Flournoy studierte ein Jahr bei Wilhelm Wundt in Leipzig und war seit 1891 Professor für Psychologie an der Universität Genf. Mit seinem Schüler Édouard Claparède gründete er die Zeitschrift Archives de Psychologie und steht am Anfang der Genfer Schule. Er war Präsident eines Kongresses zur Experimentalpsychologie 1909.
Des phénomènes de synopsie (audition colorée) : photismes, schèmes visuels, personnifications ; avec 82 figures. Genf : Eggiman, 1893
Des Indes à la planète Mars. Étude sur un cas de somnambulisme avec glossolalie. F. Paris : Alcan, 1900 link
Die Seherin von Genf. Autorisierte Übersetzung Theodor Flournoy. Mit Geleitwort von Max Dessoir. Leipzig : Meiner, 1914
Spiritismus und Experimental-Psychologie. Leipzig : Meiner, 1921
Des Indes à la Planète Mars. Einleitung und Kommentar von Marina Yaguello und Mireille Cifali. Paris : Seuil, 1983
From India to the Planet Mars. A Case of Multiple Personality with Imganinary Languages. Hrsg. und Einleitung von Sonu Shamadansi. Vorwort C.G. Jung. Kommentar Mireille Cifali. Princeton: Princeton University Press, 1994.
Nouvelles observations sur un cas de somnambulisme. Genf: Eggimann 1902.
Les principes de la psychologie religieuse. Genf : Kundig, 1902
Observations de psychologie religieuse. Genf : Kundig, 1903.
Beiträge zur Religionspsychologie. Autorisierte Übersetzung M. Regel. Leipzig : Eckardt, 1911.
Le génie religieux. Saint-Blaise : Foyer Solidariste de Libraire et d'Édition, 1906
Esprits et Médiums, Melanges de Metapsychique et de Psychologie. Librairie Kündig, Genf/Paris 1911.
Spiritism and Psychology. Übersetzt, gekürzt und mit einer Einleitung versehen von Hereward Carrington. Harper & Brothers, New/York/London 1911. link
La Philosophie de William James. Saint-Blaise : Foyer solidariste, 1911.
Die Philosophie von William James. Übersetzung Helene Baumgarten. Vorwort Arthur Baumgarten. Tübingen : J. C. B. Mohr, 1930
Olivier Flournoy: Théodore et Léopold de Théodore Flournoy à la psychanalyse, suivi d'une correspondance entre Théodore Flournoy et Hélène Smith et de lettres de trois linguistes concernant le sanscrit d'Hélène. Neuchâtel : La Baconnière, 1986
Nandor Fodor: Théodore Flournoy. In: An Encyclopaedia of Psychic Science. 1934 (modifizierte Version auf der Website der International Survivalist Society)
Heinrich Buess: Zum 100. Geburtstag des Genfers Théodore Flournoy (1854-1920), ein Schweizer Arzt als führender Vertreter der experimentellen Psychologie und der Religionspsychologie, in: Schweizerische Medizinische Wochenschrift, 1954, S. 34