Er starb in Innsbruck während einer Reise nach Pisa. Sein Tod bedeutete das Ende der Italienischen Oper in Dresden, die nach seinem Tod (aber auch aus finanziellen und politischen Gründen) aufgelöst wurde. Das Theater seiner Heimatstadt Perugia wurde nach ihm „Teatro Morlacchi“ benannt; auch das Konservatorium in Perugia trägt seinen Namen.
Morlacchi trug in Dresden stark zur Entfaltung der „romantischen“ Musik bei und wurde auf Grund seines musikalischen Ausdrucks auch als „italienischer Romantiker“ am Pult der Dresdner Hofkapelle bezeichnet. Er war Initiator der Dresdner Palmsonntagskonzerte und nahm sich (zusammen mit Carl Gottlieb Reißiger) der Wiederaufführung von Bachs Matthäus-Passion in Dresden an.
Biancamaria Brumana, Galliano Ciliberti (Hrsg.): Francesco Morlacchi e la musica del suo tempo (1784–1841). Atti del Convegno internazionale di studi, Perugia, 26–28 ottobre 1984. Olschki, Florenz 1986, ISBN 88-222-3433-2.
Manuela Jahrmärker: Die Kirchenmusik der Italiener Ferdinando Paer und Francesco Morlacchi für die Katholische Hofkirche: Tradition und Restauration, in: Die Dresdner Kirchenmusik im 19. und 20. Jahrhundert, hrsg. von Matthias Herrmann, Laaber 1998, S. 61–80 (Musik in Dresden 3), ISBN 3-89007-331-X.
Ortrun Landmann: Bemerkungen zu den Morlacchi-Quellen der Sächsischen Landesbibliothek in Dresden. [Perugia 1984]. In: F. Morlacchi e la musica del suo tempo. Firenze 1986.
Karl Schadelbauer: Zur Exhumierung Cav. Francesco Morlacchis; in: Amtsblatt der Landeshauptstadt Innsbruck, Dezember 1951, Seite 5 f., Digitalisat im Heftarchiv von www.Innsbruck informiert.at.[3]
Eberhard Steindorf: Die Konzerttätigkeit der Königlichen musikalischen Kapelle zu Dresden (1817–1858). Institutionsgeschichtliche Studie und Dokumentation (= Dresdner Schriften zur Musik 11), Baden-Baden 2018, S. 22–30.