Pauers musikalische Wurzeln führen zur Familie Streicher, seine Mutter war eine geborene Streicher, er war ein Enkel von Andreas Streicher.[1] Sein Vater war der lutherische Superintendent von Wien gleichen Namens, Ernst Pauer. Von 1839 bis 1844 studierte er in Wien Komposition bei Simon Sechter und Klavier bei Mozarts Sohn Franz Xaver Wolfgang. Weitere Studien erfolgten ab 1845 bei Franz Lachner in München.
1847 bewarb er sich auf Empfehlung Lachners als Nachfolger von Heinrich Esser als Dirigent der Liedertafel in Mainz und wurde ausgewählt. In Mainz schrieb er im Auftrag von Schott & Söhne zwei Opern, Don Riego (1849) und Die rothe Maske (1850). Beide Opern wurden in Mainz und Mannheim aufgeführt. Pauer komponierte auch Chormusik, Ouvertüren und Zwischenspiele für die Mainzer Bühne.
Im April 1851 trat er von seinem Mainzer Amt zurück und ließ sich in London nieder. Von Anfang an wurde Pauers Klavierspiel in London aufs Höchste bewundert. Er gab dort eine Reihe von Konzerten, in denen er die Entwicklung des Klaviers von 1600 bis in die Moderne darstellte. Von 1859 bis 1864 lehrte er an der Royal Academy of Music. Er war besonders um die historische Aufführungspraxis bemüht.
Pauers Interesse an früher Klaviermusik spiegelt sich auch in seinen vielen Editionen früher Klaviermusik wider. Auch schrieb er zahlreiche Transkriptionen, häufig mit Fingersatz versehen, die meist jedoch in England erschienen. Auch gab er einige Klavierschulen heraus. 1896 zog er sich zum Ruhestand nach Jugenheim bei Darmstadt zurück.
The elements of the beautiful in music. Novello, London 1876
The art of pianoforte playing. Novello, Ewer and Co., London 1877
Musical forms. Novello and Co., H.W. Gray Co, London / New York 1878
The birthday book of musicians and composers. Edinburgh Forsyth Bros., London 1881
A dictionary of pianists and composers for the pianoforte. With an appendix of manufacturers of the instrument. Novello, Ewer & Co.'s Music Primers, etc. No. 46, London 1895
The Culture of the Left Hand. A Collection of useful and practical [P. F.] Exercises and Studies for giving strength, firmness, independence and suppleness to the left hand. Selected, fingered, revised and edited by E. Pauer, etc. Augener, London 1907
The complete Piano works of W. A. Mozart, edited by E. Pauer. Augener, London 1874
The complete Piano Works by F. Schubert, edited by E. Pauer. Augener, London 1874
50 harpsichord lessons (by Domenico Scarlatti) selected, revised and fingered by E. Pauer. Augener, London 1877
Mendelssohn-Bartholdy. Complete works for Pianoforte and Orchestra with a compressed score of the Orchestral accompaniments to be used on a second Pianoforte. Arranged and revised by E. Pauer. London, 1879
The piano works of Robert Schumann, edited by E. Pauer. 1879 (?)
Complete Pianoforte solo works [by Haydn, Joseph]. Edited by E. Pauer. London, 1879
The Children’s Beethoven. Short pieces for the Pianoforte revised by E. Pauer. Augener, London 1879
Old English Composers for the Virginals & Harpsichord. A collection of preludes, galliards, pavanes, grounds, chaconnes, suites, overtures, sonatas, etc. etc. selected from the works of William Byrde, Dr. John Bull, Orlando Gibbons, Dr. John Blow, Henry Purcell and Dr. Thomas Augustine Arne. Revised & edited by E. Pauer. With biographical notices by W. A. Barrett, etc. 1879
The complete piano solo works by C. M. von Weber, edited by E. Pauer. Augener, London 1879
Transcriptions for the Pianoforte by F. Liszt. Revised by E. Pauer. 1880
Schulhoff-Album. Favorite Pianoforte Pieces. Edited by E. Pauer. Augener & Co, London 1882–1878
Complete Piano Works of L. van Beethoven. Edited by Ernst Pauer. Augener & Co., London 1865–1873
50 Special and Preparatory Studies for the pianoforte intended as an assistance to a thoroughly artistic performance of Beethoven’s Sonatas. Augener & Co, London 1895
Zemiroth Israel, traditional Hebrew melodies chanted in the synagogue and the home edited, harmonized and arranged for the pianoforte by Ernst Pauer; with an explanatory preface by Francis L. Cohen. Augener, London 1896
The complete dances by L. van Beethoven, edited, revised and partly arranged for the pianoforte by E. Pauer. Augener & Co., London ca. 1892
Alte Tänze. Samml. d. berühmtesten dt., franz. u. ital. Gavotten; für Pianoforte ausgew., theilw. einger. u. durchges. von E. Pauer. Breitkopf und Härtel, Leipzig 1910