1877 wurde Prutz als o. Professor für Geschichte an die Albertus-Universität Königsberg berufen. 1888/89 war er ihr Rektor.[3] In Königsberg wurde Prutz Freimaurer. Er musste 1902 den Königsberger Lehrstuhl wegen eines Augenleidens aufgeben und zog nach München. Ab 1922 lebte er in Stuttgart. In seiner Preußischen Geschichte wandte er sich gegen den Mythos von „Preußens deutschem Beruf“.
Heinrich der Löwe. Geschichte, Sage und Poesie, Leipzig 1866.
Ueber ein Formelbuch aus dem Anfange des fünfzehnten Jahrhunderts. In: Neue Preußische Provinzial-Blätter. Vierte Folge. Band 6, Königsberg 1869, S. 193–214 (Google Books).
Radewin's Fortsetzung der Gesta Friderici imperatoris des Otto von Freising, ihre Zusammensetzung und ihr Werth. Eine quellenkritische Untersuchung (Habilitationsschrift). Danzig 1873 (Digitalisat).
Entwicklung und Untergang des Tempelherrenordens. Mit Benutzung bisher ungedruckter Materialien. Grote, Berlin 1888 (eingeschränkte Vorschau).
Malteser Urkunden und Regesten zur Geschichte der Templerherren und Johanniter. Berlin 1883 (Digitalisat, eingeschränkte Vorschau).
Staatengeschichte des Abendlandes im Mittelalter von Karl dem Großen bis auf Maximilian. 2 Bände, Berlin 1885–1887.
Band 1: Die Auflösung des karolingischen Reiches und die Sonderung der germanischen und romanischen Reiche. 814–887- Berlin 1885 (eingeschränkte Vorschau).
mit Herman Schiller: Leitfaden für den geschichtlichen Unterricht in den oberen Klassen höherer Lehranstalten. 3 Teile, Grote, Berlin 1890–1891 (Digitalisat).
Die Königliche Albertus-Universität zu Königsberg i.Pr. im neunzehnten Jahrhundert, zur Feier ihres 350jährigen Bestehens. Königsberg 1894.
Preußische Geschichte. 4 Bände, Stuttgart 1900–1902.
Band 1: Das 17. und 18. Jahrhundert und Große Themen der Geschichte Preußens. Stuttgart 1900 (Digitalisat, eingeschränkte Vorschau).
Die Geistlichen Ritterorden, ihre Stellung zur kirchlichen, politischen, gesellschaftlichen und wirtschaftlichen Entwicklung des Mittelalters. Berlin 1908 (eingeschränkte Vorschau).
Julius Nicolaus Weisfert: Biographisch-litterarisches Lexikon für die Haupt- und Residenzstadt Königsberg und Ostpreußen. 2. Aufl., Königsberg 1898, S. 180.
Christian Tilitzki: Die Albertus-Universität Königsberg. Die Geschichte von der Reichsgründung bis zum Untergang der Provinz Ostpreußen. Band 1: 1871–1918, München 2012, S. 602.