In seiner Kindheit begeisterte sich Kishimoto für Fujiko Fujios Manga Doraemon und später für Akira Toriyamas Comedy-Manga Dr. Slump. Seine erste professionelle Manga-Arbeit war Karakuri, für die er 1996 den vom Manga-MagazinShōnen Jump vergebenen Hop-Step-Preis für Amateur-Manga-Autoren gewann. Bekannt wurde er als Autor der Ninjaserie Naruto, welche in Japan von 1999 bis 2014 im Shōnen Jump zu lesen war. Durch den großen Erfolg von Naruto stand Kishimoto 2004 auf Platz 3 einer Liste der meistverdienenden japanischen Manga-Zeichner. Im Jahr 2017 wurde bekannt, dass Kishimoto an einer neuen Manga-Serie arbeitet.[1] 2019 startete schließlich Samurai8 (サムライ8 八丸伝, Samurai8 Hachimaruden). Sie wird von Kishimoto entworfen und geschrieben und von Akira Ōkubo illustriert.[2]
Im November 2020 wurde bekannt gegeben, dass Ukyō Kodachi nach 51 Kapiteln und 13 Bänden als Autor des Mangas Boruto: Naruto Next Generations zurücktreten würde, wobei Kishimoto diese Aufgabe übernimmt und Mikio Ikemoto ab Kapitel 52 als Illustrator weitermacht.