. Dietz Nachf., Bonn 2007, ISBN 978-3-8012-5033-1.
Krakauer Burg. Die Machtzentrale des Generalgouverneurs Hans Frank 1939–1945. Links, Berlin 2010, ISBN 978-3-86153-575-1.
↑BKA Historie. In: bka.de. 5. September 1950, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 30. Januar 2016; abgerufen am 30. Januar 2016.Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.bka.de
↑BKA Polizei + Forschung. In: bka.de. Archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 30. Januar 2016; abgerufen am 30. Januar 2016.Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.bka.de
↑BKA Historie. In: bka.de. 5. September 1950, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 30. Januar 2016; abgerufen am 30. Januar 2016.Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.bka.de
↑publisher: BKA BKA-Historie. In: bka.de. 13. Mai 2014, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 30. Januar 2016; abgerufen am 30. Januar 2016.Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.bka.de