Sein Hauptinteresse galt Hieronymus Savonarola, dessen Predigten und Schriften er auch in Auswahl ins Deutsche übersetzte (1928) und über den er sein vierbändiges Hauptwerk publizierte.
↑W. Becker (Hrsg.), Handbuch der bayerischen Kirchengeschichte. Vom Reichsdeputationshauptschluss bis zum Zweiten Vatikanischen Konzil. St. Ottilien 1991. S. 566.
Berengar von Tours, sein Leben und seine Lehre. Ein Beitrag zur Abendmahlslehre des beginnenden Mittelalters. Stahl, München 1890.
Die Gesta Romanae Ecclesiae des Kardinals Beno und andere Streitschriften der schismatischen Kardinäle wider Gregor VII. Buchner, Bamberg 1892 (Digitalisat).
Katholisches Eherecht. Mit Berücksichtigung der im Deutschen Reich, in Österreich, der Schweiz und im Gebiete des Code civil geltenden staatlichen Bestimmungen. Herder, Freiburg im Breisgau 1898.
Quellen und Forschungen zur Geschichte Savonarolas.
Band 1: Bartolomei Redditi und Tomaso Ginori. Lentner, München 1902 (Veröffentlichungen aus dem Kirchenhistorischen Seminar München).
Band 2: Savonarola und die Feuerprobe. Eine quellenkritische Untersuchung. Lentner, München 1904 (Veröffentlichungen aus dem Kirchenhistorischen Seminar München).
Band 3: Bartolomeo Cerretani. Lentner, München 1904 (Veröffentlichungen aus dem Kirchenhistorischen Seminar München).
Band 4: Savonarola nach den Aufzeichnungen des Florentiners Piero Parenti. Duncker und Humblot, Leipzig 1910.
Hat Jesus das Papsttum gestiftet? Eine dogmengeschichtliche Untersuchung. Lampart, Augsburg 1910 (Digitalisat).
Borromäus-Enzyklika und Modernismus. Vortrag … im Antiultramontanen Reichsverband am 21. November 1910 im Architektenhause zu Berlin. Frankfurter Neuer Verlag, Frankfurt am Main 1911 (Digitalisat) der Universitäts- und Landesbibliothek Düsseldorf
Der katholische Modernismus. Protestantischer Schriftenvertrieb, Berlin-Schöneberg 1912 (Digitalisat).
Savonarola im Streite mit seinem Orden und seinem Kloster. Lehmann, München 1914.
Savonarola. Ein Kulturbild aus der Zeit der Renaissance. Reinhardt, München 1924 (Digitalisat).
Friedrich Heiler: Joseph Schnitzer. Ein Vorkämpfer des deutschen Reformkatholizismus (1859–1939). Reinhardt, München 1939 (Sonderdruck aus Eine heilige Kirche 21 [1939], S. 297–313).
Norbert Trippen: Aus dem Tagebuch eines deutschen Modernisten. Aufzeichnungen des Münchner Dogmenhistorikers Joseph Schnitzer aus den Jahren 1901-1913. In: Georg Schwaiger (Hrsg.): Aufbruch ins 20. Jahrhundert. Zum Streit um Reformkatholizismus und Modernismus. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1976, S. 139–222.
Norbert Trippen: Theologie und Lehramt im Konflikt. Die kirchlichen Maßnahmen gegen den Modernismus im Jahre 1907 und ihre Auswirkungen in Deutschland. Herder, Freiburg i. Br. 1977, S. 267–404.
Manfred Weitlauff: Der „Fall“ des Augsburger Diözesanpriesters und Münchener Theologieprofessors Joseph Schnitzer (1859–1939). In Erinnerung an die antimodernistischen Erlasse Papst Pius’ X. vor hundert Jahren. Verlag des Vereins für Augsburger Bistumsgeschichte, Augsburg 2011, ISBN 978-3-89870-699-5.
Gregor Klapczynski: Katholischer Historismus? Zum historischen Denken in der deutschsprachigen Kirchengeschichte um 1900. Heinrich Schrörs – Albert Ehrhard – Joseph Schnitzer (= Münchener kirchenhistorische Studien. N.F., Bd. 2). Kohlhammer, Stuttgart 2013, ISBN 978-3-17-023426-0.