Bermúdez de Castro studierte Biologie an der Universität Complutense Madrid und erwarb dort auch 1985 den Doktor-Grad. Von 1988 bis 1990 war er an dieser Universität Titularprofessor für Anthropologie, danach Investigador Científico und Profesor de Investigación am Consejo Superior de Investigaciones Científicas und von 2005 bis 2012 Direktor am Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana (CENIEH; Nationales Zentrums für die Untersuchung der menschlichen Evolution) in Burgos, wo er die Arbeitsgruppe Anthropologie der Zähne des CENIEH leitete.[1]
J. M. Bermúdez de Castro, J. L. Arsuaga, E. Carbonell, J. Rodríguez (Hrsg.): Atapuerca. Nuestros antecesores. Junta de Castilla y León 1999, ISBN 84-7846-871-4.
J. M. Bermúdez de Castro: El chico de la Gran Dolina. En los orígenes de lo humano. (= Drakontos). Crítica, 2002, ISBN 84-8432-317-X.
J. L. Arsuaga, J. M. Bermúdez de Castro, E. Carbonell, J. Trueba: Los Primeros Europeos: Tesoros de la Sierra de Atapuerca. Junta de Castilla y León 2003, ISBN 84-9718-143-3.
J. M. Bermúdez de Castro, B. Márquez Mora, A. Mateos Cachorro, M. Martinón-Torres, S. Sarmiento Pérez: Hijos de un tiempo perdido. La búsqueda de nuestros antepasados. (= Ares y Mares). Editorial Crítica, 2004, ISBN 84-8432-545-8.
J. M. Bermúdez de Castro, E. Carbonell: Atapuerca, perdidos en la colina. La historia humana y cientifica del equipo investigador. (= Imago Mundi. 55). Ediciones Destino, Barcelona 2004, ISBN 84-233-3648-4.
J. M. Bermúdez de Castro u. a.: A hominid from the lower Pleistocene of Atapuerca, Spain: possible ancestor to Neandertals and modern humans. In: Science. Band 276, 1997, S. 1392–1395.
Eudald Carbonell, José M. Bermúdez de Castro u. a.: The first hominin of Europe. In: Nature. Band 452, 2008, S. 465–469.