Nach dem Studium in Lund (ab 1820) wurde Ekdahl 1822 zum Pastor ordiniert und erhielt 1825 eine Hauslehrerstelle, später auch eine Stelle als Prediger in Stockholm. Mit einem Stipendium der Kungliga Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien widmete er sich historischen und archäologischen Forschungen und bereiste 1826 Gotland, 1827 bis 1830 die Landschaften Norrlands im Norden Schwedens, wovon er in seiner Abhandlung Om vattuminskningen i norra poltrakterna (1865) berichtet.
Anschließend erforschte Ekdahl im Auftrag des Kungliga Samfundet för utgivande av handskrifter rörande Skandinaviens historia die Archivalien zu König Christian II. (Dänemark, Norwegen und Schweden). 1838 übernahm er das Amt des Hauptpastors (kyrkoherde) an der Adolf-Friedrich-Kirche in Stockholm. Hier setzte er sich besonders für die Armenfürsorge ein.
In seinen letzten Lebensjahren war Ekdahl zudem ein überzeugter Anhänger und Unterstützer des in Kopenhagen lebenden isländischen Theologen Magnús Eiríksson, von dem er zwei Schriften ins Schwedische übersetzte.[1]
Harald Ossian Wieselgren: Ekdahl, Nils Johan. In: Nils Linder, John Rosén, Theodor Westrin, B. F. Olsson (Hrsg.): Nordisk familjebok konversationslexikon och realencyklopedi. 1. Auflage. Band4: Duplikator–Folkvandringen. Gernandts boktryckeri, Stockholm 1881, Sp.294–295 (schwedisch, runeberg.org).
P. A. Wallmark: Ekdahl, Nils Johan. In: Herman Hofberg, Frithiof Heurlin, Viktor Millqvist, Olof Rubenson (Hrsg.): Svenskt biografiskt handlexikon. 2. Auflage. Band1: A–K. Albert Bonniers Verlag, Stockholm 1906, S.283 (schwedisch, runeberg.org).
↑Johannis Evangelium. Är det en äkta apostolisk bok och är dess lära: att Gud är vorden menniska, en sann och kristlig lära? En Religiös-Dogmatisk Historisk-Kritisk Undersökning. Stockholm 1864 [= Übersetzung von Magnús Eiríksson: Er Johannes-Evangeliet et apostolisk og ægte Evangelium og er dets Lære om Guds Menneskevorden en sand og christelig Lære? En religiøs-dogmatisk, historisk-kritisk Undersøgelse. Kopenhagen 1863] sowie Läran om dopet. Stockholm 1865 [= Übersetzung von Magnús Eiríksson: Hvem har Ret: Grundtvigianerne eller deres Modstandere? Kopenhagen 1863].