Im Jahr 1770 übernahm er als Nachfolger von Johann Demeter das Amt des Hofgärtners beim Würzburger FürstbischofAdam Friedrich von Seinsheim und behielt diese Anstellung bis zu seinem Tod. Hier erarbeitete er unter anderem bis 1779 die Pläne zur Neugestaltung des Hofgartens, die auch größtenteils umgesetzt wurden. Zeitgleich war er als Planer und Berater für Adelshäuser benachbarter Herrschaftsgebiete tätig und betrieb selbst eine Baumschule für Obstbäume.[1]
Zwischen 1776 und 1801 veröffentlichte er sein dreibändiges Lehrbuch zur ObstsortenkundePomona Franconica mit den botanischen Buchillustrationen des NürnbergersWolfgang Adam. In seinem pomologischen Standardwerk beschrieb Mayer alle im Hofgarten kultivierten Obstsorten sowie seine langjährigen Erfahrungen in der Obstbaumzucht. Auf ganzseitigen Tafeln werden kunstvoll geschnittene Formobstbäume und auf handkolorierten Kupferstichen über 500 reife Früchte gezeigt. Zu diesem Buch veranstalteten im Jahr 2007 die Universitäts-Bibliothek Würzburg und das Martin von Wagner Museum gemeinsam mit der bayerischen Schlösserverwaltung eine Ausstellung in der Würzburger Residenz. Dadurch wurde ein Münchener Kunsthändler aufmerksam und vermittelte aus Privatbesitz ein Doppelporträt des Hofgärtners und seiner aus Gaibach stammenden Ehefrau Eleonora Winterstein, das das Martin-von-Wagner-Museum im Mai 2009 kaufte. Erst mit diesen Porträts kann ab Herbst 2009 erstmals ein Bildnis des Würzburger Hofgärtners der Öffentlichkeit gezeigt werden. Die beiden Pastelle aus dem Jahr 1786 wurden von dem aus Mähren stammenden Maler Peter Straßburger gemalt, der ab 1774 in Würzburg lebte. Die Porträts tragen auf der Rückseite die Signatur Mayering, woraus die Experten schließen, dass beide Porträts aus der Familie der jüngsten Tochter Mayers stammen.
Verzeichniß der Obstbäume von den besten, seltensten und meistgeschätzten Gattungen, welche in dem Hof- und Residenzgarten Seiner Hochfürstl. Gnaden des Hochwürdigsten Fürsten und Bischofen zu Bamberg und Wirzburg, …unter der Aufsicht des dasigen Hofgärtners dermalen gezogen werden … Samt einer Beschreibung sowohl der Bäume als Früchten, und Anzeige der beyläufigen Zeit ihrer Reifwerdung = Catalogue des arbres à fruits les plus éxcéllents, les plus rares, les plus éstimés, qui se cultivent actuellement dans le jardin de la cour sous la direction du jardinier de la cour, Wirzburg: Johann Mayer; Nitribitt, 1774.
POMONA FRANCONICA oder natürliche Abbildung und Beschreibung der besten und vorzüglichsten Europäischen Gattungen der Obstbäume und Früchte, welche in dem Hochfürstlichen Hofgarten zu Würzburg gezogen werden, I-III, Verlag Winterschmidt, Nürnberg 1776–1801
Verzeichniß der in- und ausländischen Gewächse an Blumen, Stauden, Sträuchern und Bäumen, welche sich dermalen im hiesigen Hochfürstlichen Hof- und Residenzgarten vorfinden, uns sowohl im freyen, als in Glas- und Treibhäusern gezogen, und verwahrt werden: Zur Bequemlichkeit und Erinnerung der ..., Sartorius, Würzburg 1786
Verzeichniß der Obstbäume von den besten Gattungen, welche dermalen bey Johann Meyer, Hofgärtner zu Würzburg zu haben sind = Catalogue des arbres-fruitiers des meilleures especes qui se trouvent chez Jean Mayer, jardinier de la cour a Wirzbourg , Sartorius, Würzburg 1792
Heribert Sturm: Biographisches Lexikon zur Geschichte der böhmischen Länder, Collegium Carolinum (Hg.), Verlag R.Oldenbourg, 1979, ISBN 3486522019 bzw. ISBN 9783486522013 (Auszug)
Karl Schäfer: Johann Prokop Mayer 1735- 1804. Ein Würzburger Hofgärtner. In: Mainfränkisches Jahrbuch für Geschichte und Kunst, Band 32 (1980), Seite 165–176
Verena Friedrich, Stefan Kummer: Pomona Franconica. Früchte für den Fürstbischof, Begleitbuch zur Ausstellung der Universitätsbibliothek Würzburg in der Residenz Würzburg in Zusammenarbeit mit der Bayerischen Verwaltung der Staatlichen Schlösser, Gärten und Seen, und dem Martin-von-Wagner-Museum der Universität Würzburg 16. Mai 2007 bis 16. September 2007, Bonitas-Bauer Druck und Medien, Würzburg 2007, ISBN 978-3-9811408-1-1 (Bibliographische Beschreibung)
Stefan Kummer: Der fürstbischöfliche Hofgärtner Johann Prokop Mayer als Theoretiker der Gartenbaukunst. In: Tempora mutantur et nos? Festschrift für Walter M. Brod zum 95. Geburtstag. Mit Beiträgen von Freunden, Weggefährten und Zeitgenossen. Hrsg. von Andreas Mettenleiter, Akamedon, Pfaffenhofen 2007 (= Aus Würzburgs Stadt- und Universitätsgeschichte, 2), ISBN 3-940072-01-X, S. 332–337
↑Historischer Verein von Unterfranken und Aschaffenburg: Archiv des Historischen Vereines von Unterfranken und Aschaffenburg, Band 11, Stütz, 1851, S. 264