In den 1970er Jahren leitete sie zahlreiche Foto-Workshops und erhielt 1975 eine Förderung der United States Information Agency. 1976 wurde sie auf eine Einladung hin Mitglied von Magnum Photos, 1977 Vollmitglied bei der Agentur. Sie verließ Magnum 1981, um sich eigenen Projekten zu widmen. Ab 1983 arbeitete sie zudem als Sportjournalistin.
Mary Ellen Mark erhielt zahlreiche Preise für ihre Arbeiten. Im Vordergrund standen bei ihr menschliche Themen und das humanistische Anliegen, in einer klaren, direkten Bildsprache Reportagen über gesellschaftliche Randgruppen zu liefern. Sie lehnte hierbei den „reißerischen“ Fotojournalismus ab und vermied eine prätentiöse Bildsprache. Die Fotografin wollte die abgelichteten Menschen nicht in ihrer Würde verletzen; so z. B. bei ihren subtilen Fotoserien über indische Prostituierte (in Zusammenarbeit mit Mutter Teresa) sowie bei ihren Reportagen über Arbeitslose, Behinderte, Obdachlose, Junkies oder Kinder, die in Armut in der Bronx leben müssen.
Marks Arbeiten leben von ihrer Bildkomposition, die mit perfekter Technik umgesetzt wurde. Mark reihte sich damit in die lange Galerie sozialkritischer Fotografinnen und Fotografen wie Dorothea Lange, Walker Evans oder W. Eugene Smith ein und legte stets dezent ihren „fotografischen Finger“ in die Wunde der Gesellschaft.
Photographs of Mother Teresa's Mission of Charity in Calcutta. Carmel-by-the-Sea: Friends of Photography, 1985, ISBN 978-0-933286-43-6. Einleitung von David Featherston.
Washington: Smithsonian Institution, 1997, ISBN 978-1-56098-720-8. Vorwort von Mary Panzer.
A Cry for Help: Stories of Homelessness and Hope. New York: Simon & Schuster, 1996, ISBN 978-0-684-82593-9. Einleitung von Andrew Cuomo, Vorwort von Robert Coles, Interviews von Victoria Kohn.
Mary Ellen Mark: American Odyssey. New York: Aperture, 1999, ISBN 978-0-89381-880-7. Texte von Melissa Harris, Gedicht von Maya Angelou, Nachwort von Mark.
Exposure: Mary Ellen Mark: The Iconic Photographs. London: Phaidon, 2005. Hardback, 2005, ISBN 978-0-7148-4404-6. Paperback, 2006, ISBN 978-0-7148-4626-2. Retrospective. Einleitungen von Weston Naef und Mark
Undrabörn: Extraordinary Child. Reykjavík: National Museum of Iceland, 2007, ISBN 978-9979-790-14-3. Vorwort von Margaret Hallgrimsdottir, Einleitung von Mark, Artikel von Einar Falur Ingólfsson. Ausstellungskatalog.
Uno sguardo dietro le quinte. Quarant'anni di fotografie sui set cinematografici. Phaidon, 2009, ISBN 978-0-7148-5712-1.
Prom (inkl. DVD mit gleichnamigem Film von Martin Bell). Los Angeles: J. Paul Getty Museum, 2012, ISBN 978-1-60606-108-4. Fotografien von Jugendlichen und jungen Erwachsenen in den USA, die sich für den Abschlussball (Prom) fertig gemacht haben.
Mary Ellen Mark on the Portrait and the Moment. The Photography Workshop Series. New York: Aperture, 2015, ISBN 978-1-59711-316-8.
Tiny: Streetwise Revisited. New York: Aperture, 2015, ISBN 978-1-59711-262-8. Mit Nachwort von Mark, Prolog von Isabel Allende und Text von John Irving.