Die Fluggesellschaft wurde im Jahr 2005 gegründet und betreibt ein Netz von Zielen innerhalb Chinas und fünf weiteren Zielen in Taiwan, Japan, Südkorea und Thailand. Das Drehkreuz befindet sich derzeit am Flughafen Shanghai-Hongqiao, jedoch dient auch der zweite Flughafen in Shanghai, der Shanghai Pudong International Airport als wichtiges Luftfahrt-Drehkreuz. Die Gesellschaft ist bestrebt, zu wachsen und das Streckennetz auszubauen. Jedoch wurden durch die Entscheidung des CAAC (Chinesische Behörde für zivilen Luftverkehr) infolge des Zwischenfalls vom 13. August 2011 weitere Wachstumspläne von Juneyao Airlines bis auf weiteres untersagt.
Seit dem 23. Mai 2017 ist Juneyao Airlines der erste Connecting Partner der Star Alliance.[1]
Am 13. August 2011 erklärte eine Boeing 777-300 der Qatar Airways, mit dem LuftfahrzeugkennzeichenA7-BAC, nach mehr als einer Stunde Warteschleifen im Anflug auf den Flughafen Shanghai-PudongLuftnotlage (Mayday), da die verbleibende Treibstoffmenge unter die vorgeschriebene Restmenge gefallen war. Somit sollte eine unverzügliche Landung auf dem als Ausweichziel ausgewählten Flughafen Shanghai-Hongqiao erwirkt werden. Gleichzeitig befand sich ein Airbus A320-200 der Juneyao Airlines auf Juneyao-Airlines-Flug 1112 im Landeanflug auf Shanghai-Hongqiao. Der Kommandant ignorierte die Anweisung der Fluglotsen, seinen Landeanflug unverzüglich abzubrechen, und führte die Landung durch, obwohl dem in Luftnotlage geratenen Flug Vorrang einzuräumen war. Obwohl beide Flüge sicher ihr Ziel erreichten, stellt der Vorfall nach Angaben des ermittelnden CAAC einen erheblichen Verstoß gegen das geltende nationale und internationale Luftrecht dar. Der Vorfall hat erhebliche Konsequenzen für die Entwicklung der Fluggesellschaft Juneyao, denn die Behörde untersagte der Fluggesellschaft die weitere Expansion und kürzte die Anzahl der Flüge von Juneyao Airlines um 10 % für drei Monate. Außerdem wurde vor dem Hintergrund der Nationalität des betroffenen Flugkapitäns auch das Einstellen von Personal aus dem Ausland untersagt.[5]