Molden wurde 1886 als Sohn des Journalisten und Publizisten Berthold Molden (1853–1942), Balkanberater des Außenministeriums, und dessen Frau, Berta (1856–1935), geb. Edlinger, in Wien geboren. Er besuchte Gymnasien in Wien XIX (Döbling) und im südböhmischen Prachatitz. Danach studierte er Jus, Geschichte und Archäologie an den Universitäten Wien und Berlin. 1911 wurde er in Wien mit der Dissertation Die Orientpolitik des Fürsten Metternich 1829–1833 zum Dr. phil. promoviert.
1921 wurde er Redakteur für Politik der Neuen Freien Presse, deren stellvertretende Chefredaktion er von 1924 bis 1938 übernahm. Überdies war er Präsident der Volksbüchervereinigung „Zentralbibliothek“ und ab 1930 Kommentator der RAVAG. Er betätigte sich auch im Österreichisch-deutschen Volksbund und verantwortete von 1925 bis 1933 den „Vertraulichen Informationsdienst Molden“. Ab 1933 galt er als Gegner des Nationalsozialismus und des „Anschlusses“ Österreichs, was nach 1938 zur Entlassung führte.
Mit seinem Sohn wurde er 1938 von der Gestapo verhaftet,[6] dann aber wieder auf freien Fuß gesetzt. Ab 1938 war er auf Vermittlung des Freundeskreises[7]Archivar der Wiener Wirtschaftszeitschrift Südost-Echo, wenig später in gleicher Funktion für Europa-Kabel in Amsterdam tätig. In dieser Zeit setzte er sich für Otto Schulmeister ein.[8] Molden wurde mit einem „Ostmark-Verbot“ bedacht, eine Flucht mit seinem Sohn nach Großbritannien missglückte.[7] 1944 war er Gründungsmitglied des „Provisorischen Österreichischen Nationalkomitees“. Vor Kriegsende wurde er erneut (mit seiner Frau) für siebzehn Tage von der Gestapo verhaftet.[9]
1946 gründete er die Wiener Wochenzeitung Presse (ab 1949 Tageszeitung Die Presse; Auflage: 60.000[10]), deren Herausgeber und Chefredakteur er bis zu seinem Tod 1953 war. Danach wurde die Zeitung von seinem Sohn weitergeführt.[10]
(Hrsg. und eingel. mit Hans Feigl): Jakob Philipp Fallmerayer: Schriften und Tagebücher. Fragmente aus dem Orient. Neue Fragmente. Politisch-historische Aufsätze. Tagebücher. 2 Bände, Georg Müller Verlag, München u. a. 1913.
Zur Geschichte des österreichisch-russischen Gegensatzes. Die Politik der europäischen Großmächte und die Aachener Konferenzen (= Veröffentlichungen der Gesellschaft für neuere Geschichte Österreichs). Seidel, Wien 1916.
Ein österreichischer Kanzler. Der Fürst von Metternich (= Österreichische Bibliothek. Nr. 23). Insel-Verlag, Wien 1917.
(Hrsg.): Paula von Preradović: Gesammelte Gedichte. 3 Bände, Österreichische Verlagsanstalt, Innsbruck 1951 f.
Band 1: Verlorene Heimat. 1951.
Band 2: Schicksalsland. 1952.
Band 3: Gott und das Herz. 1952.
(Ausgew. und eingel. von Adam Wandruszka): Das Wort hat Österreich. Beiträge zur Geschichte der 2. Republik. Buchverlag der Presse, Wien 1953.
Molden, Ernst. In: Fritz Fellner, Doris A. Corradini: Österreichische Geschichtswissenschaft im 20. Jahrhundert. Ein biographisch-bibliographisches Lexikon (= Veröffentlichungen der Kommission für Neuere Geschichte Österreichs. Bd. 99). Böhlau, Wien u. a. 2006, ISBN 978-3-205-77476-1, S. 287 f.
Bruno Jahn (Bearb.): Die deutschsprachige Presse: Ein biographisch-bibliographisches Handbuch. Band 1: A–L. K.G. Saur, München 2005, ISBN 3-598-11710-8, S. 721.
Adam Wandruszka: Molden, Ernst. In: Kurt Skalnik (Red.): Neue österreichische Biographie ab 1815. Grosse Österreicher. Band 18: Heimat bist du grosser Söhne. 19 Beiträge mit Porträts. Amalthea-Verlag, Wien u. a. 1972, S. 78–87.
↑Fritz Fellner: „… ein wahrhaft patriotisches Werk“. Die Kommission für Neuere Geschichte Österreichs 1897–2000 (= Veröffentlichungen der Kommission für Neuere Geschichte Österreichs. Bd. 91). Böhlau, Wien u. a. 2001, ISBN 3-205-99376-4, S. 255.
↑ abFritz Fellner: „… ein wahrhaft patriotisches Werk“. Die Kommission für Neuere Geschichte Österreichs 1897–2000 (= Veröffentlichungen der Kommission für Neuere Geschichte Österreichs. Bd. 91). Böhlau, Wien u. a. 2001, ISBN 3-205-99376-4, S. 85.
↑Adam Wandruszka: Molden, Ernst. In: Kurt Skalnik (Red.): Neue österreichische Biographie ab 1815. Grosse Österreicher. Band 18: Heimat bist du grosser Söhne. 19 Beiträge mit Porträts. Amalthea-Verlag, Wien u. a. 1972, S. 78–87, hier: S. 80.
↑Adam Wandruszka: Molden, Ernst. In: Kurt Skalnik (Red.): Neue österreichische Biographie ab 1815. Grosse Österreicher. Band 18: Heimat bist du grosser Söhne. 19 Beiträge mit Porträts. Amalthea-Verlag, Wien u. a. 1972, S. 78–87, hier: S. 81.
↑Harry Carl Schaub: Abwehr-General Erwin Lahousen. Der erste Zeuge beim Nürnberger Prozess. Böhlau, Wien u. a. 2015, ISBN 978-3-205-79700-5, S. 193.
↑ abHarry Carl Schaub: Abwehr-General Erwin Lahousen. Der erste Zeuge beim Nürnberger Prozess. Böhlau, Wien u. a. 2015, ISBN 978-3-205-79700-5, S. 194.
↑Adam Wandruszka: Molden, Ernst. In: Kurt Skalnik (Red.): Neue österreichische Biographie ab 1815. Grosse Österreicher. Band 18: Heimat bist du grosser Söhne. 19 Beiträge mit Porträts. Amalthea-Verlag, Wien u. a. 1972, S. 78–87, hier: S. 84.