Er ist Autor zahlreicher Bücher zu Philosophie und Anthroposophie, Literatur, Kultur- und Wissenschaftsgeschichte, darunter einer im russischsprachigen Raum weit verbreiteten Goethe-Biographie, einer Geschichte der europäischen Wissenschaft und des Werks Goethes philosophische Weltanschauung sowie von Büchern über Nietzsche, Spengler, Husserl und Cassirer. Dazu kommen zahlreiche deutschsprachige Publikationen, insbesondere zu anthroposophischen Themen.
Die Karl-Ballmer-Probe. Mit zwei Aufsätzen von Karl Ballmer. Edition LGC, Siegen/Sancey le Grand 1994, ISBN 3-930964-80-5
Nietzsche – Versuch einer Gottwerdung. Zwei Variationen über ein Schicksal. Verlag am Goetheanum, Dornach 1994, ISBN 978-3952508022
Der Untergang eines Abendländers. Oswald Spengler und sein Requiem auf Europa. Heinrich, Berlin 1998, ISBN 3-932458-08-7
Das Schicksal heisst: Goethe. Geering, Dornach 1999; 2. Aufl. Aarau 2022, ISBN 3-7235-1048-5
Was ist Anthroposophie? Verlag am Goetheanum, Dornach 2001, ISBN 3-7235-1115-5
Anthroposophische Heilpädagogik. Zur Geschichte eines Neuanfangs. Verlag am Goetheanum, Dornach 2004; 2. Aufl. Aarau 2020, ISBN 3-7235-1206-2
Rudolf Steiner. Ein Kommender. Verlag am Goetheanum, 2. erg. Aufl., Dornach 2017, ISBN 3-7235-1259-3
Aufgearbeitete Anthroposophie. Eine Geisterfahrt. Verlag am Goetheanum, Dornach 2007; 2. erw. A. 2008, ISBN 978-3-7235-1324-8
Zur Geschichte der Zukunft. Drei Essays. Verlag für Anthroposophie, Dornach 2010, ISBN 978-3-03769-019-2
Geträumt oder gewollt? Zwölf Skizzen über die Schweiz. Verlag für Anthroposophie, Dornach 2014, ISBN 978-3-03769-050-5
Geschichte der Philosophie in karmischer Perspektive: Ein Nachruf auf das Denken von Plato bis Stirner. Verlag für Anthroposophie, Dornach 2016, ISBN 978-3906891019
Rudolf Steiner: Eine Einführung. EM Edition Morel, Dornach 2017, ISBN 978-3906891033
Urphänomene. Denkschriften für Hinschauende (mit Georg Friedrich Schulz). Geering, Dornach 1994–1998:
Auftakt: Was wir wollen. Zeugnisse, 1994
Weltmacht Rudolf Steiner, 3 Bände, 1995
Die Zerstörung der Kultur, 2 Bände, 1996/98
Max Stirner: Das unwahre Prinzip unserer Erziehung. Einleitung von Willy Storrer. Nachwort von Karen Swassjan. Geering, Dornach 1997, ISBN 3-7235-0983-5
Karl Ballmer: Umrisse einer Christologie der Geisteswissenschaft. Texte und Briefe. Geering, Dornach 1999, ISBN 3-7235-1072-8
Louis M. I. Werbeck: Die Gegner Rudolf Steiners und der Anthroposophie, durch sich selbst widerlegt. Forum für Geisteswissenschaft, Wallisellen 2003